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| 状态 |
2018年12月18日公开 |
| 标题 |
预处理-26d-ENT.202-14 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
小肠中部
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
组织：小肠中部
妊娠：早产儿
营养：COL
出生后年龄：26天
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| 提取的分子 |
基因组DNA |
| 提取协议 |
DNeasy血液和组织试剂盒（Qiagen）
RRBS协议
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| 图书馆战略 |
亚硫酸氢盐-当量 |
| 库源 |
基因组学 |
| 库选择 |
简化表示 |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 数据处理 |
从上述87个样本中提取基因组DNA，并进行RRBS文库制备。
然后在Hiseq 2500平台上对文库进行配对100/125bp多重测序。
原始测序数据由Illumina碱溶管道处理。数据分析中省略了每次读取包含30%以上N或10%以上序列的低质量读取，这些读取具有低质量值（质量值<20）。
使用BSMAP（BSMAP v2.73）将干净读数与NCBI Sus-scrofa参考基因组（Sscrofa10.2）对齐，以确定甲基胞嘧啶（mC）。
在末端包含至少一个酶消化位点的唯一映射读数用于进一步分析。
基因组构建：Sscrofa10.2
补充文件format_and_content:Cout文件包括染色体ID、C位点坐标、甲基化读取和非甲基化读取的数量。
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| 提交日期 |
2017年12月19日 |
| 上次更新日期 |
2018年12月18日 |
| 联系人姓名 |
德胜宫 |
| 电子邮件 |
gds19870718@163.com
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| 组织名称 |
深圳农业基因组研究所
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| 街道地址 |
鹏飞路7号
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| 西蒂 |
深圳 |
| 邮政编码 |
518120 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN08204572号 |
| SRA公司 |
SRX3485112型 |
