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| 状态 |
2019年11月19日公开 |
| 标题 |
原代肝细胞，低，9小时，MS-96 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
原代肝细胞，低（0.025 mM）
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
品系：Sprague-Dawley大鼠
组织：肝脏
细胞类型：原代肝细胞
药剂：硫代乙酰胺-S-氧化物
剂量：低（0.025 mM）
持续时间：9小时
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| 生长方案 |
我们将大鼠肝细胞、肾细胞和心肌细胞额外培养18小时，然后添加硫代乙酰胺-S-氧化物或载体（维持培养基；MM250用于肝细胞，EpiCM用于肾细胞）。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用TRIzol试剂（Thermo Fisher Scientific，Waltham，MA）和direct-zol RNA MiniPrep试剂盒（Zymo Research，Irvine，CA）从培养细胞中分离出总RNA。然后将分离的RNA样品提交给范德比尔特大学医学中心VANTAGE Core（田纳西州纳什维尔）进行RNA质量测定和测序。使用2100生物分析仪（安捷伦，圣克拉拉，加利福尼亚州）评估总RNA质量。
使用带有索引适配器的KAPA Stranded mRNA样本试剂盒（新英格兰生物实验室），使用至少200 ng具有高RNA完整性的DNA酶处理总RNA来生成富含多A的mRNA文库。使用2100生物分析仪（安捷伦）评估文库质量，并使用KAPA文库定量试剂盒（KAPA Biosystems）对文库进行定量。根据制造商的协议（Illumina NovaSeq6000），对汇集的文库进行150-bp的双端测序。Bcl2fastq2转换软件（Illumina）用于生成去复用的Fastq文件。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina NovaSeq公司6000 |
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| 描述 |
治疗
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| 数据处理 |
使用Kallisto工具（版本0.42.4）分析RNA-seq数据，以进行读取对齐和量化。
我们通过在用替换重新取样后重复分析100次来计算转录物丰度估计的不确定性。我们将读取内容与从Ensembl网站下载的褐家鼠转录组（Rnor_6.0）进行了伪对齐
Kallisto输入：Kallisto quant-i$REF_KAL2-b 100-o rat_Edik/“$sample”$DATA_DIR/3744-“$sapple”_R1_001.fastq.gz$DATA_DIR/3744-“$samp”_R2_001.fastq.gz-t 10
基因组构建：褐家鼠转录组（Rnor_6.0）
补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件，包括丰度测量
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| 提交日期 |
2019年7月19日 |
| 上次更新日期 |
2019年11月23日 |
| 联系人姓名 |
帕特里克·希曼 |
| 电子邮件 |
patric.schyman@gmail.com
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| 电话 |
3016191978
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| 组织名称 |
生物技术HPC软件应用研究所（BHSAI）
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| 街道地址 |
惠蒂尔大道2405号200室
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| 西蒂 |
弗雷德里克 |
| 省/自治区 |
马里兰州 |
| 邮政编码 |
21702 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL25947型 |
| 系列（1） |
| 134569英镑 |
Sprague-Dawley大鼠原代肝细胞、肾管上皮细胞和心肌细胞对硫代乙酰胺-S-氧化物暴露的体外转录组反应 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN12323954号 |
| SRA公司 |
SRX6476558型 |
