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| 状态 |
2018年5月9日公开 |
| 标题 |
ssMG-06d-22型 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
母猪乳腺
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
组织：乳腺
时间：分娩前6天
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
采集组织并立即在液氮中冷冻，并在-80°C下保存，直到提取RNA。使用冰镇Trizol试剂（Invitrogen，Carlsbad，CA）提取0.4至1.4 g组织的总RNA。称重组织，放入10-15 ml冰镇TRIzol试剂中，均质，并根据制造商的方案提取RNA。RNA再次悬浮在RNA储存缓冲液中（Ambion，Austin，TX），并在使用前储存在−80°C。使用NanoDrop ND-1000分光光度计（NanoDrot Technologies，德国威明顿）分析分离RNA样品的数量和纯度。使用2100生物分析仪（安捷伦科技公司，加利福尼亚州圣克拉拉）评估RNA质量。
RNAseq文库是用Illumina的“TruSeq Straded mRNAseque Sample Prep kit”（Illuminia）制备的。通过qPCR对文库进行定量，并使用HiSeq SBS测序试剂盒版本4，从HiSeq2500上的片段一端在两条通道上进行101个周期的测序。使用bcl2fastq v2.17.1.14转换软件（Illumina）生成Fastq文件并进行解复用。适配器已通过Trimmomatic（v0.33）从读数中进行了修剪。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 数据处理 |
使用FASTQC（v0.11.15）应用程序对原始测序读数执行质量控制指标。
建立参考基因组索引，并通过STAR（v2.5.1b）将每个个体的单端清洁读数与参考基因组对齐。
根据Refseq基因注释（Sus scrofa基因组v10.2.86），使用Subread软件包（v1.5.0）对对齐的读数进行量化。
基因组构建：Sus scrofa基因组（v10.2.86）。
Supplementary_files_forma_and_content：以制表符分隔的文本文件包括数据矩阵，其中包含featureCount（Subread包）获得的每个库中每个功能的读取计数。数据框包括六列：GenerID、Chr、Start、End和Length。
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| 提交日期 |
2017年7月27日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
瓦伦蒂诺·帕隆博 |
| 电子邮件 |
瓦伦蒂诺.palombo@gmail.com
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| 组织名称 |
莫利斯理工大学
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| 部门 |
环境农业与营养研究所
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| 街道地址 |
经由弗朗西斯科·德桑克蒂斯
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| 西蒂 |
坎波巴索 |
| 邮政编码 |
86100 |
| 国家 |
意大利 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN07420352号 |
| SRA公司 |
SRX3044607型 |
