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| 状态 |
2014年6月17日公开 |
| 标题 |
24小时小时小时小时2 |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
肝脏，再生期
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
菌株：Fischer-344（F-344）
方案：肝部分切除术
时间：24小时
组织：肝脏
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用TRIzol（Invitrogen，Carlsbad，CA，USA）的标准RNA提取方法从不同大鼠肝脏样品中提取总RNA。使用NanoDrop-1000分光光度计（意大利赛默飞世尔科学公司，Cinisello Balsamo，Italia）测定每个样品中的RNA浓度，并使用安捷伦2100生物分析仪和安捷伦RNA 6000纳米筒（安捷伦科技公司，加利福尼亚州圣克拉拉，美国）评估质量。
小RNA-Seq通过下一代测序（NGS）和顺序-旁路合成技术进行。根据Illumina TruSeq小RNA样品制备协议（Illuminia，美国），在文库制备中使用1μg总RNA。将大小较小的RNA文库进行凝胶纯化，并在浓度为10pM的HiSeq 1500（Illumina）上测序50个周期，再加上7个额外的周期进行指数测序
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
粒度分级 |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 1500公司 |
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| 描述 |
24小时后
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| 数据处理 |
使用CASAVA版本1.8执行基本调用
使用iMir的cutadapt工具删除了适配器序列
为了预测piRNAs，iMir使用piRNABank（tranlib），而miRAnalyzer 0.3版用于识别已知的miRNAs和其他sncRNA。
通过使用NCBI BLAST（v2.2.28+）预测推测的piRNAs，使用人类和小鼠同源物种的评估值<0.01的截止值。
使用R Bioconductor公司的DESEQ 1.14.0软件包对piRNAs和假定的piRNAs进行差异表达分析，设置p值≤0.05，折叠变化≤-1.5和≥1.5
基因组构建：贝勒3.4/rn4
补充文件_format_and_content:制表符分隔的文本文件表示piRNAs。它们是使用iMir生成的。
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| 提交日期 |
2014年3月11日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
朱迪思·斯塔克 |
| 电子邮件 |
judith.staerk@ncmm.uio.no
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| 组织名称 |
UiO（奥斯陆大学）
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| 部门 |
NCMM（挪威分子医学中心）
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| 门诊化验室 |
干细胞组
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| 街道地址 |
NCMM-Forskningsparken，House 1，3rd Floor-Gaustadalléen 21号
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| 西蒂 |
奥斯陆 |
| 省/自治区 |
奥斯陆 |
| 邮政编码 |
0349 |
| 国家 |
挪威 |
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| 平台ID |
GPL18404公司 |
| 系列（1） |
| 57583克 |
大鼠肝再生过程中Piwi相互作用RNA表达的时间调控 |
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| 关系 |
| 生物样品 |
样本02687641 |
| SRA公司 |
SRX484301型 |
