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| 状态 |
2024年3月4日公开 |
| 标题 |
未知原发性头颈癌淋巴结组织DNA甲基化谱 |
| 有机体 |
智人 |
| 实验类型 |
利用基因组拼接阵列进行甲基化分析
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| 总结 |
背景。不明原发性头颈癌（hnCUP）的不明来源组织导致了侵入性诊断程序和患者的非特异性和潜在的低效治疗选择。鳞状细胞癌是最常见的组织学亚型，可起源于各种肿瘤的原发部位，包括口腔、口咽、喉、头颈部皮肤、肺和食道。DNA甲基化谱具有高度组织特异性，已成功用于组织起源分类。因此，我们开发了一种支持向量机（SVM）分类器，该分类器使用常见宫颈转移性鳞癌（n=1103）的公开DNA甲基化谱进行训练，以识别我们自己的鳞状细胞hnCUP患者样本队列（n=28）的原发组织。Illumina使用Infinium MethylationEPIC v1.0 BeadChip进行甲基化分析。结果。SVM算法在测试分类器中获得了最高的总体准确率，达到87%。DNA甲基化水平的鳞状细胞hnCUP样本类似于鳞状细胞癌，通常转移到颈部淋巴结。最常预测的癌症部位是11例患者的口腔（39%），其次是口咽和喉（均为725%）、皮肤（2,7%）和食道（1.4%）。这些频率与流行病学研究中预期的淋巴结转移分布相一致。结论。在DNA甲基化水平上，hnCUP与通常转移到颈部淋巴结的原发性肿瘤组织癌类型相当。我们的基于SVM的分类器可以准确预测这些癌症的起源组织，可以显著降低hnCUP诊断的侵袭性，并在临床验证后实现更精确的治疗。
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| 总体设计 |
将来自28个淋巴结（FFPE）和28名患者（每个患者一个淋巴结）的亚硫酸氢盐处理基因组DNA与Illumina Infinium甲基化EPIC v1.0阵列杂交。每个样本一个数组，无重复，无对照样本。
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| 贡献者 |
斯塔克L,冬季C,Wirth M公司 |
| 引文 |
38528631 |
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| 提交日期 |
2024年2月22日 |
| 上次更新日期 |
2024年4月5日 |
| 联系人姓名 |
克里斯托夫·温特 |
| 组织名称 |
慕尼黑技术大学
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| 街道地址 |
Ismaninger街22号
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| 西蒂 |
慕尼黑 |
| 邮政编码 |
81675 |
| 国家 |
德国 |
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| 平台（1） |
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| 样品（28）
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| 关系 |
| 生物项目 |
PRJNA1079373项目 |
