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| 状态 |
2017年8月6日公开 |
| 标题 |
Kdm6bf/f和Col2a1-CreERT2的RNA-Seq分析；Kdm6bf/f原代软骨细胞 |
| 有机体 |
小家鼠 |
| 实验类型 |
通过高通量测序进行表达谱分析
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| 摘要 |
目的：本研究的目的是鉴定Kdm6bf/f和Col2a1-CreERT2之间的差异表达基因；Kdm6bf/f原代软骨细胞。方法：从Kdm6bf/f和Col2a1-CreERT2中制备原代软骨细胞的RNA样品；上海新立生物信息学有限公司对Kdm6bf/f小鼠和进行了测序和分析。在读图之前，通过删除适配器序列从原始读物中获得干净的读物，读物中含有>5%的模糊碱基（标记为N），低质量读物中含20%以上的质量<13的碱基。然后使用MapSplice程序（v2.1.6）将干净的读数与小鼠基因组（版本：hg19_GRCh37）对齐。在进行显著性分析和FDR分析后，我们应用EBseq算法筛选差异表达基因（DEG），条件是：i）折叠变化>2或<0.5；ii）FDR<0.05。DEGs用于基因本体（GO）和通路分析。我们从NCBI、UniProt和Gene Ontology下载了GO注释。应用Fisher精确检验确定显著GO类别，并使用FDR校正p值。根据KEGG数据库，使用通路分析确定差异表达基因的重要通路。利用Fisher精确检验来选择显著性途径，并通过P值和FDR来定义显著性阈值。结论：我们的研究首次详细分析了Kdm6b在关节软骨发育和稳态中的作用，为OA治疗提供了新的治疗方式。
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| 总体设计 |
Kdm6bf/f和Col2a1-CreERT2；用4-羟基他莫昔芬（4OH-TM）（1μM）处理Kdm6bf/f原代软骨细胞48小时，然后从这些细胞制备RNA样品进行RNA-Seq。
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| 贡献者 |
戴杰 |
| 引文 |
28314754 |
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| 提交日期 |
2016年8月5日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
JUN DAI先生 |
| 电子邮件 |
代军19901101@126.com
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| 组织名称 |
浙江大学
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| 部门 |
医学院
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| 街道地址 |
#裕杭塘路866号
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| 西蒂 |
杭州 |
| 省/自治区 |
浙江 |
| 邮政编码 |
310058 |
| 国家 |
中国 |
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| 平台（1） |
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| 样品（3） |
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| 关系 |
| 生物项目 |
项目编号：337975 |
| SRA公司 |
SRP081021号机组 |
