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| 状态 |
2016年9月6日公开 |
| 标题 |
RNA siATF4 12h葡萄糖C |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
β-细胞_RNA siATF4 12h葡萄糖
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
细胞系：INS-1E
细胞类型：β细胞
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| 治疗方案 |
转染前一天，将INS-1E细胞接种在密度为800.000细胞/cm2的无抗生素培养基中。将在无血清和抗生素的OptiMEM培养基（Gibco）中制备的转染混合物（750nM siRNA和5%v/v DharmaFECT（Thermo））以1:5的比例添加到细胞中。第二天，将培养基更换为标准RPMI，培养细胞2天，然后切换至5mM葡萄糖培养基24小时，然后暴露于（25mM）或低（5mM）葡萄糖12小时。
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| 生长方案 |
INS-1E细胞在RPMI 1640 w.11 mM葡萄糖中培养，补充5%热灭活FCS、50 uMβ-MeOH、1mM丙酮酸钠和100 U/ml青霉素+100 mg/ml链霉素。在第60代和第90代之间使用细胞
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
在Isol-RNA裂解试剂®（5-Prime）提取和EconoSpin（Epoc-Life）柱纯化总RNA后，使用poly-dT珠分离聚腺苷化RNA，并根据制造商（Truseq 2®，Illumina）的说明进行RNA片段化和cDNA合成。
RNA-、DNase-和ChIP-seq库使用PentAdapters（Pentabase）构建，基本上如前所述（Nielsen R，Mandrup S，2014，《酶学方法》2014，第537卷，第261-279页）。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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| 描述 |
处理的数据文件：Knockdowns_exon.txt
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| 数据处理 |
对齐：RNA-seq读取通过STAR映射到rn5（Dobin，A.等，生物信息学，2013）。29（1）：p.15-21）使用默认参数。
量化：使用iRNA-seq管道（Madsen等人，Nucl.Acids Res.43（6）：e40）对Ensemble（Rnor5.0）基因外显子内的mRNA-seq覆盖率进行量化，以评估成熟转录水平。Knockdowns_exon.txt中提供了EdgeR标准化读取计数
基因组构建（_B）：rn5
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| 提交日期 |
2016年5月19日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
苏珊·曼德鲁 |
| 电子邮件 |
s.mandrup@bmb.sdu.dk
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| 电话 |
+45 6550 2340
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| 组织名称 |
南丹麦大学
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| 部门 |
生物化学和分子生物学
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| 街道地址 |
Campusvej 55号
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| 西蒂 |
欧登塞M |
| 邮政编码 |
5230 |
| 国家 |
丹麦 |
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| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（1） |
| GSE81628型 |
综合基因组学概述了双相葡萄糖反应和ChREBP-RORγ轴调节β细胞增殖 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN05019589号 |
| SRA公司 |
SRX1774903型 |
