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| 状态 |
2019年3月27日公开 |
| 标题 |
LM_HN_RNA序列 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
最长肌
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
年龄：300天
品种：淮南
组织：最长肌
性别：男
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| 生长方案 |
从中国河南省河南兴瑞农牧科技有限公司获得3头300日龄HN和LW雄性猪。所有的猪都以标准饮食喂养，并在正常条件下随意浇水。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
从HN和DLY猪中取出LM，冷冻在干冰上，并使用Trizol试剂收集RNA。Illumina TruSeq RNA样品制备试剂盒（Cat#FC-122-1001）与1 ug总RNA一起用于构建测序文库。
使用Ribo-ZeroTM试剂盒（Epicenter，Madison，WY，USA）从无DNA-free RNA中去除核糖体RNA（rRNA）。然后，使用NEBNext Ultra Directional RNA library Prep kit for Illumina（New England Biolabs lnc.，Beverly，MA）将DNA和无rRNA用于制备文库，然后使用HiSeq 2500（Illuminia，San Diego，CA，USA。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 描述 |
样品A
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| 数据处理 |
通过从原始测序数据中删除劣质碱基和适配器序列，获得干净的数据。
TopHat2软件（Kim等人，2013）用于将清洁数据映射到猪参考基因组（Sscrofa10.2，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov文件/基因组/Sus_scrofa/）。
然后使用袖扣（Trapnell等人，2010）进行转录本组装和丰度估计。Findcirc软件用于预测circRNAs（Memczak等人，2013）。
circRNAs的表达谱由每千碱基百万读片段数（FPKMs）反映。DESeq软件包(http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq.html）用于检测P≤0.05的差异表达circRNAs（DECs）。
利用DAVID工具，以猪基因组为背景，通过基因本体（GO）术语和KEGG通路注释确定DEC的功能（Huang da等人，2009）。
基因组构建：Sscrofa10.2，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov文件/基因组/Sus_scrofa/
补充文件_format_and_content：来自DESeq的基本平均值。序列记录中提供了已识别circRNAs的FASTA文件。
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| 提交日期 |
2016年9月14日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
王静（音译） |
| 电子邮件 |
wangjing_0407@163.com
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| 组织名称 |
畜牧兽医科学研究所
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| 街道地址 |
花园路116号
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| 西蒂 |
郑州 |
| 邮政编码 |
450002 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
样本05771457 |
| SRA公司 |
SRX2163143型 |
