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ARS-UCD2.0

描述:
UI/WSU提供的带有Wagyu chrY的赫里福德牛品种ARS-UCD2.0组装
生物体名称:
Bos taurus(牛)
具体名称:
品种:赫里福德
隔离:
L1 Dominette 01449注册号42190680
性别:
女性的
生物项目:
PRJNA391427公司
提交人:
美国农业部农业标准局
日期:
2023/07/01
同义词:
博斯陶9
装配级别:
染色体
基因组表示:
满的
参考序列类别:
代表性基因组
GenBank组件加入:
GCA_002263795.4(最新)
RefSeq程序集加入:
GCF_002263795.3(最新)
RefSeq组件和GenBank组件相同:
没有(隐藏详细信息)
  • 不同:染色体MT。
  • 为RefSeq版本显示的数据
WGS项目:
NKLS02号机组
装配方法:
Falcon诉2016年2月
预期最终版本:
是的

标识:18107191【UID】46273238[GenBank]48124668[参考序列]

请参见基因组有关的信息Bos金牛

这个有机体有27个组件

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历史(显示修订历史)

注释

2022年5月,254个序列被抑制,因为它们被发现是污染物。

全球统计

具有交替位点或斑块的区域数2
序列总长度2,770,686,120
总未映射长度2,770,657,958
脚手架之间的间隙0
脚手架数量1,958
脚手架N50103,308,737
脚手架L5012
连续数2,344
Contig N50型26,402,946
轮廓L5032
染色体和质粒总数32
组件序列数(WGS或克隆)1,958

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全局程序集定义

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装配单元名称
主要组件
非核武器

区域

姓名位置
标准X: 133300518-139009144
标准Y: 1-6822380个
装配单元:初级装配(GCF_002263805.3)
分子名称GenBank序列RefSeq序列未本地化
序列计数
染色体1CM008168.2号=NC_037328.1号0
染色体2厘米008169.2=NC_037329.1号0
染色体3厘米008170.2=NC_037330.1号0
染色体4CM008171.2号=NC_037331.1号0
染色体5CM008172.2号=NC_037332.1号0
染色体6CM008173.2号=NC_037333.1号0
7号染色体CM008174.2号=NC_037334.1号0
第8号染色体CM008175.2号=NC_037335.1号0
9号染色体CM008176.2号=NC_037336.1号0
第10号染色体CM008177.2号=NC_037337.1型0
11号染色体CM008178.2号=NC_037338.1号0
12号染色体CM008179.2号=NC_037339.1号0
13号染色体CM008180.2号=NC_037340.1号0
第14号染色体CM008181.2号=NC_037341.1号0
第15号染色体厘米008182.2=NC_037342.1号0
16号染色体厘米008183.2=NC_037343.1号0
17号染色体CM008184.2号=NC_037344.1号0
18号染色体CM008185.2号=NC_037345.1号0
第19号染色体CM008186.2号=NC_037346.1号0
20号染色体CM008187.2号=NC_037347.1号0
21号染色体CM008188.2号=NC_037348.1号0
22号染色体CM008189.2号=NC_037349.1号0
23号染色体厘米008190.2=NC_037350.1号0
24号染色体CM008191.2号=NC_037351.1号0
25号染色体CM008192.2号=NC_037352.1号0
26号染色体CM008193.2号=NC_037353.1号0
第27号染色体CM008194.2号=NC_037354.1号0
28号染色体CM008195.2号=NC_037355.1号0
29号染色体CM008196.2号=NC_037356.1号0
X染色体CM008197.2号=NC_037357.1号0
染色体YCP128563.1型=NC_082638.1号0
未放置的不适用不适用不适用1,926

程序集统计

分子总计
长度
脚手架
计数
无间隙
长度
脚手架
50新元
跨越(Spanned)
差距
未平移
差距
全部2,770,669,7821,9572,770,641,620103,308,7373860
染色体1158,534,1101158532931人158,534,110170
染色体2136231102个1136,230,902136,231,10250
染色体3121,005,1581121,004,154121,005,158130
染色体4120,000,6011119,999,649120,000,60180
染色体5120,089,3161120,089,041120,089,31650
染色体6117,806,3401117,805,915117,806,340110
7号染色体110,682,7431110,681,956110682743个110
第8号染色体113,319,7701113,318,114113,319,770180
9号染色体105,454,4671105,454,017105,454,467120
第10号染色体103,308,7371103,307,685103,308,737150
11号染色体106982474人1106,982,174106,982,47460
12号染色体87,216,183187,214,85287,216,183140
13号染色体83,472,345183,471,23983,472,34580
第14号染色体82,403,003182,402,50182,403,00380
第15号染色体85,007,780185,006,75185,007,780140
16号染色体81,013,979181,013,55581,013,979110
17号染色体73167244美元173,165,78873,167,244190
18号染色体65,820,629165,820,27965,820,62980
第19号染色体63,449,741163,449,56663,449,74140
20号染色体71,974,595171,974,42071974595年40
21号染色体69,862,954169862527个69,862,95480
22号染色体60,773,035160,773,03560,773,03500
23号染色体52,498,615152,498,36552,498,61570
24号染色体62,317,253162,317,00162,317,25310
25号染色体42,350,435142,350,18342,350,43510
26号染色体51,992,305151,991,60551992305年220
第27号染色体45,612,108145,611,70645,612,10840
第28号染色体45,940,150145,939,87345,940,15020
29号染色体51,098,607151,098,48851,098,60740
X染色体13909144年1139,002,941139,009,144550
Y染色体59,476,289159,476,28959,476,28900
未放置的82,798,5701,92682,794,11869,815710
分子总计
长度
线粒体MT16,338
地区
姓名
位置脚手架
计数
总计
长度
无间隙
长度
脚手架
50新元
跨越(Spanned)
差距