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| 状态 |
2018年3月13日公开 |
| 标题 |
高-低_3 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
高低肝
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
母亲饮食：高-低
品种：长白×约克郡
组织：新生儿肝脏
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| 治疗方案 |
2×Trp组母猪在07:00和14:30分两次饲喂含0.26%Trp的日粮，高低组母猪07:00分饲喂含0.39%Trp的饲粮，14:30时饲喂含0.13%Trp的饲料
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
取下肝脏，在液氮上快速冷冻，并使用Trizol试剂收集RNA。Illumina TruSeq RNA样品制备试剂盒（Cat#FC-122-1001）与1 ug总RNA一起用于构建测序文库。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 描述 |
高低法喂猪
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| 数据处理 |
Illumina Casava1.7软件用于基本呼叫。
根据制造商的说明，使用TruSeq PE Cluster Kit v3-cBot-HS（Illumia）在cBot群集生成系统上对索引编码样本进行群集。聚类生成后，在Illumina Hiseq平台上对文库制备物进行测序，并生成125 bp配对读码。
参考基因组和基因模型注释文件直接从基因组网站下载。使用Bowtie v2.2.3建立参考基因组索引，并使用TopHat v2.0.12将双端清洁读数与参考基因组对齐。我们选择TopHat作为映射工具，因为Top哈特可以基于基因模型注释文件生成拼接连接数据库，因此比其他非拼接映射工具具有更好的映射结果。
HTSeq v0.6.1用于计数映射到每个基因的读数。然后根据基因长度计算每个基因的FPKM，并读取映射到该基因的计数。FPKM是每百万碱基对测序的转录序列每千碱基的预期片段数，同时考虑了测序深度和基因长度对读取计数的影响，是目前最常用的估计基因表达水平的方法。
基因组构建：susScr3
补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件包含每个样本的FPKM值
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| 提交日期 |
2017年3月15日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
康旭 |
| 电子邮件 |
xukang2020@126.com
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| 组织名称 |
中国科学院亚热带农业研究所
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| 街道地址 |
远大二路644号
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| 西蒂 |
长沙 |
| 省/自治区 |
湖南 |
| 邮政编码 |
410125 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
| GSE96633型 |
应用RNA-seq检测新生仔猪肝脏不同表达基因分析饮食色氨酸的负面影响 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
邮编06603655 |
| SRA公司 |
SRX2641557型 |
