CDTree:蛋白质域层次查看器和编辑器
 
 
 
什么是CDTree?
 
  CDTree是。。。
  • 强大的工具帮助对蛋白质序列进行分类并研究其进化关系
  • 基于web的助手应用程序由使用CDD在线搜索服务允许用户与预定义的蛋白质域层次结构交互
  • 集成软件环境通过使用一套分析方法,帮助用户从各种资源中吸收大量生物数据
  • 对齐编辑器和三维结构可视化程序通过与Cn3D 4.3
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  CDtree 3.1的屏幕截图  
 
上面的屏幕截图是使用CDD页面上的“交互式显示”按钮启动CDTree的结果RNR_PFL域层次结构核糖核苷酸还原酶(RNR)和丙酮酸甲酸裂解酶(PFL)在结构上相似,被认为是从一个共同的祖先结构域分化出来的。CDTree旨在详细发现和探索此类关系,是一个用于在CDD中构建所有精心策划的领域层次结构的中心工具。
 
 
 
 
下载CDTree 3.1适用于PC或Mac
 
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  CDTree 3.1版本包括Cn3D 4.3,NCBI的3D结构查看器。

 
 
CDTree功能包括。。。
 
  CDTree功能包括。。。
  • PSI-BLAST接口用于将新序列招募到现有模型中
  • 使用BLAST从单个序列中生成域模型
  • 分析
  • 分类界面
  • 域体系结构接口
  • 交叉位分析在多蛋白质域模型之间
  • Cn3D 4.3用于多重路线编辑和三维结构可视化。请参阅Cn3D公司有关程序功能和特性的详细信息以及辅导的
  • 消除冗余例如,在领域模型中,基于序列相似性和/或分类表示
  • 构建层次结构多重比对为“自我一致”的相关蛋白结构域(即。,反映由领域层次结构建模的共同进化关系)
  • 选择机制允许跨多个查看器识别序列
  • 程序内帮助文档

CDTree 3.1中添加的功能
  • 支持Mac OSXCDTree和Cn3D已移植到运行OSX 10.4及更高版本的Macintosh计算机
  • 注释矩阵查看器方便地记录和查看层次结构中所有域的注释和文献参考
  • 多CD操作可以跨多个域模型执行的新的选择和编辑操作
  • 序列树着色更灵活地可视化领域之间的进化关系
  • 速度改进优化计算以提高大域和层次结构中的响应时间

 

 
阅读有关CDD和CDTree的更多信息

  保留域数据库(CDD)
  Marchler-Bauer A、Derbyshire MK、Gonzales NR、Lu S、Chitsaz F、Geer LY、Geer RC、He J、Gwadz M、Hurwitz DI、Lanczycki CJ、Lu F、Marchler GH、Song JS、Thanki N、Wang Z、Yamashita RA、Zhang D、Zheng C、Bryant SH。CDD:NCBI的保守域数据库。核酸研究。 20151月28日;43(数据库问题):D222-2。doi:10.1093/nar/gku1221。Epub 2014年11月20日。[公共医疗PMID:25414356] [全文]
   
  CD目录树
  Marchler-Bauer A、Anderson JB、Derbyshire MK、DeWeese-Scott C、Gonzales NR、Gwadz M、Hao L、He S、Hurwitz DI、Jackson JD、Ke Z、Krylov D、Lanczycki CJ、Liebert CA、Liu C、Lu F、Lu S、Marchler GH、Mullokandov M、Song JS、Thanki N、Yamashita RA、Yin JJ、Zhang D、Bryant SH。CDD:用于交互式域族分析的保守域数据库。核酸研究。2007简;35(数据库问题):D237-40。Epub 2006年11月29日。[公共医疗PMID:17135202] [全文]
   
    (请参见所有出版物关于NCBI保留的域资源,包括上面列出的内容以及“NCBI结构”组描述的结果计算生物学研究例如蛋白质结构域的序列和3D结构比对、蛋白质功能位点注释等。)
   
 
 
2016年9月26日修订