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| 状态 |
2019年7月31日公开 |
| 标题 |
IonXpress_RNA_50离子快线 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
四头肌
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| 有机体 |
小家鼠 |
| 特点 |
菌株：C57BL/6
献祭前16小时喂食：Fed
第6-7周的饮食：控制饮食
组织：股四头肌
年龄：22周龄
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
Life Tech使用PureLink RNA Mini试剂盒提取RNA
根据制造商的标准协议，使用Ambion Dynabeads mRNA Direct Micro试剂盒富集1ug总RNA用于Poly A RNA，使用Life Technologies RNAseq V2试剂盒制备用于测序的条形码库。文库被扩增14个周期，并在安捷伦生物分析仪DNA高灵敏度芯片上检查每个文库的质量。将每个样品的1 ul等分样品汇集在一个Ion Torrent PGM 314芯片上。根据PGM 314读取数据，在Pippin Prep凝胶上进行纯化，通过安捷伦生物分析仪进行量化，并在离子激流质子测序仪上进行测序，将这些文库平均汇集在一起。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
离子激流质子 |
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| 数据处理 |
首先通过tophat v2.1.0对齐，允许5个不匹配，并将绞合度设置为第二股
在本地非常敏感的设置下，获取未映射的读取，并使用bowtie v2.2.5重新连接，以映射其余约40%的读取
将tophat和bowtie结果文件合并到Merged.bam中
使用Htseq v0.6.0生成计数，参数strand=yes，mode=intersection-nonempty，默认截止分数为10。
基因组构建：GRCm38
补充文件_format_and_content:tab分隔的文本文件包含每个样本的htseq计数。
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| 提交日期 |
2016年7月12日 |
| 上次更新日期 |
2019年7月31日 |
| 联系人姓名 |
Quynh Tran公司 |
| 电子邮件 |
qtran@stjude.org
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| 组织名称 |
圣犹德儿童研究医院
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| 部门 |
病理
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| 街道地址 |
262 Danny Thomas Place，C4029，邮政信箱250
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| 西蒂 |
孟菲斯 |
| 省/自治区 |
TN公司 |
| 邮政编码 |
38105 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台ID |
GPL18635型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN05382211号 |
| SRA公司 |
SRX1936354型 |
