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UNSW_扫描FamBas_1.0

生物体名称:
犬狼疮(犬)
具体名称:
品种:Basenji
隔离:
UNSW-BAS-2019大学
性别:
女性的
生物样品:
SAMN14380863号
生物项目:
PRJNA612738型
提交人:
新南威尔士大学
日期:
2020/06/11
装配级别:
染色体
基因组表示:
满的
从RefSeq中排除:
  • 被更新的物种集合所取代
GenBank组件加入:
GCA_013276365.1(已替换)
RefSeq程序集加入:
GCF_013276365.1(抑制)
RefSeq组件和GenBank组件相同:
是的
WGS项目:
雅加达01
装配方法:
Flye v.2.6释放;Juicebox诉DEC-2019;PBJelly诉15.8.24
预期最终版本:
是的
基因组覆盖率:
112.2倍
测序技术:
牛津纳米孔PromethION;BGISEQ-500;Illumina NovaSeq公司

标识:7268391【UID】20019798[GenBank]20406008[参考序号]

请参见基因组有关的信息灰狼

这个有机体有27个组件

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历史(显示修订历史)

注释

全球统计

总序列长度2,345,029,490
总未映射长度2,344,953,059
脚手架之间的间隙0
脚手架数量650
脚手架N5064,291,023
脚手架L5014
连续数799
康蒂格N5037759230
轮廓L5023
染色体和质粒总数39
组件序列数(WGS或克隆)650

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全局程序集定义

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装配单元名称
主要组件
装配单元:初级装配(GCA_013276585.1)
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
1号染色体CM023363.1号=NC_049742.1号0
染色体2厘米023364.1=NC_049743.1号12
染色体3CM023365.1型=NC_049744.1号0
染色体4CM023366.1号=NC_049745.1号0
染色体5CM023367.1号机组=NC_049746.1号0
染色体6CM023368.1型=NC_049747.1号2
7号染色体CM023369.1型=NC_049748.1号2
第8号染色体CM023370.1号=NC_049749.1号6
9号染色体CM023371.1号=NC_049750.1号6
第10号染色体CM023372.1号=NC_049751.1号0
11号染色体厘米023373.1=NC_049752.1号8
12号染色体CM023374.1号=NC_049753.1号0
13号染色体CM023375.1号=NC_049754.1号
14号染色体CM023376.1号=NC_049755.1号2
第15号染色体CM023377.1号=NC_049756.1号0
16号染色体CM023378.1号=NC_049757.1号13
17号染色体CM023379.1号=NC_049758.1号1
18号染色体CM023380.1型=NC_049759.1号4
第19号染色体CM023381.1型=NC_049760.1号2
20号染色体CM023382.1型=NC_049761.1号0
21号染色体CM023383.1型=NC_049762.1号0
22号染色体CM023384.1型=NC_049763.1号1
23号染色体CM023385.1型=NC_049764.1号0
24号染色体CM023386.1型=NC_049765.1号0
25号染色体CM023387.1号文件=NC_049766.1号0
26号染色体CM023388.1号=新冠肺炎049767.1
第27号染色体CM023389.1型=新冠肺炎049768.11
第28号染色体CM023390.1号=NC_049769.1号1
29号染色体CM023391.1号=NC_049770.1号0
染色体30CM023392.1号=NC_049771.1号0
31号染色体CM023393.1号=NC_049772.1号0
32号染色体CM023394.1号=NC_049773.1号0
33号染色体CM023395.1号=NC_049774.1号0
34号染色体CM023396.1号=NC_049775.1号1
35号染色体CM023397.1号=NC_049776.1号0
36号染色体CM023398.1号=新冠_049777.10
37号染色体CM023399.1型=NC_049778.1号
第38号染色体CM023400.1型=NC_049779.1号0
X染色体CM023401.1型=新冠_049780.12
未放置的不适用不适用不适用538

程序集统计

分子序列角色总计
长度
脚手架
计数
无间隙
长度
脚手架
50新元
跨越(Spanned)
差距
未平移
差距
全部组装分子2,345,029,4906502,344,953,05964,291,0231490
染色体1组装分子122,495,8321122,492,832122,495,83260
染色体2全部组装分子未定位脚手架84,212,14883,937,118275,0301311284,210,14883,935,118275,03083,937,1188393711840,368440000
染色体3组装分子92,105,948192,104,94892,105,94820
染色体4组装分子88,678,928188,677,92888678928个20
染色体5组装分子88,932,562188,931,06288,932,5620
染色体6全部组装分子未定位脚手架77,634,75877,624,7859,9731277,634,25877,624,2859,97377,624,78577,624,785第6463页110000
7号染色体全部组装分子未定位脚手架80,776,19980,731,06945,1301280,775,19980,730,06945,13080,731,069邮编:8073106939,906220000
第8号染色体全部组装分子未定位脚手架74,724,48773,571,8951,152,5927167472098773,571,8951,149,0927357189573,571,8951,082,720707000
9号染色体全部组装分子未定位脚手架61,161,92961,088,55973,37071661,159,42961,086,05973,37061,088,55961,088,55920,864550000
第10号染色体组装分子70,337,451170,336,95170,337,45110
11号染色体全部组装分子未定位脚手架74,396,25574,079,022317,23391874,394,25574077022317,23374,079,02274,079,022242,683440000
12号染色体组装分子72,601,125172601125美元72,601,12500
13号染色体全部组装分子未定位脚手架63,225,11063,189,50135,6094163,224,61063,189,00135,60963,189,50163,189,50122,267110000
第14号染色体全部组装分子未定位脚手架60,739,89360,727,89112,0021260,739,89360,727,89112,00260,727,89160,727,8918,952000000
第15号染色体组装分子64,291,023164,290,02364,291,02320
16号染色体全部组装分子未定位脚手架60,291,76759,917,745374,0221411360,286,26759,912,245374022个59,917,74559,917,74549313年11110000
17号染色体全部组装分子未定位脚手架64,434,98864,428,2296,75921164,433,48864,426,7296,75964,428,22964,428,2296,7590000
18号染色体全部组装分子未定位脚手架55,572,63055,524,94647,68451455,571,13055,523,44647,68455,524,94655,524,94613,6580000
第19号染色体全部组装分子未定位支架54,097,31554,051,28146,0341254,095,81554,049,78146,03454,051,28154051281个40,0460000
20号染色体组装分子58,423,659158,423,65958,423,65900
21号染色体组装分子51,098,066151,097,06651,098,06620
22号染色体全部组装分子未定位脚手架61,552,14861,548,9243,22421161,550,64861,547,4243,22461,548,92461,548,9243,2240000
23号染色体组装分子52,864,858152,864,35852,864,85810
24号染色体组装分子47,805,869147,805,36947,805,86910
25号染色体组装分子51,434,566151,434,06651434566个10
26号染色体全部组装分子未定位支架39,256,93637,989,6901,267,2464139,247,74337,984,4971,263,24637,989,69037,989,6901,248,62919118000
第27号染色体全部组装分子未定位脚手架46,343,89646,255,05888,83821146,343,89646,255,05888,83846,255,05846,255,05888,838000000
第28号染色体全部组装分子未定位脚手架41,336,02641,327,3788648个21141,335,02641,326,3788,64841,327,37841,327,3788,648220000
29号染色体组装分子42,015,559142,015,5594201555900
染色体30组装分子40,429,152140,429,15240,429,15200
31号染色体组装分子39,358,666139,358,66639,358,66600
32号染色体组装分子38,764,302138,763,80238,764,30210
33号染色体组装分子31,480,421131,479,92131,480,42110
34号染色体全部组装分子未定位脚手架42,147,96042,143,5124,44821142147460个42,143,0124,44842,143,51242,143,5124,448110000
35号染色体组装分子26557760个126,557,76026,557,76000
36号染色体组装分子31,053,474131,053,47431,053,47400
37号染色体全部组装分子未定位脚手架30,798,74530,789,4299,3164130,798,74530,789,4299,31630,789,42930,789,4295442个000000
第38号染色体组装分子24,377,179124,377,17924,377,17900
X染色体全部组装分子未定位脚手架125,342,258125,260,70881,55012125,328,004125,246,45481,550125260708个125,260,70851,93823230000
未放置的组装分子11,877,64253811,861,15890,581340