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| 状态 |
2017年10月26日公开 |
| 标题 |
执行部分3 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
精液外体治疗组
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
组织：子宫
细胞类型：子宫内膜上皮细胞
通道：3
培养类型：原代培养
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| 治疗方案 |
通过添加200μl外显子体沉淀溶液（Exo-Quick-TC，System Biosciences，Mountain View，CA），从1 ml猪精液（SF）富含精子部分（n=3）中分离出外显子。将带有Exo-Quick-TC的SF在4℃下培养过夜，然后在4℃在1500 x g下离心30分钟，以形成外泌体颗粒。将外显体悬浮在PBS（1μg/μl）中并调整其蛋白浓度，在37°C、5%CO2的空气中用10μg/孔（6孔培养皿）处理子宫内膜上皮细胞48小时。
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| 生长方案 |
猪子宫是在死亡后1小时内从当地屠宰场的健康动物身上获得的。立即用PBS清洗器官，并切成碎片（约长1 cm，宽1 cm，高0.3 cm），然后放入含有0.76%EDTA・的50 ml试管中4Na（pH=7.4）溶液并在37ºC下培养75分钟。将悬浮液转移到一个新的15 ml试管中，在200 x g下离心8分钟。用汉克斯平衡盐溶液（HBSS）重新悬浮颗粒，补充100 IU/ml青霉素和100 g/ml链霉素、0.1%胶原酶I、0.01%DNA酶I（IV型），并在37ºC下培养45分钟。用Dulbecco改良的Eagle's培养基离心3次（200 x g，5分钟）后收集上皮细胞，然后在补充有10%FBS、2 mM谷氨酰胺、抗生素/抗真菌溶液的DMEM/F12（1:1）培养基中的胶原型IA涂层六孔板上培养，并在含5%CO2的空气中保持在37°C。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
根据制造商的说明提取总RNA的Rneasy迷你试剂盒
TruSeq Straded mRNA样品制备指南，第15031047部分，E版
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 数据处理 |
Illumina Hiseq利用HCS（Hiseq Control Software v2.2）生成原始图像，通过名为RTA（Real Time analysis.v1.18）的集成初级分析软件进行系统控制和基础调用。使用illumina包bcl2fastq（v1.8.4）将BCL（基本调用）二进制文件转换为FASTQ。适配器不会从读数中修剪掉。
基于猪基因组和从Ensembl基因组浏览器获得的参考注释，在TopHat/Cufflinks管道的基础上分析修剪后的序列(https://www.ensembl.org).
使用基因水平FPKM（每千碱基基因座的片段每百万次读取汇总的信使核糖核酸）表达水平进行差异和显著的基因表达分析。在正常培养基或外显体处理的样品中，基因的绝对表达水平>1 FPKM。
基因组构建：Sscrofa11.1
补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件包含所有样本的FPKM值
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| 提交日期 |
2017年10月25日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
如兰·白 |
| 电子邮件 |
shouyi66@gmail.com
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| 组织名称 |
东京大学
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| 街道地址 |
文丘区Yayoi 1-1-1
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| 西蒂 |
东京 |
| 邮政编码 |
1138657 |
| 国家 |
日本 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN07835415号 |
| SRA公司 |
SRX3326483型 |
