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| 状态 |
2018年12月14日公开 |
| 标题 |
荣昌_1_miRNA |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
腹侧海马
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
品种：荣昌仔猪
基因型/变异：广型
注入：无（对照）
组织：腹侧海马
分子亚型：小RNA（<200 nt）
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| 治疗方案 |
将来自同一窝、体重、生理、健康状况相似的8头纯种新生荣昌仔猪（4头雌性、4头雄性）随机分为性别比相同的对照组（n=4）和氧化应激组（n=4）。氧化应激组仔猪在产后第3天和第4天肌肉内注射200 mg右旋糖酐铁以诱导氧化应激
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
将对照组和氧化应激组荣昌仔猪的腹侧海马和背侧海马分别分离并混合作为样本，立即冷冻在液氮中，在-80°C下保存直至使用。按照制造商的说明，使用TRIZOL试剂提取总RNA。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 数据处理 |
使用Cutadapt-1.2.2和质量分数预处理方法获得原始读数的干净读数。
根据GenBank非编码RNA数据库筛选干净的读数(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)和Rfam数据库(http://pfam.janelia.org/)去除非编码RNA（如rRNA、scRNA、tRNA、snRNA、snoRNA和其他ncRNA）。
其余的读码与已知的猪miRNA前体进行比对，成熟的miRNAs沉积在miRBase 21.0中，以识别猪已知的miRNA。
使用BLASTn软件对已知动物成熟miRNAs（来自miRBase数据库）的所有独特候选序列进行重新查询，以进一步鉴定保守的猪miRNAs。随后，通过miRDeep2软件使用默认参数将18 nt和30 nt之间的序列与原始序列数据进行比对，以确认新的miRNAs。
基因组构建：（SGSC Sscrofa10.2/susScr3）用于我们的分析
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| 提交日期 |
2016年1月18日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
凌干 |
| 电子邮件 |
gl9089@gmail.com
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| 电话 |
+8613983416663
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| 组织名称 |
西南大学
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| 部门 |
1兽医部
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| 街道地址 |
荣昌县学院路160号
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| 西蒂 |
重庆 |
| 邮政编码 |
402460 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN04420274号 |
| SRA公司 |
SRX1533884型 |
