|
| 状态 |
2017年9月6日公开 |
| 标题 |
H形_儿童3 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
| |
|
| 源名称 |
肾
|
| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
海拔：高
组织：肾脏
年龄：成人（>1岁）
|
| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
根据制造商的协议，使用TrIzol试剂（中国北京生命科技有限公司）提取总RNA。Illumina TruSeq RNA样品制备试剂盒与1 ug总RNA一起用于构建测序文库。
使用标准Illumina方案制备基于dUTP的链特异性RNA文库用于测序；链特异性mRNA-Seq
|
| |
|
| 图书馆战略 |
ssRNA-seq |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
| |
|
| 描述 |
中国四川松潘，海拔3000米
|
| 数据处理 |
基本呼叫使用Illumina Casava1.82软件。
通过丢弃包含10%以上Ns的读取，或以等于或小于10%的失配率与适配器序列重叠至少10 bp，或包含50%以上的碱基且碱基质量分数小于5，获得高质量的读取，然后使用Tophat 2.0.11将其映射到物种的各个基因组。
套接字版本2.2.1用于量化基因表达并获得FPKM表达值（表示为每Mb映射读取的每Kb转录片段数）。
基因组构建：Galgal4、UMD3.1、Suscrofa 10.2、Oar_v3.1和CHIR_1.0
补充文件_format_and_content:tab分隔的文本文件包含每个样本的FPKM值。
|
| |
|
| 提交日期 |
2017年1月19日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
李明州 |
| 电子邮件 |
mingzhou.li@163.com
|
| 组织名称 |
四川农业大学
|
| 街道地址 |
温江区惠民路211号
|
| 西蒂 |
成都 |
| 省/自治区 |
四川 |
| 邮政编码 |
611130 |
| 国家 |
中国 |
| |
|
| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
|
| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN06242696号 |
| SRA公司 |
SRX2506326型 |
