保守结构域与蛋白质分类
 
 
 
 
资源
 
 

保留域数据库(CDD)

客户尽职调查是一个蛋白质注释资源,由一组注释良好的古代域和全长蛋白质的多序列比对模型组成。这些可作为职位特定的得分矩阵使用(PSSM系统)用于快速识别蛋白质序列中的保守结构域RPS-爆炸.客户尽职调查内容包括NCBI固化域,使用3D-结构明确定义域边界并提供深入见解的信息序列/结构/功能关系,以及从多个外部源数据库(Pfam公司智能齿轮PRK公司TIGRFAM).
 
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CD搜索
&
批量CD搜索

CD搜索是NCBI搜索保留域数据库的接口蛋白质或核苷酸查询序列。它使用RPS-爆炸PSI-BLAST的变体,用于快速扫描一组预先计算的位置特定评分矩阵(PSSM系统)用蛋白质查询。这个结果CD-Search作为用户查询序列上蛋白质域的注释(图示示例),并且可以可视化为域多序列比对具有嵌入式用户查询查询序列和保守结构域之间的高置信度关联显示为特定命中率. TheCD-Search帮助提供了其他详细信息,包括有关在本地运行CD-Search.
 
批量CD搜索同时用作web应用程序和脚本界面对于上的保守域搜索多种蛋白质序列,在一项工作中可接受多达4000种蛋白质。它允许您查看图形显示器输入列表中任何单个蛋白质的简明或完整搜索结果,或下载全套蛋白质的结果。这个Batch CD-Search帮助提供了其他详细信息。
 
CD搜索(帮助&文件传输协议) 批量CD搜索(帮助) 出版物
 
 

SPARCLE(火花):
蛋白质分类

这个蛋白质亚家族结构标记引擎(SPARCLE)是的资源功能表征以及按其特征结构域分组的蛋白质序列的标记。要使用SPARCLE,您可以:(1)在CD-Search中输入查询蛋白序列,如果查询蛋白对SPARCLE数据库中的管理域架构有影响,则将在结果页面上显示“蛋白质分类”(例子,使用NP_387887作为查询序列),或(2)按关键字搜索SPARCLE数据库检索在其描述中包含感兴趣的术语的域体系结构(例子,搜索单词“氯化物“和”通道“在域体系结构记录中,并将结果限制在策划的体系结构中)无论采用哪种方法,相应的SPARCLE记录都将显示结构的名称和功能标签、支持证据,以及与具有相同结构的其他蛋白质的链接。
 
关于 帮助 输入蛋白质序列 按文本单词搜索 文件传输协议
 
 

CDART公司:
域体系结构

保护域体系结构检索工具(CDART)执行的相似性搜索Entrez蛋白基于域结构的数据库,定义为蛋白质查询中保守域的顺序。CDART使用敏感的结构域剖面而不是直接的序列相似性来发现跨重要进化距离的蛋白质相似性。与查询类似的蛋白质按结构进行分组和评分。您可以使用查询蛋白质序列直接搜索CDART,或者,如果感兴趣的序列已经在Entrez蛋白质数据库中,只需检索记录,打开其“链接“菜单,然后选择”领域相关性“查看预先计算的CDART结果(图示示例). 依赖于域配置文件可以使CDART变得快速,并且因为它依赖于带注释的功能域,所以信息丰富。
 
关于 搜索 帮助 文件传输协议 出版物
 
 

CD目录树

CD目录树是web浏览器的帮助应用程序,允许您交互查看和检查NCBI管理的保守域层次结构。CDTree使用Cn3D作为其对齐查看器/编辑器,它用于CDD管理过程,同时也是分类和研究工具用于蛋白质和蛋白质结构域家族的功能注释和研究。
 
关于 安装 出版物
 
 
 
 
如何使用保守的域资源:示例 返回顶部
 

识别蛋白质序列的假定功能

 

基于结构域识别蛋白质的分类

 

识别蛋白质序列中可能参与结合或催化等功能的氨基酸,如从保守域注释映射到查询序列

 

查看域模型的多序列比对中嵌入的查询蛋白质序列

 

交互式查看保守域的3D结构

 

寻找其他具有类似结构域的蛋白质

 

交互式查看感兴趣的保守域模型的系统发育序列树,无论是否嵌入查询序列

 
 


 
集锦
 
什么是保守域?

1型胰岛素样生长因子受体(IGF-1R)三维结构的缩略图,在免费的Cn3D结构查看程序中查看并按域着色。单击图像跳转到CDD帮助文档中的更大的带注释版本。


三维结构和
保守的核心主题:


三维结构示例的缩略图:电压门控氯离子通道中的氯离子结合残基,cd00400。单击图像跳转到CDD帮助文档中的更大的带注释版本。


保留的功能
(结合和催化位点)


电压门控氯离子通道cd00400中保守特征(位点)示例的缩略图,包括氯离子选择性过滤器、门控谷氨酸残基、氯离子结合残基和二聚体界面。。单击图像跳转到CDD帮助文档中的更大的带注释版本。


蛋白质分类
基于领域体系结构


SPARCLE摘要页面的缩略图,显示了DNA回转酶亚基B结构下分类的蛋白质。点击图片获取更多信息。


蛋白质与
类似的域体系结构


缩略图显示蛋白质序列NP_081086、小鼠DNA错配修复蛋白Mlh1的结构域亲属。域相关是包含查询序列中发现的一个或多个保守域的蛋白质序列,由保守域结构检索工具(CDART)识别。单击图片查看如何查找查询蛋白的域相关示例。


域系列层次结构

基于蛋白质序列的系统发育关系和功能特性,显示蛋白质家族差异的结构域层次缩略图。单击图像跳转到CDD帮助文档中的更大的带注释版本。
 
2018年11月27日修订