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| 状态 |
2024年5月16日公开 |
| 标题 |
功能变异的高通量表征突出了肺癌易感性背后的异质性和多原性 |
| 有机体 |
智人 |
| 实验类型 |
通过高通量测序进行表达谱分析
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| 总结 |
全基因组关联研究（GWAS）已经确定了多个肺癌风险位点，包括那些在主要组织学类型中不同的位点。然而，这些基因座中的大多数还没有功能特征。在这里，我们采用大规模平行报告分析（MPRA）来评估风险相关变异体的等位基因转录活性。我们在肺腺癌和鳞状细胞癌细胞的背景下，在东亚和欧洲人群的3个最近的GWAS的42个基因座中测试了2245个变体，同时暴露于烟草烟雾致癌物苯并[a]芘。当FDR<0.01时，我们在88%的肺癌基因座中发现844个MPRA显著变异具有等位基因转录活性。使用肺特异表观基因组注释进行的进一步变异评分表明，63%的基因座在连锁不平衡中具有多个同等功能的变异。72%的基因座中观察到细胞类型特异性变体，其中一个子集与GWAS中的组织特异性关联相一致。预测不同的转录因子亚群会与细胞类型特异性变体以及那些在反式表达中影响多个GWAS位点的变体结合。基于四种不同的方法将MPRA显著变异与靶基因联系起来，确定了候选的易感基因，包括肺癌细胞生长的基本基因。CRISPR对高得分MPRA显著变异的干扰验证了来自不同数据集（包括RTEL1、SOX18和ARFRP1）的多个差异基因连接。我们的数据提供了肺癌GWAS基因座功能特征的综合目录，以及肺癌易感性异质性和多基因性的分子基础。
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| 总体设计 |
序列标签转染到A549人肺腺癌细胞系和H520人肺鳞癌细胞系的异位荧光素酶构建物的靶向扩增子RNA-序列测定，有或没有苯并（a）芘暴露（每种情况5次转染）与输入荧光素酶构建物的扩增子DNA序列一起用于标准化控制
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| 贡献者 |
帕特尔H,长E,金色A,Funderburk公里,崔J |
| 引文 |
38906146 |
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| 提交日期 |
2023年10月18日 |
| 上次更新日期 |
2024年9月16日 |
| 联系人姓名 |
Jiyeon Choi先生 |
| 组织名称 |
NCI公司
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| 街道地址 |
3116室，医疗中心大道9615号
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| 西蒂 |
洛克维尔 |
| 省/自治区 |
马里兰州 |
| 邮政编码 |
20850 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台（1） |
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| 样品（22）
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| 关系 |
| 生物项目 |
PRJNA1029585型 |
