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| 状态 |
2018年12月15日公开 |
| 标题 |
荣昌_A_mRNA_海马 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
海马
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| 有机体 |
苏斯克罗法 |
| 特点 |
品种：荣昌
发育阶段：仔猪
基因型：宽型
代理：控制
组织：海马
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
收集对照组和右旋糖酐铁处理的荣昌猪（Sus Scrofa）海马，立即冷冻在液氮中，并在-80°C下保存直至使用。根据制造商的说明，使用RNAiso plus提取总RNA。
使用标准Illumina协议准备RNA文库进行测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 2500公司 |
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| 描述 |
荣昌_A1_mRNA
荣昌_A2_mRNA
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| 数据处理 |
如果包含2个以上未知（N）碱基或太短（小于20 nt），则丢弃原始读取，剩余读取通过修剪适配器和去除低质量碱基来处理，以获得干净的读取。剪切适应（https://pypi.python.org/pypi/cutadapt/1.2.1)用于丢弃序列适配器prinseq(网址：http://prinseq.sourceforge.net/)是用于控制质量和爆破+(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi？CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=下载)是用于进行爆破分析。
TopHat（Trapnell等人，2009年）将干净读数与参考基因组对齐。基于基因注释，放弃具有多个基因组位置的对齐读取以消除位置模糊性。根据转录单位的覆盖长度分析RNA-seq读取。使用FPKM计算基因的表达水平（Mortazavi等人，2008）。
基因组构建：Sscrofa10.2/susScr3
补充文件格式和内容：expressed_genes_FPKM.txt
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| 提交日期 |
2015年12月22日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
凌干 |
| 电子邮件 |
gl9089@gmail.com
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| 电话 |
+8613983416663
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| 组织名称 |
西南大学
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| 部门 |
1兽医部
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| 街道地址 |
荣昌县学院路160号
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| 西蒂 |
重庆 |
| 邮政编码 |
402460 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台ID |
GPL19176型 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN04362277号 |
| SRA公司 |
SRX1508442型 |
