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| 状态 |
2008年8月5日公开 |
| 标题 |
大脑_旧_PPB_2 |
| 样品类型 |
核糖核酸 |
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| 源名称 |
服用PPB饮食1年后12岁时的大脑皮层
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| 有机体 |
家犬 |
| 特点 |
组织：脑；大脑皮层
年龄：12岁
饮食：以植物蛋白为基础
品种：比格犬
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| 治疗方案 |
狗被分为两种饮食中的一种，喂养12个月：1）以动物蛋白为基础的饮食（APB），主要由高度易消化的动物源性成分组成，其配方超过美国饲料控制官员协会（AAFCO）对生长和繁殖提出的蛋白质和脂肪建议；或2）植物蛋白基（PPB）饮食，主要由适度消化的植物衍生成分组成，配方符合AAFCO对生长和繁殖的蛋白质和脂肪建议。饮食中10%的肉骨粉是个例外。所有样本均在隔夜限食期后采集。
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| 生长方案 |
在整个研究过程中，随意喂食幼犬（基线时平均年龄=8周），以使其充分生长；喂食老年犬（基线时平均年龄=11.1岁）以维持基线体重。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
按照制造商的建议，使用Trizol提取总RNA。
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| 标签 |
生物素
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| 标签协议 |
根据制造商的说明，使用Affymetrix GeneChip Expression 3'-扩增试剂（单循环靶标记和对照试剂包）制作生物素标记的cRNA样品。
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| 杂交协议 |
按照Affymetrix的指示，使用Affym特里克斯的基因芯片流体站450将纯化的片段cRNA杂交到Affymotrix的犬基因组阵列（版本1）。
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| 扫描协议 |
使用Affymetrix基因芯片扫描仪3000扫描基因芯片
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| 描述 |
342_E.CEL公司
12岁狗喂食PPB 1年后大脑皮层的基因表达数据
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| 数据处理 |
在R和Bioconductor封装中使用GCRMA算法进行预处理。此外，Affymetrix的呼叫检测算法用于从差异分析中排除至少一个阵列上未调用Present或两个阵列上没有调用Marginal的探针。
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| 提交日期 |
2008年8月4日 |
| 上次更新日期 |
2008年8月27日 |
| 联系人姓名 |
凯莉·斯科特·斯旺森 |
| 电子邮件 |
ksswanso@uiuc.edu
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| 组织名称 |
伊利诺伊大学
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| 街道地址 |
1207 W.Gregory博士。
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| 西蒂 |
乌尔班纳 |
| 省/自治区 |
伊利诺伊州 |
| 邮政编码 |
61801 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL3979标准 |
| 系列（1） |
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