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如何构造URL以显示来自ClinVar的数据

ClinVar中的数据可以通过URL访问。结果可以是单个记录,也可以是满足查询的一组记录。这些示例仅为示例;任何领域财产在中列出帮助文档可用于通过将基本URL与限定符组合来构建URL。

基本url为:

网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

这也会把你带到ClinVar的主页。

在Qualifier列中添加值以构造最终URL。

类型 限定符 例子
如何构造ClinVar的URL
变更加入 /变化/VCV000007105 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/VCV000007105
参考文献加入 RCV000007523号机组 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/RCV000007523
提交加入 ?期限=SCV000071392[clv_acc] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=SCV000071392[分类_抄送]
通道ID ?项=22144[等位基因] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=22144[等位基因]
基因-符号 ?术语=ABCC6[sym] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=ABCC6[符号]
基因-MIM编号 ?术语=603234[mim] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=603234[最小值]
基因-基因ID ?术语=672[基因型] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=672[基因]
基因-HGNC id

?术语=1884[hgnc]

?term=“HGNC:1884”[HGNC]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=1884【hgnc】

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?术语=“HGNC:1884”[HGNC]

GeneReviews NBK加入 ?术语=NBK1247 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=NBK1247
疾病-名称 ?term=正午 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=noonan
疾病-MIM ?术语=264800[mim] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=264800[最小值]
疾病-MedGen CUI ?术语=C0033847 http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=C00333847
变体-c.表达式 ?术语=c.1018delG http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=c.1018delG
变体ID 变化/7105 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/7105
解释

(财产)
?术语=“临床致病性”[属性] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=%22clinsig%20pathical%22[属性]
解释和审查状态的结合

(两个属性)
?term=“临床致病菌”【属性】和“revstat专家小组”【属性] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar?term=%22clinsig%20pathical%22[属性]%20AND%20%22revstat%20expert%20panel%22[属性]

染色体位置[由冒号(:)限定的范围]

对GRCh37/hg19使用[chrpos37],对GRCh38/hg38使用[chrpos38]

对当前程序集使用[chrpos]

?期限=17[chr]和43000000:4400000[chrpos37] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/?term=17[chr]+AND+43000000:44000000[chrpos37]
此表总结了访问ClinVar的常用方法,仅代表可用选项的子集。可以找到ClinVar字段标识符表在这里。要测试其他查询选项并确定如何将其转换为URL,请使用Search Builder工具(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/advanced网站).在那里,您可以查看公共站点不同字段中的值,测试查询,并保存产生要创建的链接类型的URL。

上次更新时间:2019-06-18T14:58:12Z