三维。

加入号码是序列提交给其中一个DNA存储库(GenBank（基因银行）,欧洲工商管理学院,DDBJ公司). 层序的初始沉积记录称为版本1。如果更新了序列，则版本号为增加，但Accession编号将保持不变。

这个铝repeat系列由短的散布元素组成（SINES）在人类和其他灵长类的基因组中存在多个拷贝。这个铝该序列长度约为300bp，常见于内含子s、 3′未翻译基因区域和基因间基因组区域。它们是移动元件存在于人类基因组中的拷贝数极高。近100万份这个铝估计存在层序，使其成为最丰富的层序移动元件。这个铝序列之所以如此命名，是因为存在识别站点铝I核酸内切酶在铝顺序。由于铝在基因组中重复铝序列用作通用引物聚合酶链式反应动物细胞系；它在正向和反向都会绑定。这个铝通用引物序列如下：5′-GTG GAT CAC CTG AGGTCA GGA GTT TC-3′（26米）。

特定基因的变异形式之一轨迹在染色体上。不同的等位基因导致遗传变异头发颜色或血型等特征。在个人中等位基因（显性）可能比另一种形式（隐性）表达得更多。当“基因”被简单地视为核苷酸片段时序列，等位基因是指在特定的在序列中的位置。例如，CT多态性例如CCT[C/T]CCAT两个等位基因：C和T。

应用程序编程接口。API是应用程序使用的一组例程请求并执行由计算机操作人员执行的低级别服务系统。对于运行图形用户界面的计算机，API管理应用程序的窗口、图标、菜单和对话框。

摘要语法符号1是一种国际标准的数据表示格式实现计算机平台之间的互操作性。它允许可靠的通过计算机和软件系统交换结构和内容方面的数据所有类型。

细菌人工染色体。BAC是DNA（100000–200000 bp）外源DNA已被克隆到宿主细菌中，可以制作许多拷贝。

BankIt是一种在线提交一个或几个序列到GenBank（基因银行）并设计用于提交过程快速简单。（BankIt还自动使用维奇屏幕到鉴定核酸序列的片段，所述片段可以是载体、适配器或接头防治媒介污染问题的起源GenBank（基因银行）.)

值S′来自原始对齐分数S，其中所用评分系统的统计特性已被考虑在内。由使用以下公式规范化原始分数：

基本局部对齐搜索工具(Altschul等人等，《分子生物学杂志》215:403-410；1990). 序列比较算法它针对速度进行了优化，并用于搜索序列数据库以获得查询的最佳局部对齐。请参阅爆炸章（第15章）或辅导的或叙事指导到爆炸。

核苷酸–核苷酸爆炸.blastn在美国金融服务贸易协会格式，GenBank（基因银行）接入号码，或吉并将其与美国国立生物技术信息中心 核苷酸数据库.

蛋白质-蛋白质爆炸.blastp在美国金融服务贸易协会格式，GenBank（基因银行）接入号码，或吉并将其与美国国立生物技术信息中心 蛋白质数据库.

A类DNA/蛋白质序列分析程序，快速找到95%的序列和长度相似度大于等于40个基。它可能会遗漏更多发散或更短的内容序列比对。蛋白质BLAT发现80%及以上的序列长度相似的20个氨基酸或更多。BLAT不是爆炸。（请参阅BLAT网第页.)

爆炸链接。BLink显示的结果爆炸搜索中的每个蛋白质序列Entrez公司蛋白质数据领域。可以通过以下任意链接旁边显示的BLink链接访问在Entrez Protein搜索结果中点击。与Entrez相比相关的序列功能，其中列出了类似序列的标题，BLink显示预计算的图形输出爆炸非冗余（nr）蛋白质数据库的结果。输出包括查询序列、分数和对齐上最多200次BLAST点击的位置。眨眼提供了多种显示选项，包括按分类的点击分布分组，对每个有机体的最佳命中，查询序列中的蛋白质域，具有已知3D结构的类似序列，等等。其他选项允许您指定要从哪个分类中排除、增加或减少BLAST截止分数或过滤BLAST点击，以仅显示来自特定来源的点击数据库，例如参考序列或保护开关。请参阅B链接帮助文件了解更多信息。

二进制大对象（或二进制数据对象）。BLOB指的是一大块数据，例如作为位图。BLOB的特点是字段值大，表大小不可预测，以及从程序的角度来看是无形式的数据。它也是一个关键字指定BLOB结构，其中包含有关数据块的信息。

块替换矩阵A代换矩阵其中每个位置的得分为源自对局部块中替换频率的观察相关蛋白质的比对。每个矩阵都是根据特定的进化而定制的距离。在BLOSUM系列62矩阵例如，得出分数的比对是使用共享不超过62%身份的序列创建。序列更多与62%相同的是在比对中用单个序列表示避免让近亲超重(Henikoff和Henikof，美国国家科学院院刊89:10915-10919；1992).

这个术语指的是使用逻辑运算符AND、OR、XOR和不是；结果由逻辑值组成（TRUE或FALSE）。关键字boolean指示与标识符关联的表达式或常量表达式取值为TRUE或FALSE。逻辑AND（&&）如果两个操作数都有非零值，则运算符生成值1；否则，它生成值0。如果满足以下条件，则logical-OR（）运算符将生成值1它的任一操作数都具有非零值。logical-NOT（！）运算符如果操作数为真（非零），则生成值0；如果操作数是FALSE（0）。只有当其中一个操作数为TRUE，另一个为FALSE。如果两个操作数相同（TRUE或FALSE），则操作产生FALSE。

由那次跑步。

癌症染色体畸变项目。CCAP旨在加快定义和与之相关的不同染色体改变的详细特征恶性转化。该项目是NCI公司，的美国国立生物技术信息中心以及众多的研究实验室。

保留的域。CD是指领域（独特的功能和/或结构单元蛋白质）在进化过程中被保存。在演变过程中蛋白质中氨基酸序列的特定位置发生的方式是保留原始残留物的物理化学性质，因此蛋白质该区域的结构和/或功能特性。

保护域体系结构检索工具。当给定一个蛋白质查询序列时，CDART显示组成蛋白质的功能域，并列出具有类似的领域体系结构。序列的功能域由将蛋白质序列与保守结构域比对数据库进行比较，客户尽职调查使用RPS-爆炸.

保留的域数据库。该数据库是序列比对和代表在分子进化过程中保守的蛋白质结构域的图谱。

互补的DNA.A型DNA序列通过信使逆转录获得核糖核酸(信使核糖核酸)顺序。

编码区域、编码序列。CDS是指基因组的一部分DNA序列这是从一开始翻译的密码子终止密码子，包括，如果完成。A类部分CDS缺少部分完整CDS（它可能缺少开始和停止密码子）。成功翻译CDS会合成蛋白质。

多态性研究中心休曼

癌症基因组解剖学项目。CGAP是一个跨学科项目，旨在确定人类基因在不同癌症状态下的表达，基于cDNA(美国东部时间)文库，并确定分子正常细胞、癌前细胞和恶性细胞的特征。该项目是一项协作在NCI公司，的美国国立生物技术信息中心以及众多的研究实验室。

比较基因组杂交。CGH是一种荧光分子细胞遗传学技术识别染色体畸变并将这些变化映射到中期染色体。CGH可用于生成DNA肿瘤基因组的拷贝数变化。CGH是基于定量双色荧光就地杂交(鱼类). 从肿瘤细胞中提取DNA标记为一种颜色（例如绿色），并与正常DNA以1:1的比例混合用不同颜色（例如红色）标记的单元格。然后将混合物应用于正常中期染色体。基因组中具有相同代表性的部分正常和肿瘤细胞将显示为橙色，肿瘤样本中的区域被删除相对于正常样本，将显示为红色，出现在较高位置的区域肿瘤样本中的拷贝数（由于扩增）将显示为绿色。特殊需要图像分析工具来量化绿/红荧光的比率以确定给定区域在正常或肿瘤样本。

公共网关接口。允许Web服务器运行程序或脚本并将输出发送到Web浏览器。

基于特定标准创建的组。例如，基因簇可以包括一组表达谱相似的基因根据某些标准，或者集群可能指的是通过同源性彼此相关。

“三维视图”是一个结构和序列对齐查看器，用于美国国立生物技术信息中心数据库。它允许查看三维结构和序列-结构或结构–结构对齐。Cn3D可以作为浏览器或作为检索结构记录的客户端-服务器应用程序来自分子建模数据库(MMDB公司，见下文）。这个Cn3D主页提供如何安装程序的信息访问，一个入门教程和一个全面的帮助文档。

中三个核苷酸的序列DNA或信使核糖核酸它指定了一种特殊的氨基酸蛋白质合成期间；也称为三胞胎。在64个可能的密码子中，有3个是stop密码子，不指定氨基酸。

通过比较蛋白质来描绘（蛋白质的）同源群簇来自完全测序基因组的序列。每个COG由单个蛋白质或来自至少三个谱系的旁系群，因此对应于一个古代保守的领域.

核苷酸或氨基酸最常见于序列中的每个位置同源的DNA、RNA或蛋白质。

通过连接重叠的克隆或序列而形成的基因组的相邻片段。A类克隆contig由一组克隆（复制）片段组成DNA代表特定染色体的重叠区域。序列contig是一个扩展通过合并重叠的主序列创建的序列。连续地图显示染色体上相邻DNA片段重叠的区域。等高线图提供了通过检查一系列来研究基因组的完整且通常是大片段的能力重叠的克隆，然后提供关于该地区。

科里尔老化细胞研究所存储库

中央处理单元。CPU是计算机的计算和控制单元，解释和执行指令的设备。

级联样式表。CSS指定控制的表示和布局HTML格式和XML格式元素。CSS可用于描述简单结构的格式行为和文本修饰XML格式文档，但无法显示与源结构不同的结构数据。

工具Entrez公司，的库比存储随时可能更新的搜索策略，存储链接输出首选项指定必须在其中显示的LinkOut提供程序公共医学、和更改默认文档传递服务。

数据创建和维护系统

DNA数据库日本

中的序列美国金融服务贸易协会格式以单行描述开头，后跟行序列数据。定义行或描述行与按中的“大于”（>）符号对数据进行排序第一列（请参见例子); 也DEFLINE，如在平面文件中。

脱氧核糖核酸是细胞核内携带制造活生物体的遗传指令。DNA由两个反平行分子组成每一股都是核苷酸的线性聚合物。每个核苷酸都有一个磷酸基团通过磷酸酯键与戊糖（一种五碳糖分子，脱氧核糖）相连，它又与四种有机碱之一，腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶或胸腺嘧啶，缩写为A、G、C和T。碱有两种类型：嘌呤，有两个环，稍大（A和G）；和嘧啶，它们只有一个环（C和T）。每个核苷酸通过一个脱氧核糖基5′碳之间的共价磷酸二酯键和下一个的3′碳。DNA是一个螺旋分子糖-磷酸骨架在外面，核苷酸向中心轴线。相反绞线上的底座之间有特定的底座布线这样，a总是与T配对，G总是与C配对。

“结构域”是指假定为折叠独立于蛋白质的其余部分，而蛋白质拥有自己的折叠功能。

草稿顺序是指DNA尚未完成但通常较高的序列质量（即精度大于90%）。草稿序列数据主要是以10000个碱基对大小的片段的形式，染色体的大致位置其中有已知的。以下关键字与草稿序列关联：阶段0，克隆体的光程覆盖率，一般只有1×覆盖率；阶段1，4–10×覆盖范围美国银行克隆（碎片的顺序和方向未知）；和相位2，4–10×保险范围美国银行克隆（片段的顺序和方向已知）。第3阶段指的是完全已完成序列.

文档类型定义。DTD是XML格式文件它定义了文档的规则。它通过以下方式设置XML文档的约束指定文档中存在哪些元素以及它们之间的关系元素，例如，哪些标签可以包含其他标签，标签的编号和顺序，和标记的属性。DTD有助于在接收时验证数据应用程序没有传入数据的内置描述。

从核酸序列中筛选低复杂度区域的程序。

期待价值。E值是一个描述一个人可以点击的次数的参数“期望”在搜索特定数据库时偶然看到大小。它随分配给以下匹配项的分数（S）呈指数递减：两个序列。本质上，E值描述了随机背景噪声存在于序列之间的匹配。例如，指定给命中的E值为1可以被解释为意味着在当前大小的数据库中，可能会只是偶然看到一场得分相近的比赛。这意味着越低E值，或越接近“0”，则越高比赛的“意义”。然而，值得注意的是短序列搜索几乎可以是相同的，并且具有相对较高的E值。这是因为E值的计算还考虑了查询序列的长度。这是因为较短的序列具有较高的概率发生在数据库中纯属偶然。有关更多信息，请参阅以下内容辅导的.

根据标准化酶方案分配给一种酶的编号命名委员会酶委员会制定的命名法国际生物化学和分子生物学联合会（IUBMB）。EC编号可能为在中找到酶，的酶命名数据库，保存在ExPASy公司分子生物学服务器。

欧洲分子生物学门诊化验室

Entrez是一个检索系统，用于搜索多个链接数据库。它提供了访问权限至以下美国国立生物技术信息中心数据库：公共医学,GenBank（基因银行），蛋白质，结构，基因组，PopSet、，OMIM公司、分类学、书籍、ProbeSet、，3D域，UniSTS大学,SNP公司、和客户尽职调查。（请参见Entrez章节或Entrez网页.)

（以前称为LocusLink）。Entrez Gene为基因(基因IDs） 并报告信息与这些标识符关联以供不受限制的公共使用。查看Entrez基因章或网页.)

表达序列标记。EST较短（通常约300–500个基数对），单程序列读取cDNA通常，它们是大批量生产的。他们代表在特定组织和/或特定发育阶段表达的基因。它们是标签给定表达式的（某些编码，其他不编码）cDNA库。它们在以下方面很有用识别全长基因并进行绘图。

电子聚合酶链式反应用于比较查询序列到映射的序列标记站点(STS公司s） 为查询序列查找可能的映射位置。e-PCR发现中的STSDNA通过搜索与PCR引物紧密匹配的子序列进行序列分析存在于映射标记中。子序列必须具有正确的顺序、方向、，以及间隔，它们可以合理地启动PCR产物的扩增正确的分子重量.

“领先”引文。公共医学现在接受出版商对以下文章的引用在印刷版之前以电子方式出版。公共医学显示类别引文部分中的“[epub before of print]”通常会显示分页。例如：Proc Natl Acad Sci US A.2000年5月2[epub提前打印]。

通过序列同源性发现外显子。Exofish是一种基于同源搜索的工具快速可靠地鉴定人类基因。它依赖于另一个的序列脊椎动物，河豚金娃娃（类似于河豚），至检测背景很低的保守序列。基因组T。黑病毒是人类基因组的八倍用于从人类草图中比较鉴定人类基因基因组(Roest Crollius等人，Nat Genet25:235-238; 2000).

指编码该基因的一部分的基因部分信使核糖核酸基因可能包含许多外显子，其中一些可能只包含蛋白质编码序列；然而外显子还可以包括5′或3′非翻译序列。特定基因的每个外显子编码完整蛋白质的一部分。在一些物种（包括人类）中，基因的外显子是被长区域隔开DNA（调用内含子s或有时“垃圾DNA”），通常没有明显的功能，但已证明编码小的非翻译RNA或调节性RNA信息。（另请参见剪接地点.)

外显子捕获是一种克隆技术外显子基因组序列DNA通过选择用于功能剪接位点，依靠细胞拼接机械。基因组DNA包含假定外显子的基因被克隆到外显子捕捉载体中，该载体具有启动子、多聚腺苷酸化信号和剪接位点，然后转染到细胞中行。如果基因组DNA片段中存在功能性剪接位点剪接位点之间的DNA将被删除。总计核糖核酸被隔离并且反转录。之后cDNA合成和聚合酶链反应扩增，外显子兴趣被克隆。

专家蛋白质分析系统是瑞士生物信息学研究所（SIB）的蛋白质组学服务器。

第一个广泛使用的蛋白质和蛋白质相似性搜索算法DNA序列数据库。程序通过扫描序列来寻找最佳的局部对齐小火柴叫做“单词”。最初计算出有多个单词的点击数（“init1”）。随后，可以将几个段的分数相加，以生成“initn”分数。包含间隙的优化对齐在输出中显示为“选择”。搜索的灵敏度和速度成反比并由“k-tup”变量控制，该变量指定a“单词”(皮尔逊和利普曼). 也指格式对于核酸酸或蛋白质顺序。

当受到特定限制时，克隆产生的凝胶上的条带模式酶，例如Hin公司d三。

高质量、低误差DNA没有间隙的序列。为了符合成品序列的要求，每10000个基准中只有一个错误（即99.999%）。

荧光就地杂交。在这种技术中，荧光分子用于标记DNA探查，然后可以与特定的DNA染色体中的序列扩散，使得通过显微镜可以看到这个部位。FISH用于突出显示位置基因、亚染色体区域、整个染色体或特定DNA序列。它有用于绘制和检测基因组重排，以及研究DNA复制。

平面文件是包含记录的数据文件（每个记录对应于表）；然而，这些记录没有结构化的关系。要解释这些文件，文件的格式属性应该是已知的。例如，数据库管理系统可能允许用户将数据导出到以逗号分隔的文件。这样一个文件称为平面文件，因为它没有关于数据的固有信息，并且解释需要额外的信息。数据库管理系统中的文件具有更复杂的存储结构。

复制正在更改的数据，以保留数据集在特定点的存在状态及时。还用于引用冻结数据的结果集。

文件传输协议。通过网络直接将文件检索到用户的计算机或他/她的主目录，使用一组控制方式的协议数据将被传输。

间隙是引入路线以补偿插入和一个序列相对于另一个序列的缺失。防止积聚过多路线中的缺口，引入缺口会导致固定金额的扣除（差距分数）。扩大差距以涵盖其他核苷酸或氨基酸也会在排列得分中受到惩罚。（请参阅图形了解更多信息。）

千兆字节

GenBank（基因银行）平面锉。指一种格式.gbff格式。

GenBank是一个包含100000多种生物核苷酸序列的数据库。记录用编码区特征注释的还包括氨基酸翻译。GenBank属于序列数据库的国际合作组织包括欧洲工商管理学院和DDBJ公司.[参见GenBank（基因银行）第章（第1章）或GenBank网站第页.]

GeneID是分配给中基因记录的唯一标识符Entrez基因。它是一个整数，是物种具体而言。换言之，人类营养不良蛋白的整数与任何其他物种都是如此。对于在LocusLink中表示的基因组GeneID与LocusID相同。GeneID报告于参考序列记录为“db_xref”（例如/db_xref=“GeneID:856646”，inGenBank（基因银行）格式）。

基因中告诉细胞如何制造特定蛋白质的指令。A、 T、G、，和C是DNA代码；它们代表化学物质腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和分别组成核苷酸碱基的胞嘧啶DNA.每个基因的代码将这四种化学物质以不同的方式组合在一起，拼出三个字母“单词”，指明每个位置需要哪种氨基酸用于制造蛋白质。

用于识别的基因识别算法外显子–内含子基因组结构DNA顺序。

不表现为外在特征的个体的遗传特性。基因型是指基因组中特定区域的一对等位基因个人携带。

基因表达总览。GEO是一个基因表达数据仓库和在线资源用于从任何生物体或人工来源检索基因表达数据。许多平台类型的基因表达数据类型，如斑点微阵列，高密度寡核苷酸阵列、杂交过滤器和基因序列分析表达式(SAGE公司)数据被接受，作为公共数据集进行访问和存档。[请参阅GEO章节（第6章）或GEO网页.]

GenInfo标识符是核苷酸序列的序列标识号。如果核苷酸序列以任何方式发生变化，将分配一个新的GI编号。A类核苷酸内的每个蛋白质翻译也指定了单独的GI编号序列记录，如果蛋白质翻译发生任何变化，则分配一个新的GI。GI序列标识符与新加入的序列版本系统并行运行标识符（参见版本).

基因组调查序列类似于美国东部时间除了序列是起源于基因组，而不是cDNA(信使核糖核酸). GSS部门GenBank（基因银行）包含（但不限于）以下类型的数据：随机“单通读取”基因组调查序列/美国银行/扬子乙酰结束序列，外显子标记的基因组序列，以及铝-聚合酶链反应序列。

二倍体个体在特定基因组轨迹这些个体被定义为杂合子，而基因座上有两个相同等位基因的个体被定义为纯合子。这个概率可以通过从并将杂合子的数量除以采样的总数。

人类免疫缺陷病毒。HIV-1是一种逆转录病毒，被认为是致病因素艾滋病病原体（获得性免疫缺陷综合征）。

遗传性非息肉病性结肠癌

染色体的一个区域，由细胞学鉴定DNA染色或鱼类技术，因为扩增产生的亚染色体区域的多个拷贝。

该术语指的是可归因于共同祖先血统的相似性。同源染色体是一对基本相同的染色体的成员，每个染色体源于一个父母。它们具有相同或等位基因，并排列了遗传位点以相同的顺序。同源染色体在减数分裂。

高通量基因组序列。HTGS的来源是大规模基因组测序中心；未完成的序列s在中阶段0、1和2，以及完成的序列秒处于第3阶段。

添加到的关键字GenBank（基因银行）测序中心的条目表明工作已在克隆上停止，并且现有序列将不会完成。排序中心可能会因为克隆冗余或其他各种原因而停止工作。

关键字已添加到GenBank（基因银行）由测序中心输入以指示状态（阶段）序列的相位定义（参见下文所述的相位定义拔模顺序).

超文本标记语言。HTML派生自SGML公司。它是一种基于文本的标记语言，主要用于使用web浏览器显示信息并通过链接信息超链接。HTML文档中使用的标记仅提供有关内容将被显示，但不提供有关其内容的信息包围。

发布前保留。HUP是指电子数据的类别提交给公众发布的时间。

国际植物命名法规

国际分类疾病

国际肿瘤疾病分类，第三版

国际细菌命名法规

国际栽培植物命名法规

国际委员会病毒分类

国际病毒分类和命名代码

国际动物守则术语

的图示核型一种有机体。

基因组及其表达的集成分子分析。学术联盟共享高质量阵列的组cDNA库和放置序列、地图和将这些阵列中克隆的表达数据公开领域。使用这个信息，独特的克隆可以重新排列形成一个“主人阵列”，目的是最终从每个正在研究的基因组中的基因。迄今为止，人类、老鼠、老鼠、斑马鱼和非洲爪蟾基因组研究。

指的是DNA主要转录本中的序列并且在核糖核酸不包括在成熟的，功能性的信使核糖核酸、rRNA或tRNA称为干预序列。（另请参见剪接地点.)

索引顺序访问方法。ISAM是一种数据库访问方法。它允许数据数据库中要按顺序（按顺序）访问的记录或随机（使用索引）。在索引中，每个记录都有一个唯一的键这使得它能够快速定位。键是用于引用记录。

国际人类细胞遗传学命名系统

国际标准化组织

国际标准序列号ISSN是一个八位数字，用于标识期刊出版物，包括电子连载。

染色体个体或相关群体的特定染色体补体个体，由染色体的数量和形态定义，通常在有丝分裂中期，按标准分类成对排列。

洛斯阿拉莫斯国家门诊化验室

实验室信息管理系统。LIMS包含帮助生物化学实验室处理数据生成、信息管理和数据存档。

用于从特定文章、期刊或生物数据创建链接的注册服务在里面Entrez公司到外部web上的资源地点。第三方可以提供统一资源定位地址，资源名称，其web的简要描述现场和规范美国国立生物技术信息中心他们希望从中建立链接的数据。该规范可以写成有效的布尔值查询到Entrez公司或作为列表特定项目或序列的标识符。Entrez公司公共医学然后用户可以选择通过NCBI搜索时可以看到哪些外部链接库比服务（请参见以上）。（请参阅链接输出章节或网状物第页.)

在基因组中，位点是指染色体上的位置。因此，它可能，是指可以描述的标记、基因或任何其他标志。

多重对齐构造和分析工作台。MACAW是一个针对定位、分析和编辑多个局部序列相似性块序列并将其链接为复合多重对齐。

地图查看器是的一个软件组件Entrez公司基因组它为生物体的子集提供了特殊的浏览功能。它允许人们查看和搜索生物体的完整基因组，显示染色体图谱，并逐步放大更详细的级别，直至关注区域。如果一条染色体有多个图谱，它会显示这些图谱基于共享标记和基因名称相互对齐，对于序列图，基于公共序列坐标系。目前在地图查看器列在Entrez地图查看器帮助文档，它提供了有关如何使用工具。可用地图的数量和类型因生物体而异，并在为每个生物体提供的“数据和搜索提示”文件。

兆字节

MEDLINE是国家土地管理局的索引数据库生物医学和保健领域的期刊引文和摘要。它包括在美国出版的近4500种期刊和70多种其他期刊国家。（有关更多信息，请参阅事实工作表.)

MegaBLAST是一个用于对齐因以下原因而略有不同的序列的程序排序或其他类似的“错误”。当使用较大字号时，它比更常见的序列相似性程序快10倍。MegaBLAST是也能有效处理更长时间DNA序列比序列比对分析传统程序爆炸算法。它使用核苷酸序列比对搜索的GREEDY算法。

医学主题标题。MeSH是指国家土地管理局用于索引中的文章公共医学.MeSH公司术语提供了检索可能使用不同信息的一致方法相同概念的术语。（请参阅MeSH主页.)

元叙词表是国家癌症研究所的浏览器，包含不同的生物医学词汇，包括国际疾病分类肿瘤科ICD-O-3型.

多个-美国金融服务贸易协会格式。

哺乳动物基因收集。MGC公司是的一个项目国家卫生研究院到提供一套完整的全长（开放阅读框）序列和cDNA的克隆为人类和小鼠表达基因。

小鼠基因组数据库MGD包含关于小鼠遗传标记的信息，分子片段、表型、比较绘图数据、实验绘图数据，以及遗传、物理和细胞遗传学图的图形显示。

小鼠基因组信息学.MGI拥有一个数据库，提供对数据的集成访问关于实验小鼠的遗传学、基因组学和生物学。

短序列的重复延伸DNA用作遗传标记来追踪家族遗传（例如CC[TATATATA]CCCT）。也称为短串联重复序列（可疑交易报告）。

《人的孟德尔遗传》，1966年首次出版，孟德尔学派人类遗传（MIM）是一个为临床医学和生物医学研究服务的遗传知识库，包括人类基因组计划。

一个有序的列表或映射，用于定义所需的重叠克隆的最小集合提供染色体或其他延伸段的完整覆盖DNA（与相比平铺路径).

分子建模数据库。MMDB是三维生物分子数据库X射线晶体学和核磁共振的结构(核磁共振)光谱学。

分子模型数据库加入号码.

信使核糖核酸mRNA描述基因组的一部分DNA序列，即转录，并且可以包括5'非翻译区域（5'UTR公司),客户尽职调查和3'非翻译区（3'UTR）。成功翻译客户尽职调查mRNA的切片导致蛋白质的合成。

永久性结构变更DNA在大多数情况下，DNA变化要么没有影响或造成伤害，但偶尔突变会提高生物体生存下来，有益的变化会传递给生物体的后代。通常，在人群样本中，突变比多态性更为罕见，因为自然选择认识到它们的适应性较低，并将它们从人口。

国家中心生物技术信息

包含受支持的软件工具，这些工具来自美国国立生物技术信息中心NCBI工具包描述了工具箱的三个组件：数据模型、数据编码和编程库。提供对DataModel文档的访问，C工具包、C++工具包、NCBI C工具包源浏览器、，XML格式演示程序、XML DTD和这个FTP站点.

国家癌症研究所

NEXUS是指设计用于包含计算机处理数据的文件格式程序。为了清晰起见，NEXUS文件应以.nxs或.nex结尾(Maddison等人，《系统生物学》46:590-621；1997).

美国国立卫生研究院

国家医学图书馆

核磁共振。核磁共振是一种用于测定的光谱技术蛋白质结构。

非冗余蛋白质数据库

在线孟德尔遗传。OMIM是人类基因和遗传目录疾病，与文献参考、序列记录、地图和相关数据库。

正畸学描述了来自单一祖先基因的不同物种的基因在各自物种的最后一个共同祖先中。

正畸学描述了来自同一祖先的不同物种的基因，也就是说，它们是直接的进化对应物。

paralog是一组同源的彼此分离的基因基因复制的后果。例如，小鼠α-珠蛋白和β-珠蛋白基因是旁系同源物。关系小鼠之间α-珠蛋白和小鸡β-珠蛋白也被认为是同源的。

Paralogy描述了同源的由基因产生的基因重复。

聚合酶链反应。放大特定信号的技术DNA中的段复杂混合物。DNA混合物中还存在短寡核苷酸引物感兴趣的DNA片段和DNA合成试剂。PCR依赖于DNA在高温下分离成两条互补链（这个过程称为变性）并使两股线在最佳较低温度下退火（退火）。退火阶段之后，DNA合成步骤处于最佳状态热稳定DNA聚合酶的温度。经过多次变性后，退火和DNA合成，寡核苷酸引物指定的DNA序列被放大了。

蛋白质数据库PDB是三维大分子结构数据的数据库。

普法姆是数据库包含大量多序列比对和隐马尔可夫模型覆盖了许多常见的蛋白质结构域。

生物体可观察到的特征或特征，例如头发颜色，重量，或疾病的存在或不存在。表型特征不一定遗传的。

一种将原始序列组装成序列连续体（见上文）的计算机程序为序列中的每个位置分配一个相关的“质量”分数”，基于PHRED公司原始序列读取的分数。PHRAP质量分数为X（X）对应于大约10的错误概率^-X（X）/10因此，PHRAP质量分数为30相当于99.9%的准确度用于组装顺序中的底座。

分析原始序列以生成“基”的计算机程序调用“每个职位的相关“质量分数”在序列中。PHRED质量分数为X（X）对应于一个错误概率约为10^-X（X）/10因此，PHRED质量分数30对应于原始基础调用的准确率为99.9%阅读。

存在模式–缺少集群在不同的物种。

PHYLogeny推理包.各种计算机的程序包推断系统发育或进化树的平台，可从网状物。

蛋白质信息资源

公共医学中心.国家土地管理局的生命科学期刊文献数字档案。

公共医学身份证号码

便携式网络图形。一种可扩展的文件格式，用于无损、良好压缩光栅图像的存储（由像素水平线组成的图像，例如如计算机屏幕所创建的那样）。图像、媒体和应用程序的压缩文件是减少网络传输时间所必需的。技术无损压缩在不牺牲任何原始数据的情况下减小了文件的大小，扩展后的图像与压缩前的图像完全相同。PNG克服了GIF（图形交换格式）的专利问题，可以替代TIFF（标记图像文件格式）。一些功能，如索引颜色、灰度和支持真彩色和可选的字母通道。PNG旨在工作在在线查看应用程序中表现良好，并被支持为图像标准万维网.

添加到3′端的一串腺苷酸残基初级的信使核糖核酸成绩单。聚乙烯（A）聚合酶是一种添加聚A尾部的酶，聚A尾部位于100到250个碱基之间长。

序列中的常见变化DNA个人之间。遗传变异发生在超过1%的群体将被认为是遗传连锁分析中有用的多态性。

由肽键连接的氨基酸线性聚合物。蛋白质很大多肽，这两个术语通常可以互换使用。

蛋白质研究基金会

仅在特定人群中常见的变异。通常这类人群与其他更大的群体进行生殖隔离。这些变化可能完全是其他组中没有。

八种生物蛋白质序列数据库：人类(人类智者)，鼠标(小家鼠)，老鼠(大鼠褐家鼠)，果蝇(黑腹果蝇)，蠕虫(秀丽隐杆线虫)，酵母(酿酒酵母),工厂(拟南芥)，和细菌(大肠杆菌属大肠杆菌). （请参阅ProtEST网站第页.)

蛋白质评论网状物。以PROW指南为特色的在线资源-权威，蛋白质和蛋白质家族的简短、结构化综述。指南提供了大约20种标准化信息类别（抽象、生化功能、，配体、参考文献等）。

一系列DNA这与正常基因非常相似，但已被改变稍微有点，这样就不会表达出来了。这些基因可能曾经有功能，但是时间，获得了一个或多个使其不能产生蛋白质的突变产品。

位置特定重复爆炸.PSI-最后(Altschul等人，《分子生物学杂志》215:403-410；1990)用于迭代使用位置特定评分矩阵进行蛋白质序列相似性搜索(PSSM系统). 这是一个用于使用蛋白质查询搜索蛋白质数据库以查找相同的其他成员蛋白质家族。发现的所有具有统计意义的比对爆炸合并为多重对齐，从中PSSM系统已构造。此矩阵用于在数据库中搜索其他重要的比对，该过程可以迭代，直到没有新的比对找到。

位置特定得分矩阵。PSSM为查找目标序列中特定的匹配氨基酸。

包含期刊引文、摘要和索引术语的检索系统生物医学上的文章。它包括直接提供的文献引用到美国国立生物技术信息中心出版商以及统一资源定位地址s至出版商网站上的全文文章。PubMed包含完整的内容的MEDLINE公司和PREMEDLINE数据库。它还包含一些被认为超出范围的文章和期刊MEDLINE公司，基于无论是在内容上还是在期刊未编入索引的一段时间内，因此，是的超集MEDLINE公司。

公共医学中央XML格式文件

排队系统爆炸允许用户在其方便并使用不同格式多次格式化结果选项。

数量性状位点。QTL是一种假设，即染色体的某个区域包含对复杂性状的表达有显著贡献的基因。QTL通常通过比较多态性分子标记和表型性状测量。联动图的密度在QTL的准确定位；地图密度越高假定QTL的位置，尽管错误的可能性增加将检测到阳性。一旦QTL被定位到一个相对较小的染色体上区域，其他分子方法可用于分离特定基因。

研究合作机构结构生物信息学RCSB是一个非盈利财团，致力于阐明生物、大分子、三维结构。

相互影响最大的是来自不同有机体的蛋白质，它们是彼此的顶端爆炸当这些有机体的蛋白质组相互比较时。对于例如，将生物体1中的蛋白质A–Z与蛋白质进行比较生物体2中的AA–ZZ。如果蛋白质A对蛋白质RR的影响最大，而RR的作用最大当它与生物体1中的所有蛋白质相比较时，结果也变成了蛋白质A，那么A和RR是对等的最佳点击。然而，如果RR的最佳命中率是B而不是A、 那么A和RR不是对等的最佳点击。

RefSeq是美国国立生物技术信息中心参考序列数据库；精心策划的非冗余集合包括基因组DNA已知基因的连接、mRNA和蛋白质，以及整个染色体。

程序那个屏幕DNA穿插重复序列和低复杂性DNA序列的序列。

限制性片段长度多态性。基因变异发生在限制性内切酶切一块DNA.此类变化会影响结果的大小碎片。这些序列可用作物理图和连锁图上的标记。RFLP也发音为“rif-lip”。

辐射混合图。基因组图，其中标准时间s根据频率相互相对定位它们被辐射诱导的断裂隔开。频率分析由分析一组人-仓鼠杂交细胞系。这些混血儿通过照射人体细胞产生，损伤细胞并使其破碎DNA. The濒死的人类细胞与胸腺嘧啶激酶阴性（TK−）活仓鼠融合细胞。融合细胞是在对抗仓鼠细胞和有利于携带人类的杂交细胞的生长TK公司基因。在相对湿度图中，距离单位是厘米（cR），表示有1%的概率两个位点之间发生的断裂。

核糖核酸。单链核酸，类似于DNA但含有核糖糖，而不是脱氧核糖尿嘧啶代替胸腺嘧啶作为其碱基之一。

反向位置特定爆炸。用于识别蛋白质查询序列。它通过将查询蛋白质序列与职位特定得分矩阵(PSSM系统)秒由保存的领域路线。RPS-BLAST是一种位置特定迭代BLAST的“反向”版本(PSI-爆炸); 然而，RPS-BLAST将根据根据现成路线编制的纵断面数据库查询序列，然而PSI-爆炸从单个蛋白质序列开始构建比对。

基因表达的系列分析。一种实验技术，旨在定量测量基因表达。

Sequin是由美国国立生物技术信息中心用于向提交和更新条目GenBank（基因银行）,欧洲工商管理学院，或DDBJ公司序列数据库。它能够处理包含单个短消息的简单提交信使核糖核酸包含长序列、多注释、，分段的集合DNA或系统发育和种群研究。

酿酒酵母基因组数据库。分子生物学和遗传学数据库酿酒酵母科也称为面包酵母。

标准通用标记语言。规定电子文档的结构和内容。SGML用于标记SGML不是一种语言，而是一种定义语言的方式是根据其一般原则发展起来的。调用的SGML子集XML格式更广泛地用于标记数据。HTML格式（超文本标记语言）是基于SGML并使用其一些概念为信息的显示和不同部分的链接信息。

光谱核型分析。天空是一种技术，它允许可视化所有有机体的染色体在一起，每个染色体都用不同的颜色标记。这已经实现了通过使用染色体特异的单链DNA探针（每个探针都标有不同的荧光团）与细胞染色体杂交或结合；导致每个染色体被涂成不同的颜色。此技术对于识别染色体异常，因为很容易发现染色体被涂色的地方在一种颜色中有另一条染色体的一小块，被涂成不同的颜色，连接到它。（另请参阅鱼类,CGH公司.)

1.自动转换缩写形式的软件工具核型转换成图像细胞或克隆的表示，每个染色体以不同的颜色显示，带覆盖层。该程序还将包含每个单元格的数量结构异常，显示在括号中。2.完整表意文字或一个单元格或克隆，每个染色体以不同的颜色显示，带重叠。

简单模块化体系结构研究工具。允许自动识别和用户提供的蛋白质序列中的结构域注释。例如保护开关数据库是一个广泛的蛋白质序列的注释和非冗余集合。保护开关注释具有已挖掘用于路线的SMART衍生注释。

斯坦福微阵列数据库.SMD存储来自微阵列实验以及它们相应的图像文件。此外，SMD为数据检索、分析和可视化提供接口。数据已发布由研究人员自行决定或发布后向公众公布。

人类常见但微小的变异DNA频率为每1000次1次基础。SNP是基因组中的一个单一的碱基对位点，在该位点上在自然种群中常见四种可能的碱基对。几百个数千个SNP位点正在基因组序列上被识别和定位，提供尽可能密集的遗传差异图。SNP发音“剪刀”。

文本中的简单综合格式。SOFT是一种ASCII文本格式，设计为从基因检索或提交给基因的数据的机器可读表示表达式综合(地理位置). SOFT也是一种基于行的格式，使其易于解析，使用常用的文本处理和格式化语言。（有关SOFT的示例，请参阅指导.)

指的是外显子-内含子前交叉点-信使核糖核酸（即主要必须经过额外处理才能成为成熟的成绩单核糖核酸对于翻译成蛋白质）。拼接位置可以通过比较基因组学DNA与cDNA顺序。在mRNA中，内含子（非蛋白编码区）通过剪接被移除机械；然而，外显子也可以被删除。取决于哪些外显子（或其部分外显子）被移除后，可以从相同的初始RNA或基因中生成不同的蛋白质。以这种方式产生的不同蛋白质是“剪接变体”或“交替拼接”。

利用散列算法进行序列搜索和对齐。SSAHA是一个用于快速匹配和对齐DNA序列，用于搜索数据库包含大量（千兆字节）基因组序列。它实现了快速搜索通过将序列信息转换为“哈希表”数据来提高速度结构，然后可以快速搜索匹配项(Ning等人，《基因组研究》11:1725-1729；2001).

简单序列长度多态性。SSLP是基于短串联重复次数DNA.

一个短DNA在人类基因组中只出现一次的片段、准确位置和其基的顺序已知。因为每一个都是独一无二的，STS有助于来自许多不同实验室的染色体定位和测序数据。STS是人类物理地图上的地标基因组。

包含与氨基酸概率成比例的值的替换矩阵我将所有氨基酸对突变为氨基酸j。这样的矩阵被构造通过收集大量不同的经验证的氨基酸成对比对样本。如果样本足够大，具有统计显著性，则生成的矩阵应反映在一段时间内发生突变的真实概率进化。（另请参见BLOSUM系列62.)

保护开关是一个精心策划的蛋白质序列数据库，提供高水平的注释（例如蛋白质功能描述，领域结构，翻译后修改，变体等），最低级别的冗余，以及与其他系统的高级别集成数据库。

商标产品系列，包括数据库、开发工具、集成中间件、企业门户以及移动和无线服务器。

在同一股上。短语“保守共线性”指的是不同近缘物种染色体上保守的基因序列。

爆炸分类报告页面。据统计，向BLAST组织征税BLAST受到源生物体的攻击到中的信息美国国立生物技术信息中心的分类学数据库。物种按照与查询序列相似的顺序列出，实力最强的比赛排名第一。

分类标识符。taxID是每个分类单元（对于物种、科、目或分类数据库中的任何其他组）。taxID是在中看到GenBank（基因银行）记录为“源”特征表条目；例如，/db_xref=“taxon:<9606>”是的taxID智人因此，在所有最近的人类序列中都发现了这条线记录。

请参见税务ID.

三个密码子之一，不指定任何氨基酸，因此导致翻译信使核糖核酸转化为待终止的蛋白质。这些密码子标志着蛋白质编码的结束顺序。

基因组研究所研究

一个有序列表或映射，定义一组覆盖染色体或其他延伸段DNA.

第三方注释

平铺路径格式。用于指定将提供的克隆集的表格式特定染色体的最佳序列覆盖率，克隆的顺序沿着染色体，以及克隆中任何间隙的位置平铺路径。也使用引用一个文件（平铺路径文件），其中最小平铺路径覆盖染色体的克隆在平铺路径格式或最小平铺路径如此定义的克隆。

在信使核糖核酸蛋白质合成开始的时间。翻译起始地点通常是AUG密码子，但偶尔使用GUG或CUG密码子启动蛋白质合成。

唯一标识符

统一医疗语言系统国家医学图书馆的一个项目多用途电子“知识的开发和传播以及相关的词汇程序。UMLS的目的是帮助开发系统，帮助卫生专业人员和研究人员检索和整合各种来源的电子生物医学信息并使其用户可以轻松链接不同的信息系统，包括基于计算机的患者记录、书目数据库、事实数据库和专家系统。

请参见拔模顺序.

美国东部时间s和全长信使核糖核酸序列组织成簇，每个簇代表一个独特的已知或推测基因获得序列的有机体。UniGene集群注释为映射和表达信息（例如，针对人类），并包括与其他资源的交叉引用。序列数据可通过以下方式下载集群通过UniGene网页或完整的数据集可以从存储库/UniGene目录的文件传输协议现场。

UniSTS大学提供序列标记站点的统一、非冗余视图(STS公司s） ●●●●。UniSTS集成了标记和从各种公共资源映射数据。如果两个或多个标记不同名称，但相同的引物对，单个STS公司提供了引物对的记录，并显示所有标记名称。

UNIX是由Dennis Ritchie和Kenneth Thompson开发的操作系统30多年前在贝尔实验室。它允许多任务处理和多用户功能并提供与其他操作系统的可移植性。它有数百个程序这有两种类型：集成实用程序，如命令行解释器；和电子邮件等工具，这些工具对于UNIX的操作不是必需的，但提供了为用户提供更多功能。它在功能上分为三个层次：内核，用于调度任务和管理存储；外壳，用于连接和解释用户的命令，从内存调用程序，并执行它们；和工具以及应用程序，为操作系统提供附加功能，如word处理和业务应用程序。UNIX系统^®由注册贝尔实验室作为商标用于计算机操作系统。今天，该标志归开放式团队.

统一资源定位器。Internet上资源的地址。URL语法位于形式协议：//host/localinfo，其中“协议”指定获取对象的方法（例如HTTP，由万维网浏览器和服务器以交换信息，或文件传输协议)，“主机”指定对象所在的远程位置，以及“localinfo”是传递给协议的字符串（通常是文件名）远程位置的处理程序。也称为统一资源标识符（URI）。

UCS（通用字符集）转换格式。AscII-preserving编码Unicode方法（为每个字符提供唯一数字的标准无论平台、程序或语言如何）。

未翻译区域。3′UTR是信使核糖核酸从最后一个位置密码子用于翻译到3′端。5′UTR是信使核糖核酸从5′端到翻译中使用的第一个密码子的位置。

矢量路线搜索工具.用于识别类似蛋白质的计算机算法3D结构。

在搜索查询中对某个术语的重要性赋值。如果搜索查询中的术语是如果发现与文档中的单词相匹配，则会给该单词赋予“权重”。这个词的确切重量将取决于作者对该词的强调程度或其在文档中的位置。例如，出现在章节标题中的一个单词如果同一个单词出现在本章正文中，则其权重要高于该单词。类似地，数据集合中出现的单词也被分配了权重，这取决于术语在集合中出现的频率。

全基因组Shotgun序列。在这种半自动化测序技术中，高分子-重量 DNA剪切成随机碎片，大小选定（通常为2，10、50和150 kb），并克隆到适当的载体中。然后克隆从两端排序。同一克隆的两端称为配对。如果库大小已知且具有狭窄的偏差窗口。使用序列汇编对齐序列软件。这种方法的支持者认为可以对整体进行排序同时使用大型测序器阵列进行基因组分析，这使得整个过程更加复杂比传统方法更有效。

世界卫生组织

万维网。A类联合体（W3C）开发技术，如规范、指南、软件和工具用于互联网。

可扩展标记语言。XML描述了一类称为XML文档的数据对象并部分描述了处理它们的计算机程序的行为。XML是一个的子集SGML公司和XML文档符合SGML文档。制作XML文档多个存储单元称为实体，其中包含已解析或未解析的数据。解析数据由字符（文本单位）组成，其中一些字符构成字符数据，其中一些形成标记。标记包括提供以下信息的标记数据，即对文档结构和内容的描述。字符数据包含所有非标记的文本。XML提供了一种强制对存储布局和逻辑结构的限制。

可扩展样式表语言。XSL用于转换XML格式-基于数据进入之内HTML格式或其他演示格式，以便在web浏览器中显示。这是一个两部分流程。首先，必须将输入XML树的结构转换为新的树（例如，HTML），允许对元素进行重新排序，添加文本，以及计算-全部不修改源文档。描述了该过程通过XSLT（XSLT）第二，XSL-FO（XSL格式对象，用于格式化的XML词汇表）用于格式化输出，定义显示页面的区域及其属性。通过这种方式，源XML文档可以从“纯内容”的角度进行维护，可以与演示文稿分离。XML文档可以以不同的格式交付只需切换样式表，即可面向不同的目标受众。

可扩展样式表语言：转换。XSLT是一种用于转换的语言的结构XML格式文档。XSLT设计用于XSL（XSL）XML的样式表语言。A类用XSLT表示的转换描述了一系列用于转换的模板规则将源树转换为结果树；可以筛选源树中的元素，并重新排序，可以添加不同的结构。模板规则由两部分组成：与源树中的节点匹配的模式；以及一个可以实例化以形成结果树的一部分。这使得XSLT成为声明性语言因为可以指定在特定模式下应该产生什么输出出现在输入中，这与过程编程语言不同，其中有必要指定必须以何种顺序执行哪些任务。XSLT发挥作用XPath定义的表达式语言（用于寻址XML文档），用于选择要处理的元素，用于条件处理，以及用于生成文本。

酵母人工染色体。非常大的部分DNA来自另一个物种拼接到酵母的DNA中。YAC被用来克隆多达100万个外国基地DNA进入宿主细胞，在那里DNA与其他染色体一起繁殖酵母细胞。

斑马鱼信息网。ZFIN公司是斑马鱼模型生物的数据库，保存信息野生型种群、突变体、基因、基因表达数据和地图标记。