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| 状态 |
2016年9月6日公开 |
| 标题 |
MED1 12h葡萄糖B |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
β-细胞_MED1 12h葡萄糖
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
细胞系：INS-1E
细胞类型：β细胞
芯片抗体：抗MED1（M-255，sc-8998，Santa Cruz）
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| 治疗方案 |
在暴露于高（25 mM）葡萄糖之前，用5 mM葡萄糖培养基预培养细胞24小时。以相反的方式进行时间进程实验，即在0小时的时间点更换所有细胞的培养基，在连续的时间点向培养基中添加25 mM葡萄糖后，在12小时的时间点将所有细胞收获。
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| 生长方案 |
INS-1E细胞在RPMI 1640 w.11 mM葡萄糖中培养，补充5%热灭活FCS、50 uMβ-MeOH、1mM丙酮酸钠和100 U/ml青霉素+100 mg/ml链霉素。在第60代和第90代之间使用细胞
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| 提取的分子 |
基因组DNA |
| 提取协议 |
ChIP实验根据标准协议进行，如所述（Siersbk et al.2012，MCB，32:3452-3463）
RNA-、DNase-和ChIP-seq库使用PentAdapters（Pentabase）构建，基本上如前所述（Nielsen R，Mandrup S，2014，《酶学方法》2014，第537卷，第261-279页）。
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| 图书馆战略 |
更改IP序列 |
| 库源 |
基因组学 |
| 库选择 |
炸薯条 |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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| 描述 |
处理的数据文件：MED1_peakfile.txt
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| 数据处理 |
对齐：使用STAR将ChIP-seq读数映射到rn5（Dobin，A.等，生物信息学，2013）。29（1）：p.15-21）设置为不跨拼接接头映射（--alignIntronMax 1--outSJfilterIntronMaxVsReadN 0）
峰值检测、量化和可视化：映射MED1 ChIP-seq读数使用HOMER进行峰值检测和量化（Heinz S等人，2010年）。分子细胞38:576–589）。通过调用makeTagDirectory生成标记目录（仅包括1个标记pr-bp，参数：-tbp 1），并使用findPeaks样式因子（FDR≤0）对复制实验的池库执行峰值检测。1%). 随后使用mergePeaks合并单个MED1峰值文件，并使用annotatePeaks.pl对每个重复和每个条件下每个峰值中心周围500 bp内的读数进行量化。MED1_peakfile.txt中提供了每个条件和复制的峰值位置和标准化计数（Pr.10 M读数）。可视化的BedGraph文件是使用makeUCSCfile生成的。
基因组构建（_B）：rn5
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| 提交日期 |
2016年5月19日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
苏珊·曼德鲁 |
| 电子邮件 |
s.mandrup@bmb.sdu.dk
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| 电话 |
+45 6550 2340
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| 组织名称 |
南丹麦大学
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| 部门 |
生物化学和分子生物学
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| 街道地址 |
Campusvej 55号
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| 西蒂 |
欧登塞M |
| 邮政编码 |
5230 |
| 国家 |
丹麦 |
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| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（1） |
| GSE81628型 |
综合基因组学概述了双相葡萄糖反应和ChREBP-RORγ轴调节β细胞增殖 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN05019610号 |
| SRA公司 |
SRX1774911型 |
