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| 状态 |
2017年5月20日公开 |
| 标题 |
LWH_代表2 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
LWH，背最长肌
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
品种：约克郡
组织：骨骼肌
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| 治疗方案 |
约克郡猪是在与卫猪相似的条件下饲养的。
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| 生长方案 |
卫猪被随意饲养为商品猪饲料和水，直到它们被屠宰90公斤。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
按照制造商的说明，使用TRIZOL试剂（Cat#15596-018，Life Technologies，Carlsbad，CA，US）提取总RNA，并使用安捷伦生物分析仪2100（安捷伦科技，Santa Clara，CA，US.）检查RIN编号以检查RNA完整性。合格的总RNA通过RNAClean XP Kit（Cat#A63987，Beckman Coulter，Inc.CA，US）和RNase-Free DNase Set（Cat#79254，QIAGEN，GmBH，Germany）进一步纯化。
使用TruSeq RNA Sample Pre Kit v2–Set A/B（Illumina）制备RNA-seq文库。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 描述 |
长波H4LD
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| 数据处理 |
使用CASAVA版本1.7执行的基本调用
使用FASTX-Toolkit 0.0.13版和Perl 5.8.8版对适配器序列的顺序读取进行裁剪，并对低复杂性或低质量的序列进行屏蔽
使用Tophat 2.0.9版将mRNA-seq读数与Sscrofa10.2.69基因组组装对齐，参数为：-r 100-I 50000--max-segment-intron 50000-a 10-g 10
使用Cufflink版本2.2.1.Linux_x86_64生成基因丰度测量值并进行标准化；归一化标准为每千碱基外显子片段数（FPKM）。
使用R程序版本2.10.0中的edgeR功能包分析差异表达
基因组构建：Sscrofa10.2.69
补充文件_format_and_content:tab分隔的文本文件包括每个样本的标准化FPKM值和原始碎片计数
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| 提交日期 |
2017年5月19日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
徐金根 |
| 电子邮件 |
xujingen123@163.com
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| 组织名称 |
安徽科技大学
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| 部门 |
动物科学学院
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| 街道地址 |
东华路9号
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| 西蒂 |
滁州 |
| 省/自治区 |
安徽 |
| 邮政编码 |
233100 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
样本07143094 |
| SRA公司 |
SRX2835404型 |
