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GSE16256系列 GSE16256的查询数据集
状态 2009年8月3日公开
标题 UCSD人类参考表观基因组绘图项目
项目 表观基因组学路线图
有机体 智人
实验类型 高通量测序的基因组结合/占有率分析
通过高通量测序进行甲基化分析
通过高通量测序进行表达谱分析
通过高通量测序进行非编码RNA分析
总结 人类胚胎干细胞(human embryonic stem cells,hESCs)是一种独特的模型系统,用于研究人类发育的机制,因为它们能够无限期复制,同时保留分化为多种功能不同的细胞类型的能力。此外,这些细胞可能在再生医学中用作治疗剂。人胚胎干细胞的分化涉及基因的选择性激活或沉默,这一过程部分由细胞的表观遗传状态控制。为了更好地了解调控hESCs分化的表观遗传机制,并绘制人类细胞的一般参考表观基因组图,我们建议在圣地亚哥建立一个表观基因组中心。我们的中心将专注于未分化的hESC和四种hESC衍生的早期胚胎细胞谱系,包括胚外内胚层、滋养层、中胚层(中胚层和内胚层谱系的共同前体)和间充质细胞(一种特定的中胚层衍生物)。我们已经开发并验证了高通量技术,用于绘制整个基因组的DNA甲基化和染色质修饰状态,并将使用这些方法生成参考表观基因组的高分辨率图谱。具体来说,我们将生长并将人胚胎干细胞分化为多个谱系,并使用结合亚硫酸氢盐转化和全基因组鸟枪测序的新开发技术绘制DNA甲基化位点。我们还将通过执行ChlP-chip和ChlP-Seq分析来确定基因组中的组蛋白修饰状态。我们将开发先进的统计和算法解决方案,以促进高通量测序数据分析,并建立用于收集、存储和分发表观基因组图的信息管道。最后,我们将进行综合数据分析,以确定基因组中新的表观遗传模式,从而为表观遗传调控机制提供见解。

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有关数据使用条款和条件,请参阅:
http://www.drugabuse.gov/funding/funding-opportunities/nih-common-fund/epigenomics-data-access-policies
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总体设计 加州大学圣地亚哥分校人类参考表观基因组绘图项目-在项目过程中,样本和实验将继续添加到本研究中。

EDACC Genboee页码:
http://genboree.org/java-bin/project.jsp?projectName=XML%20提交%2FUCSD%2FSTUD%2FEDACC.889

Web链接 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/roadmap/epigenomics网站/
 
贡献者 李斯特R,佩利佐拉M,Dowen右侧,霍金斯路,尊敬的G,Tonti-Filippini杂志,内里·JR,李·L,叶Z,Ngo Q公司,Edsall L公司,Antosiewicz-Bourget J公司,斯图尔特·R,鲁蒂五世,米勒AH,日本汤姆森,任B,埃克JR
引文 19829295,20452322,20944595,21289626,26030523,28637928,23526891
生物项目 PRJNA34535型
提交日期 2009年5月27日
上次更新日期 2020年4月16日
联系人姓名 UCSD和SALK
组织名称 加州大学圣地亚哥分校
街道地址 健康科学驱动
西蒂 拉乔拉
州/省 加利福尼亚州
邮政编码 92092
国家 美国
 
平台(6)
GPL9052型 Illumina基因组分析仪(智人)
GPL9115型 Illumina基因组分析仪II(智人)
GPL10999标准 Illumina基因组分析仪IIx(智人)
样品(878)
GSM409307标准 参考表观基因组:hESC H1(CDI-01)细胞中H3K4me1的ChIP-Seq分析;伦拉布。H3K4me1.CDI-01.01
GSM409308标准 参考表观基因组:hESC H1(CDI-01)细胞中H3K4me3的ChIP-Seq分析;伦拉布。H3K4me3.CDI-01.01
邮编409312 参考表观基因组:hESC H1(CDI-01)细胞中H3K36me3的ChIP-Seq分析;伦拉布。H3K36me3.CDI-01.01
关系
SRA公司 SRP000941号

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SRA中提供原始数据

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