|
| 状态 |
2024年3月11日公开 |
| 标题 |
蛋白质组学特征显示雌激素信号作为无EGFR或ALK改变的从不吸烟肺腺癌患者的靶点 |
| 有机体 |
智人 |
| 实验类型 |
利用基因组拼接阵列进行甲基化分析
|
| 总结 |
不吸烟者肺腺癌（NSLA）在亚洲人群中普遍存在，在女性中更为常见。EGFR突变和ALK融合是NSLA中观察到的主要改变。我们关注的是无EGFR和ALK改变的NSLA（NENA），而不是有EGFR和ALK改变的NSLA（EA）。首先，我们选择了141个NSLA组织，进行了蛋白质组学分析，包括全基因组测序（WGS）、转录组、甲基化EPIC阵列、总蛋白质组和磷酸蛋白质组。然后我们排除了40例EA患者和7例NENA微卫星不稳定患者。基因组分析显示，TP53（25%）、KRAS（22%）、ROS1融合（14%）和SETD2（11%）是NENA患者中最常见的突变基因。蛋白质组学影响分析显示，STK11和ERBB2体细胞突变对NENA中的癌相关基因有更广泛的影响。通过DNA拷贝数改变分析，我们确定了22个影响转录组学和蛋白质组学变化的预后蛋白。基因集富集分析表明，雌激素信号是NENA激活的关键途径。大量蛋白质组学证据支持雌激素信号的增加，如第14和21号染色体的拷贝数缺失、STK11突变以及LLGL2和ST14的DNA低甲基化。最后，saracatinib，一种Src抑制剂，被认为是一种潜在的靶向NENA中激活的雌激素信号的药物，并使用细胞系模型在体外进行了实验验证。在这项研究中，我们通过蛋白质组学景观增强了我们对NENA NSLA病因的了解，基于此，我们提出萨拉卡提尼是一种有效的药物
|
| |
|
| 总体设计 |
按照制造商的说明，使用Infinium甲基化EPIC珠芯片（Illumina）进行甲基化阵列实验。简而言之，使用EZ DNA甲基化金µ试剂盒（Zymo Research）用20µL亚硫酸氢钠溶液处理500 ng来自肺组织的gDNA。使用Infinium甲基化检测试剂盒（Illumina）扩增亚硫酸氢盐转化DNA（4µL）。扩增的DNA与Infinium甲基化EPIC芯片杂交，并使用Illumina iSCAN系统进行扫描。使用Minfi（v3.11）计算CpG甲基化值作为平均值，公式如下：平均值=M/（M+U+100），其中M和U分别是甲基化和非甲基化信号强度。p值<0.05的测量值被视为高于背景值。此外，使用ChAMP包过滤功能过滤可能影响分析结果的冗余探针，包括多点探针和SNP。
|
| |
|
| 贡献者 |
公园S |
| 缺少引文 |
这项研究发表了吗？拜托登录更新或通知GEO. |
| |
| 提交日期 |
2024年2月20日 |
| 上次更新日期 |
2024年3月12日 |
| 联系人姓名 |
成镇公园 |
| 电子邮件 |
tocophobia@gmail.com
|
| 组织名称 |
克里布
|
| 街道地址 |
格瓦哈克罗
|
| 西蒂 |
大田 |
| 邮政编码 |
74031 |
| 国家 |
韩国 |
| |
|
| 平台（1） |
|
| 样品（141）
|
|
| 关系 |
| 生物项目 |
PRJNA1078231型 |
