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| 状态 |
2024年5月10日公开 |
| 标题 |
胆汁酸对大鼠结肠上皮细胞作用的系统水平分析 |
| 有机体 |
褐家鼠 |
| 实验类型 |
通过高通量测序进行表达谱分析
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| 总结 |
胆汁酸腹泻是一种慢性疾病，由胆汁酸向结肠输送增加引起。其潜在机制尚待阐明。
为了研究胆汁酸腹泻相关基因，对大鼠胆汁酸痢疾模型进行了系统级分析。
12只雄性Wistar Munich大鼠被关在代谢笼中，用控制或胆汁酸混合（1%w/w）饮食喂养10天。每天监测食物摄入量、饮水量、尿量、体重和粪便排出量。安乐死后，使用钙螯合分离结肠上皮细胞，并进行系统级分析，即RNA测序转录组学和质谱蛋白质组学。
与对照组大鼠相比，胆汁酸喂养大鼠出现腹泻，表现为饮水量、粪便重量和粪便含水量增加。尿量没有变化。
随着胆汁酸的摄入，RNA测序显示204个mRNA增加，401个mRNAs减少；质谱分析183增加蛋白质，111减少蛋白质。在改变的基因中，有与电解质和水转运相关的基因（包括Slc12a7、Clca4和Aqp3）和与胆汁酸转运有关的基因（Slc2b1、Abcg2、Slc51a、Slc512b和Fabps）。
相关分析表明，mRNA表达变化与蛋白质表达变化之间存在显著的正相关（Pearson r=0.28）。然而，在实验确定的转录组和蛋白质组之间建立直接关联时必须谨慎。
与胆汁酸转运相关的基因对胆汁酸摄入作出反应，这表明结肠胆汁酸的转运是通过调节蛋白促进机制而非被动扩散进行的。
此外，该研究还提供了大鼠结肠上皮细胞转录组和蛋白质组对胆汁酸喂食的反应。
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| 总体设计 |
12只雄性Wistar Munich大鼠被安置在单动物代谢笼中（Techniplast），可随意获得水和标准啮齿动物食物（cat.no.1321，Altromin）。
在最初的三天里，大鼠被驯化到代谢笼中，可以随意获得水和标准啮齿动物食物。随后，将6只大鼠换成标准的啮齿动物食物，并与1%w/w胆酸钠（Sigma-Aldrich）混合。在不同饮食10天后，通过颈部脱位对大鼠实施安乐死，打开其腹部，解剖结肠，并处理结肠上皮细胞（CECs）进行RNA测序。
选择五只在提取物中RNA浓度最高的胆酸钠处理大鼠和五只在萃取物中RNA浓度最大的对照大鼠的远端结肠CEC中纯化的总RNA进行测序。Eurofins Genomics（德国）使用HiSeq SBS Kit v4在HiSeq 2500（Illumina）上制备股特异性cDNA文库、使用polyA纯化和单通道RNA测序进行RNA选择。BWA-MEM版本0.7.12-r1039用于将RNA读取映射到参考序列（Li H.（2013）使用BWA-MEM对齐序列读取、克隆序列和组装连接体。arXiv:1303.3997v2[q-bio.GN]）。使用R中3.16.2版本的edgeR包，使用M值的修剪平均值（TMM）归一化方法进行读数的归一化。进行基因表达谱分析和差异表达分析。入选标准包括公司建议的错误发现率（FDR）低于1%。使用大于2的折叠变化作为截止值。
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| 贡献者 |
伊德·J,吴Q,博格JF,芬顿RA,穆勒HB |
| 缺少引文 |
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| 提交日期 |
2021年5月11日 |
| 上次更新日期 |
2024年5月10日 |
| 联系人姓名 |
汉纳·B·穆勒 |
| 电子邮件 |
hbmo@biome.dau.dk
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| 组织名称 |
奥胡斯大学
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| 部门 |
生物医学系
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| 街道地址 |
Wilhelm Meyers Alle 3，1233号楼
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| 西蒂 |
奥胡斯 |
| 邮政编码 |
8000 |
| 国家 |
丹麦 |
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| 平台（1） |
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| 样品（10）
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| 关系 |
| 生物项目 |
项目编号：728959 |
| SRA公司 |
SRP319467型 |
