NCBI徽标
GEO标志
   美国国立生物技术信息中心>地理位置>访问显示帮助 未登录|登录帮助
GEO帮助:将鼠标悬停在屏幕元素上以获取信息。
        去吧
平台GPL3979 GPL3979的查询数据集
状态 2006年7月12日公开
标题 [犬]Affymetrix犬基因组1.0阵列
技术类型 原位寡核苷酸
分发 商业的
有机体 家犬
制造商 昂飞
制造协议 21700多个转录本的探针集全面覆盖了犬科动物基因组。GeneChip犬基因组阵列的序列信息包括GenBank®(2003年8月137.0版)、dbEST(2003年10月)的公开内容和LION bioscience AG授权的比格犬专利序列内容。LION bios science序列信息来自以下十一种组织的cDNA库中的序列:睾丸、,卵巢、大脑、胚胎、肝脏、脾脏、肾脏、肌肉、主动脉、子宫和空肠。
 
描述 Affymetrix提交文件通常使用GEO存档方法提交给GEO,如http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/info/geo_affy.html

Affymetrix已停止使用阵列
 
Web链接 http://www.affmetrix.com/support/technical/byproduct.affx?product=cancine网站
http://www.affmetrix.com/analysis/index.affx
贡献者 奥贾伊米C,卡努德K,Hintze TH公司,里奇亚FA
提交日期 2006年7月6日
上次更新日期 2010年6月25日
组织 Affymetrix公司。
电子邮件 geo@ncbi.nlm.nih.gov, support@affmetrix.com
电话 888-362-2447
统一资源定位地址 http://www.affmetrix.com/index.affx
街道地址
西蒂 圣克拉拉
省/自治区 加利福尼亚州
邮政编码 95051
国家 美国
 
样品(167) GSM118670标准,GSM118675型,GSM118678标准,GSM118680型,GSM118683标准,GSM118685标准 
系列(13)
GSE5247标准 在犬慢性起搏期间,少数基因的表达改变导致心脏失代偿
GSE5260标准 高同型半胱氨酸血症通过氧化应激损害NO的生物利用度来改变心脏基质代谢
GSE9794标准 心动过速致心力衰竭的研究进展

数据表标题描述
身份证件 Affymetrix探针集ID
GB_ACC公司 GenBank接入号码
克隆ID EST克隆id
景点_ID
物种学名 探针组所代表的生物体的属和种。
注释日期 上次更新此探测数组注释的日期。这通常会早于Affymetrix网站上发布注释的日期。
序列类型 指示序列是示例序列、共识序列还是控制序列。示例是直接从公共数据库中获取的单核苷酸序列。该序列可能是mRNA或EST。共识序列是Affymetrix根据公共数据库中的一个或多个序列组装的核苷酸序列。
序列源 用于设计此探针集的序列来自的数据库。
代表公共ID 代表性序列的登录号。请注意,对于基于共识的探针集,代表序列只是用于构建共识序列的几个序列(序列子簇)中的一个,而不是直接用于导出探针序列。在阵列设计期间,选择代表性序列作为与探针组询问的转录区域最相关的序列。请参阅“序列源”字段以确定使用的数据库。
目标描述 与代表公共标识符关联的GenBank描述。某些探头组为空白。
基因标题 探针集表示的基因标题。
基因符号 一个基因符号,如果有(来自UniGene)。
输入_基因_ID Entrez基因数据库UID
RefSeq转录物IDGene本体生物过程
基因本体细胞成分 基因本体联盟细胞成分来源于LocusLink。每个注释由三部分组成:“加入编号//描述//证据”。描述直接对应于GO ID。证据可以是“直接的”或“扩展的”。
基因本体分子功能 基因本体联盟分子功能来源于LocusLink。每个注释由三部分组成:“加入编号//描述//证据”。描述直接对应于GO ID。证据可以是“直接的”或“扩展的”。

数据表
身份证件 GB_ACC公司 克隆ID 景点_ID 物种学名 注释日期 序列类型 序列源 代表公共ID 目标描述 基因标题 基因符号 输入_基因_ID RefSeq转录物IDGene本体生物过程 基因本体细胞成分 基因本体分子功能
1582358_秒_秒 AF091136.1型 家犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF091136.1型 gb:AF091136.1/DB_XREF=gi:5690209/TID=CfAffx.10.47/CNT=1/FEA=mRNA/TIER=ConsEnd/STK=0/DEF=Canis familiaris甘油醛-3-磷酸脱氢酶mRNA,部分cds。 甘油醛-3-磷酸脱氢酶 GAPDH公司 403755 NM_0010031420006006//葡萄糖代谢过程//从电子注释推断//0006096//糖酵解//从电子注推断//0008152//代谢过程//由电子注释推断//0055114//氧化还原//从电子标注推断 0005737//细胞质//电子注释推断 0003824//催化活性//根据电子注释推断//0004365//甘油醛-3-磷酸脱氢酶(磷酸化)活性//根据电子注释推断//0005488//结合//根据电子注推断//0008943//甘油醛-3-磷酸脱氢酶活性//根据电注释推断//0016491//氧化还原酶活性//从电子注释推断//0051287//NAD结合//根据电子注释推断注释
1582360_吨 M35301.1号 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) M35301.1号 gb:M35301.1/DB_XREF=gi:164041/TID=CfAffx.27659.1/CNT=55/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=53/DEF=犬磷脂酶A-2 mRNA,完整cds/FL=国标:M35301.1 磷脂酶A2,IB组(胰腺) PLA2G1B系列 404011 NM_0010033200006644//磷脂代谢过程//由电子注释推断//0016042//脂质分解代谢过程//从电子注释推断 0005576//胞外区域//根据电子注释推断 0004623//磷脂酶A2活性//从电子注释推断//0005509//钙离子结合//从电子注推断//0016787//水解酶活性//从电气注释推断//0046872//金属离子结合//由电子注释推断
1582361_at L25052.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) L25052.1型 gb:L25052.1/DB_XREF=gi:459745/TID=CfAffx.27673.1/CNT=48/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=48/DEF=Canis familiaris蛋白易位复合物β亚基mRNA,完整cds/PROD=蛋白质易位复合物β亚单位/FL=gb:L25052.1 Sec61β亚单位 第61b节 404018 NM_0010033260006810//转运//根据电子注释推断//0015031//蛋白质转运//根据电气注释推断//0065002//细胞内蛋白质跨膜转运//根据电注释推断 0005783//内质网//从电子注释推断//0005783//内质网//traceable author statement//0005789//内质网膜//从电子注推断//0016020//膜//从电注释推断//0016012//膜积分到膜//从电子注释 0015450//P-P-键-水解驱动的蛋白质跨膜转运蛋白活性//可追溯的作者声明
1582362_at M29611.1号 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) M29611.1号 gb:M296111.1/DB_XREF=gi:164022/TID=CfAffx.592.1/CNT=58/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=47/DEF=C.familyaris MHC II类DLA-DR-beta-1基因,完整的cd/FL=国标:M29611.1 MHC II类DLA DRB1β链 DLA-DRB1 474860 NM_0010147680002504//抗原处理和通过MHC II类呈现肽或多糖抗原//从电子注释推断//0006955//免疫应答//从电子注解推断//0019882//抗原处理与呈现//从电子注解推断 0016020//膜//从电子注释推断//0016021//膜的整体//从电子注推断//0042613//MHC II类蛋白复合物//从电子注解推断
1582363_x_at M59172.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) M59172.1型 gb:M59172.1/DB_XREF=gi:164061/GEN=SAA/TID=CfAffx.169.1/CNT=44/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=40/DEF=Canis familiaris血清淀粉样蛋白A(SAA)mRNA,完整cds/PROD=血清淀粉样蛋白A样蛋白/FL=gb:M59172.1 血清淀粉样蛋白A1 SAA1公司 403585 NM_001003050//XM_8504660006953//急性相响应//根据电子注释推断 0005576//胞外区域//根据电子注释推断 0005319//脂质转运蛋白活性//根据电子注释推断
1582364_吨 AF019759.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF019759.1型 gb:AF019759.1/DB_XREF=gi:2425090/GEN=GUSB/TID=CfAffx.5411.1/CNT=37/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=35/DEF=Canis familiarisβ-葡萄糖醛酸酶(GUSB)mRNA,完整cds/PROD=β-葡萄糖醛酸酶/FL=gb:AF019759.1 葡萄糖醛酸酶,β GUSB公司 403831 NM_0010031910005975//碳水化合物代谢过程//从电子注释推断//0008152//代谢过程//从电子注释推断 0005764//溶酶体//从电子注释推断 0003824//催化活性//根据电子注释推断//0004553//水解酶活性,水解O-糖基化合物//根据电子注释推断//0004566//β-葡萄糖醛酸酶活性//根据电子注推断//0016787//水解酶活性//从电子注释推断//0016798//水解蛋白酶活性,作用于糖基键//从电子注释推断//0043169//阳离子结合//从电子注解推断
1582365秒 AF019759.1型 家犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF019759.1型 gb:AF019759.1/DB_XREF=gi:2425090/GEN=GUSB/TID=CfAffx.5411.1/CNT=37/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=35/DEF=Canis familiarisβ-葡萄糖醛酸酶(GUSB)mRNA,完整cds/PROD=β-葡萄糖醛酸酶/FL=gb:AF019759.1 葡萄糖醛酸酶,β GUSB公司 403831 NM_0010031910005975//碳水化合物代谢过程//由电子注释推断//0008152//代谢过程//从电子注释推断 0005764//溶酶体//从电子注释推断 0003824//催化活性//根据电子注释推断//0004553//水解酶活性,水解O-糖基化合物//根据电子注释推断//0004566//β-葡萄糖醛酸酶活性//根据电子注推断//0016787//水解酶活性//从电子注释推断//0016798//水解蛋白酶活性,作用于糖基键//从电子注释推断//0043169//阳离子结合//从电子注解推断
1582366_吨 AF045773.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF045773.1型 gb:AF045773.1/DB_XREF=gi:4164449/TID=CfAffx.27565.1/CNT=32/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=32/DEF=Canis familiaris肾上腺髓质素前体,mRNA,完整cds/PROD=肾上腺髓质素前体/FL=gb:AF045773.1 gb:U96127.1 肾上腺髓质素 ADM公司 403817 NM_001003183 0005576//胞外区域//根据电子注释推断 0005179//激素活性//根据电子注释推断
1582367_吨 AF447922.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF447922.1型 gb:AF447922.1/DB_XREF=gi:25990915/TID=CfAffx.27395.1/CNT=27/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=27/DEF=Canis familiaris Rh B型糖蛋白mRNA,完整cds/PROD=Rh B型糖蛋白/FL=gb:AF447923.1 gb:AF440922.1 Rh家族,B糖蛋白 RHBG公司 403538 NM_0010030170006810//传输//从电子注释推断//0015696//铵传输//从电气注释推断 0005886//质膜//从电子注释推断///0016020//膜//从电子注释推断//0016021//膜整合//从电子注释推断//0016323//基底外侧质膜//从电子注释推断//0030659//细胞质囊泡膜//从电子注释//0031410//细胞质小泡//从电子注释推断
1582368_吨 AF498324.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF498324.1型 gb:AF498324.1/DB_XREF=gi:28190691/GEN=Umod/TID=CfAffx.27382.1/CNT=27/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=26/DEF=Canis familiaris uromodulin前体(Umod)mRNA,完整cds/PROD=尿调节蛋白前体/FL=gb:AF498324.1 尿调节蛋白 UMOD公司 403510 NM_001003003号 0005576//胞外区域//根据电子注释推断//0005886//质膜//根据电子注推断//0016020//膜//根据电气注释推断//0031225//锚定到膜//根据电注释推断 0005509//钙离子结合//根据电子注释推断
1582369_吨 U01153.1号 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) U01153.1号 gb:U01153.1/DB_XREF=gi:403496/TID=CfAffx.50.1/CNT=45/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=24/DEF=Canis familiaris GRP94 mRNA,完整cds/产品=GRP94/FL=国标:U01153.1 热休克蛋白90kDaβ(Grp94),成员1 热休克蛋白90B1 404019 NM_0010033270006457//蛋白质折叠//从电子注释推断 0005783//内质网//由电子注释推断//0005788//内质网腔//由电子注推断//0016529//肌浆网//由电注释推断//0042470//黑素体//由电子注解推断 0000166//核苷酸结合//从电子注释推断//0005509//钙离子结合//从电子学注释推断//0005524//ATP结合//从电学注释推断//0051082//未折叠蛋白结合//由电子注释推断
1582370_年 AF109151.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF109151.1型 gb:AF109151.1/DB_XREF=gi:5852400/GEN=PDE6D/TID=CfAffx.13038.1/CNT=35/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=24/DEF=Canis familiaris cGMP-磷酸二酯酶δ亚基(PDE6D)mRNA,完整cds/PROD=cGMP-磷酸二酯酶δ亚基/FL=gb:AF109151.1 gb:AY029186.1 磷酸二酯酶6D,cGMP特异性,杆状,德尔塔 PDE6D系列 403781 NM_0010031560007601//视觉感知//从电子注释推断//0050896//对刺激的反应//从电子标注推断 0004114//3',5'-环核苷酸磷酸二酯酶活性//根据电子注释推断//0005515//蛋白质结合//根据电子注推断
1582371_at M32283.1号 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) M32283.1号 gb:M32283.1/DB_XREF=gi:164004/TID=CfAffx.436.1/CNT=24/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=21/DEF=Dog MHC class I DLA-A9A9 alpha-chain mRNA,完整cds/FL=国标:M32283.1 MHC I类DLA-88 dla88型 474836 NM_0010147670002474//抗原处理和通过MHC类I呈现肽抗原//从电子注释推断//0006955//免疫应答//从电子注推断//0019882//抗原处理与呈现//从电子注解推断 0016020//膜//从电子注释推断//0016021//膜的整体//从电子注推断//0042612//MHC I类蛋白复合物//从电子注解推断
1582372_at U05780.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) U05780.1型 gb:U05780.1/DB_XREF=gi:458276/TID=CfAffx.27637.1/CNT=18/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=18/DEF=Canis familiaris pellucida C蛋白mRNA,完整cds/PROD=透明带C蛋白/FL=gb:U05780.1 透明带糖蛋白3(精子受体) ZP3基因 403894 NM_0010032240007338//单施//电子注释推断 0005576//胞外区域//根据电子注释推断//0005578//蛋白质细胞外基质//根据电子注推断//0005886//质膜//根据电子注解推断//0016020//膜//从电子注推断//0016021//整合到膜//根据电子注释 0004872//受体活性//从电子注释推断
1582373_吨 AF077821.1号文件 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF077821.1号文件 gb:AF078211/DB_XREF=gi:3901273/TID=CfAfx.399.1/CNT=17/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=15/DEF=犬类诱导型一氧化氮合酶mRNA,完整的cd/PROD=诱导型一氧化氮合酶/FL=gb:AF077821.1 诱导型一氧化氮合酶2 NOS2号 403822 NM_0010031860006801//超氧物代谢过程//根据序列或结构相似性推断//0006809//一氧化氮生物合成过程//根据电子注释推断//0042742//对细菌的防御反应//根据序列和结构相似性推测//0055114//氧化还原//根据电子注解推断注释 0004517//一氧化氮合酶活性//根据电子注释推断//0005506//铁离子结合//根据电子注推断//0005509//钙离子结合//通过电子注释推断//0005515//蛋白质结合//根据序列或结构相似性推断//00055016//钙调素结合//根据电子注释推断//0009055//电子载体活性//根据电子注释推测//0010181//FMN结合//根据电子注推断//0016491//氧化还原酶活性//根据电气注推断//0020037//血红素结合//根据电气注释推断//0046872//金属离子绑定//从电子注释推断//0050660//FAD绑定//由电子注释推断//0050661//NADP绑定//由电气注释推断
1582374_安 AF016248.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF016248.1型 gb:AF016248.1/DB_XREF=gi:3002535/TID=CfAffx.27462.1/CNT=19/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=13/DEF=Canis familiaris细胞色素P450 2C41 mRNA,完整cds/PROD=细胞色素P450 2C41/FL=gb:AF016248.1 细胞色素P450 2C41 CYP2C41号机组 415123 NM_0010033340055114//氧化还原//根据电子注释推断 0005783//内质网//由电子注释推断//0005789//内质网膜//由电子注推断//00057 92//微粒体//由电子注解推断//0016020//膜//从电子注推断 0004497//单加氧酶活性//根据电子注释推断//0005506//铁离子结合//根据电子注推断//0009055//电子载体活性//根据电气注释推断//0016491//氧化还原酶活性//从电子注释推断//0020037//血红素结合//根据电子注释//0046872//金属离子结合//从电子注释推断//0050381//非特定单加氧酶活性//从电子注推断
1582375_吨 DG42-86f3型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 Affymetrix专有数据库 DG42-86f3-1163m16.r1ca affx:DG42-86f3-1163m16.r1ca/DB_XREF=/CLONE=affx:DG42-86f3-1163m16/TID=CfAffx.27462.1/CNT=19/FEA=FL信使核糖核酸/TIER=Stack/STK=6/DEF=细胞色素P450 2C41(酶代码EC1.14.14.1)(CYPIIC41)/FL=gb:AF016248.1 细胞色素P450 2C41 CYP2C41号机组 415123 NM_0010033340055114//氧化还原//根据电子注释推断 0005783//内质网//由电子注释推断//0005789//内质网膜//由电子注推断//00057 92//微粒体//由电子注解推断//0016020//膜//从电子注推断 0004497//单加氧酶活性//从电子注释推断//0005506//铁离子结合//从电子注释推断//0009055//电子载体活性//从电子注释推断//0016491//氧化还原酶活性//从电子注释推断//0020037//血红素结合//从电子注释//0046872//金属离子结合//从电子注释推断//0050381//非特定单加氧酶活性//从电子注推断
1582376_吨 AF038862.1型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF038862.1型 gb:AF038862.1/DB_XREF=gi:4090989/GEN=GNGT2/TID=CfAffx.27448.1/CNT=12/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=12/DEF=Canis familiaris transducinγ亚基(GNGT2)mRNA,完整cds/PROD=转导蛋白γ亚基/FL=gb:AF038862.1 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白(G蛋白),γ转导活性多肽2 全球总产值2 403617 NM_0010030710007165//信号转导//从电子注释推断//0007186//G蛋白偶联受体蛋白信号通路//从电子注解推断 0005834//异源三聚体G蛋白复合物//从电子注释推断//0005886//质膜//从电子注推断//0016020//膜//由电子注释推断 0004871//信号传感器活动//根据电子注释推断
1582377_安 AF167075.2型 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) AF167075.2型 gb:AF167075.2/DB_XREF=gi:6978306/GEN=EAAC1/TID=CfAffx.19033.1/CNT=11/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=10/DEF=Canis familiaris谷氨酸转运体(EAAC1)mRNA,完整cds/PROD=谷氨酸转运体/FL=gb:AF167075.2 溶质载体家族1(神经元/上皮高亲和力谷氨酸转运体,系统Xag),成员1 SLC1A1型 403751 NM_0010031390006835//二羧酸转运//根据电子注释推断 0016020//膜//根据电子注释推断 0017153//钠:二羧酸同向转运体活性//根据电子注释推断
1582378_吨 第45367.1页 家族犬 2009年3月11日 共识序列 GenBank(基因银行) S45367.1系列 gb:S45367.1/DB_XREF=gi:256177/GEN=centractin/TID=CfAffx.27554.1/CNT=22/FEA=FLmRNA/TIER=FL+Stack/STK=8/DEF=Canis familiaris centractin mRNA,完整cds/PROD=中央凝集素/FL=国标:S45367.1 ARP1肌动蛋白相关蛋白1同源物A,中心蛋白α(酵母) ACTR1A公司 403791 NM_001003164 0005737//细胞质//从电子注释推断//0005737//细胞质//根据序列或结构相似性推断//0005813//中心体//从电子注推断//00058 56//细胞骨架//从电子注解推断 0000166//核苷酸结合//从电子注释中推断//0005515//蛋白质结合//从电气注释中推断//0005524//ATP结合//从电注释中推断

总行数:23913

表格已截断,表格大小已满7873千字节






下载家庭 格式
SOFT格式的族文件 柔软帮助
MINiML格式的族文件 MINiML公司帮助

未提供补充数据文件

|国家土地管理局|国家卫生研究院|GEO帮助|免责声明|无障碍|
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap