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| 状态 |
2018年12月31日公开 |
| 标题 |
7D2_小时 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
假手术后小胶质细胞的分类
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
年龄：成年人
应变：Winstar
治疗：24小时PBS注射
细胞分数：CD11b+CD45低
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| 治疗方案 |
如前所述（Szydlowska、Zawadzka和Kaminska，2006；Zawadz ka等人，2012），局灶性脑缺血是由大脑中动脉（MCA）的短暂闭塞引起的。简单地说，用1.5%的异氟醚在氧气中麻醉大鼠，通过将一条0.4 mm圆形尼龙缝合线（Doccol Co.）的尖端伸入右侧颈内动脉（通过右侧颈外动脉进入）来产生缺血。闭塞90分钟后，取出尼龙丝以允许再灌注。在整个手术过程中，动物的核心体温通过恒温控制加热垫保持在37±0.5°C。对于Sham手术动物，分离右侧颈总动脉，永久结扎颈外动脉。
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| 提取的分子 |
polyA RNA |
| 提取协议 |
在对缺血性中风进行行为评估后，用250 ml冷PBS经心灌注大鼠（n=4-6），以清除大脑中的血液。脑在HBSS中分离和运输。根据制造商的指示，使用神经组织分离试剂盒（Milteny Biotech）解剖大脑同侧，并进行机械和酶分离。使用Percoll密度梯度离心法去除髓磷脂。简单地说，将单个细胞悬浮液与Percoll溶液混合，在4°C下离心20分钟，950 rcf。细胞颗粒在含有2%BSA的DPBS中重新悬浮并计数。为了进行染色，将细胞悬浮（每个细胞1 x 10^6个），并在4ºC下与相应抗体孵育：FITC小鼠抗RT CD11b、FITC小鼠IgA-Kappa同位素对照、PE-Cy 5小鼠抗RT CD45、，PE-Cy 5小鼠IgG1-Kappa同位素对照，测定小胶质细胞和巨噬细胞亚群的百分比，并使用CellQuest软件进行分析。流式细胞术检测免疫亚群。在CD11b和CD45抗原表面表达不同的两个细胞亚群上绘制象限门：小胶质细胞（CD11b+CD45低）和血源性巨噬细胞（CD11b+CD45高）。所有使用的抗体均购自BD biosciences。
根据制造商的协议，使用KAPA Straded mRNA样品制备试剂盒，共制备了21个用于高通量测序的链特异性RNA库（每个处理三个生物复制）。简单地说，使用poly-T寡核苷酸连接的磁珠（美国马萨诸塞州卡帕生物系统公司）从500 ng总RNA（从假手术和MCAo动物的脑样品中提取的FACS分类细胞）中纯化含有poly-A的mRNA分子然后将mRNA片段化，并使用逆转录酶和随机六聚体合成第一链cDNA。第二次cDNA合成是通过去除RNA模板并合成替换链，将dUTP代替dTTP，以生成双链cDNA。然后在dsDNA的3′端加上“A”碱基，连接NEB的适配器，然后用NEB的USER酶在适配器的环结构中消化尿嘧啶（美国马萨诸塞州伊普斯威奇）。使用包含NEB（美国马萨诸塞州伊普斯威奇）Truseq条形码的引物，通过PCR扩增两端连接适配器的片段。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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| 数据处理 |
使用HCS 2.2.68进行基本调用
Bcl2Fastq将bcl文件处理为fastq
快速修整适配器污染和低质量读数，并与tophat2至rn5.fa参考对齐
使用RSEM软件使用Ensembl转录组注释计算rn5.fa基因组版本的FPKM
基因组构建（_B）：rn5
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| 提交日期 |
2018年5月8日 |
| 上次更新日期 |
2018年12月31日 |
| 联系人姓名 |
巴托斯·沃伊塔斯 |
| 电子邮件 |
bartoszwojtas83@gmail.com
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| 电话 |
692156006
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| 组织名称 |
尼基实验生物学研究所
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| 街道地址 |
巴斯德菌3
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| 西蒂 |
华沙 |
| 邮政编码 |
02-793 |
| 国家 |
波兰 |
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| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN09092863号 |
| SRA公司 |
SRX4055338型 |
