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| 状态 |
2024年5月9日公开 |
| 标题 |
单细胞分析揭示进展性特发性肺纤维化的免疫异常 |
| 有机体 |
智人 |
| 实验类型 |
通过高通量测序进行表达谱分析
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| 总结 |
理由：在特发性肺纤维化（IPF）中，已经观察到外周血细胞群的变化，但在单细胞分辨率下没有详细说明。目的：提供稳定和进行性IPF患者外周免疫系统变化的图谱。方法：采用10x铬5'单细胞RNA测序（scRNA-seq）对IPF患者和对照者的外周血单个核细胞（PBMC）进行分析。流式细胞术用于验证。在患者和对照的血浆和肺匀浆中测量调节性T细胞（Tregs）和单核细胞趋化剂的蛋白质浓度。测量和主要结果：25名IPF患者和13名匹配的对照组的38份PBMC样本产生149564个细胞，分离成23个亚群，对应于所有预期的外周血细胞群。与对照组相比，进行性和稳定性IPF中的经典单核细胞增加（分别为32.1%、25.2%、17.9%，p<0.05）。IPF组与对照组相比，以及进行性IPF组和稳定IPF组的淋巴细胞总数减少（52.6%比62.6%，p=0.035）。进行性IPF患者Tregs增加（1.8%vs 1.1%，p=0.007），且与生存率降低相关（Kaplan-Meier分析中p=0.009）。流式细胞术分析在一个独立的IPF患者队列中证实了这一发现。在两组肺scRNA-seq中，Tregs也增加。CCR4和CCR8 Treg趋化性受体的配体CCL22和CCL18在IPF中增加。结论：IPF外周免疫系统的单细胞图谱揭示了经典单核细胞和Tregs的结果预测性增加，以及涉及CCL7（针对经典单核细胞）和CCL18/CCL22（针对Tregs）的肺血免疫募集轴的证据。
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| 总体设计 |
使用10x Genomics Chromium 5'单细胞RNA测序（scRNA-seq）对25例IPF患者（12例进展性疾病患者和13例稳定性疾病患者）和13名匹配的对照受试者的38份外周血单个核细胞（PBMC）样本进行分析。
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| Web链接 |
https://www.atsjournals.org/doi/10.1164/rccm.202306-0979OC网站
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| 贡献者 |
Unterman A公司,赵AY,纽马克N,舒普JC,阿汉加里F,CosmeJr C公司,夏尔马·P,弗林特J,斯坦因·Y,琉球C,石川G,苏美达TS,戈麦斯JL,赫拉佐·马亚J,特拉克鲁兹CS,赫尔佐格EL,卡明斯基N |
| 引文 |
38717443 |
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| 提交日期 |
2023年5月31日 |
| 上次更新日期 |
2024年5月10日 |
| 联系人姓名 |
纳夫塔利·卡明斯基 |
| 组织名称 |
耶鲁大学医学院
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| 部门 |
PCCSM公司
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| 门诊化验室 |
卡明斯基
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| 街道地址 |
雪松街300号
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| 西蒂 |
纽黑文 |
| 省/自治区 |
计算机断层扫描 |
| 邮政编码 |
06510 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台（1） |
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| 样品（38）
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| 关系 |
| 生物项目 |
项目编号：978083 |
| 补充文件 |
尺寸 |
下载 |
文件类型/资源 |
| GSE233844_RAW.tar |
1.0 Gb |
（http）（自定义） |
TAR（MTX、TSV的） |
SRA运行选择器 |
| SRA中有原始数据 |
| 作为补充文件提供的处理数据 |
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