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GSE38103系列 GSE38103的查询数据集
状态 2013年4月29日公开
标题 控制肝纤维化发生的主顺反流回路
有机体 智人
实验类型 高通量测序的基因组结合/占有率分析
总结 肝纤维化是对肝损伤的可逆创伤愈合反应,肝星状细胞(HSC)是介导肝纤维化形成的中心细胞。然而,控制这一过程的分子机制尚不清楚。在这里,我们揭示了HSC中的一种新的顺反流电路,它由维生素D受体(VDR)和SMAD转录因子组成,可抑制肝纤维化的强度。配体激活的VDR抑制TGFβ1诱导的HSC原纤维化基因表达。维生素D类似物钙泊三醇的给药降低了肝纤维化小鼠模型中的纤维化反应,而VDR基因敲除小鼠在6个月大时自发形成广泛的肝纤维化。使用ChIP-Seq,我们发现VDR的抗纤维化特性是由于与SMAD的串扰,由它们在原纤维化基因上的DNA结合位点的共现性介导。具体而言,SMAD结合增强了局部染色质的可及性,以增强相同顺调控元件的VDR募集,从而相互拮抗SMAD3和染色质之间的相互作用,并限制纤维化基因转录激活复合体的组装,VDR激动剂的存在增强了这一过程。这些结果不仅建立了这种协调的VDR/SMAD顺反流电路作为肝纤维化发生的主调节器,而且支持VDR作为一种潜在的药物靶点来改善肝纤维化。
 
总体设计 鉴定人星状LX2细胞中VDR、SMAD3和H3结合位点,这些细胞先用钙泊三醇(100nM)预处理16小时(此处显示钙泊三酚处理),然后再将钙泊三二醇(100nM)或TGFβ1(1ng/ml)孵育4小时(此处表示)。
 
贡献者 Yu RT公司,丁·N,埃文斯RM
引文 23622244
提交日期 2012年5月21日
上次更新日期 2019年5月15日
联系人姓名 露丝·T·余
组织名称 索尔克研究所
部门 基因表达实验室
门诊化验室 罗纳德·埃文斯
街道地址 托里松树北路10010号
西蒂 拉霍亚
省/自治区 加利福尼亚州
邮政编码 92037
国家 美国
 
平台(1)
GPL9115型 Illumina基因组分析仪II(智人)
样品(9)
GSM934612 VDR-ChIP
GSM934613 输入
GSM934614型 VDR-ChIP+钙泊三醇
此子系列是超级系列的一部分:
GSE41580标准 控制肝纤维化的主循环
关系
生物项目 项目编号:167284
SRA公司 SRP013295型

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