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| 状态 |
2016年7月5日公开 |
| 标题 |
LW-猪主要肌肉 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
腰大肌
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
年龄：60天
组织：腰大肌
品种名称：大白
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
根据制造商的协议，使用TrIzol试剂（中国北京生命科技有限公司）提取总RNA。Illumina TruSeq RNA样品制备试剂盒与1 ug总RNA一起用于构建测序文库。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 描述 |
长篇导出.txt
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| 数据处理 |
基本呼叫使用Illumina Casava1.82软件。
对适配器序列的序列读取进行修剪，对低复杂度或低质量的序列进行屏蔽，然后使用Tophat将其映射到自身组装基因组。
套接字版本2.2.1用于量化基因表达并获得FPKM表达值（表示为每Mb映射读取的每Kb转录片段数）。
基因组构建：Sscrofa10.2
补充文件_format_and_content:tab分隔的文本文件包含每个样本的FPKM值。
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| 提交日期 |
2016年2月10日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
李明州 |
| 电子邮件 |
mingzhou.li@163.com
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| 组织名称 |
四川农业大学
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| 街道地址 |
温江区惠民路211号
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| 西蒂 |
成都 |
| 省/自治区 |
四川 |
| 邮政编码 |
611130 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN04484930号 |
| SRA公司 |
SRX1569870型 |
| 未提供补充数据文件 |
SRA运行选择器 |
| 系列记录中有处理过的数据 |
| SRA中提供原始数据 |
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