NHGRI标志

Settara Chandrasekharappa博士。

副主持人

癌症遗传学和比较基因组学分支

头部

基因组学核心

头部

癌症基因组单位

教育类

班加罗尔大学理学学士（荣誉），1972年

班加罗尔大学理科硕士，1974年

印度科学院博士，1983年

联系方式
BG 50 RM 5232
50南DR 8004
马里兰州贝塞斯达20892

传记

Settara Chandrasekharappa博士于1983年在班加罗尔大学获得理学学士和理学硕士学位，并在印度科学院获得博士学位。他在伊利诺伊大学芝加哥分校完成了分子病毒学博士后培训，并在芝加哥大学完成了分子遗传学博士后训练。1991年，Chandrasekharappa博士加入了密歇根大学人类基因组中心。作为Library Core的主管，他专注于利用基因组和cDNA文库进行遗传病的基因组研究。1993年，Chandrasekharappa博士加入了国家人类基因组研究所（NHGRI），目前担任基因组学核心主任。Chandrasekharapa博士的团队在为NHGRI研究人员提供与基因组研究相关的资源和服务方面至关重要。

作为癌症基因组学部门的负责人，他的研究工作导致了基因的鉴定，并探索了编码蛋白的生物功能，这些编码蛋白与Alagille综合征和1型多内分泌肿瘤有关。他目前的研究重点是范科尼贫血（FA）的遗传学和基因组学。他采用新的方法研究FA的分子发病机制。

  • 传记

    Settara Chandrasekharappa博士于1983年在班加罗尔大学获得理学学士和理学硕士学位，并在印度科学院获得博士学位。他在伊利诺伊大学芝加哥分校完成了分子病毒学博士后培训，并在芝加哥大学完成了分子遗传学博士后训练。1991年，Chandrasekharappa博士加入了密歇根大学人类基因组中心。作为Library Core的主管，他专注于利用基因组和cDNA文库进行遗传病的基因组研究。1993年，Chandrasekharappa博士加入了国家人类基因组研究所（NHGRI），目前担任基因组学核心主任。Chandrasekharapa博士的团队在为NHGRI研究人员提供与基因组研究相关的资源和服务方面至关重要。

    作为癌症基因组学部门的负责人，他的研究工作导致了基因的鉴定，并探索了编码蛋白的生物功能，这些编码蛋白与Alagille综合征和1型多内分泌肿瘤有关。他目前的研究重点是范科尼贫血（FA）的遗传学和基因组学。他采用新的方法研究FA的分子发病机制。

科学总结

癌症基因组单位（CGU）专注于采用基因组技术来识别疾病基因和导致发病的潜在分子机制。1991年至1994年，作为研究早发性乳腺癌相关基因合作小组的成员(巴西航空公司1)CGU开发了资源，并协助构建17q位点的遗传、物理和转录图谱。大规模插入基因组文库的出现使CGU能够参与疾病基因区域的物理绘图工作，以及门克斯病、帕金森病和Bardet-Biedl综合征1相关基因的定位克隆工作。CGU开发并使用BAC阵列来探索乳腺癌和结肠癌中8号染色体的基因组变化。

1997年，Chandrasekharappa博士的实验室成功地对Alagille综合征（AGS）基因进行了定位克隆，AGS是一种先天性疾病，其特征是肝脏胆管缺乏，心脏、眼睛、脊椎和面部畸形。中的突变JAG1号机组编码Notch跨膜受体配体（JAGGED 1）的基因被发现与AGS有关。最初在果蝇中发现的Notch信号通路在决定早期细胞饮食决定方面很重要。Chandrasekharappa实验室参与了定位克隆mib、，斑马鱼Notch通路中的一个基因。中的突变mib公司导致胚胎发育期间神经祖细胞向神经元的分化增加，导致斑马鱼精神炸弹表型。

在1997年的合作中，Chandrasekharappa博士的实验室还成功地定位克隆了负责多发性内分泌肿瘤1型（MEN1）的基因，这种疾病的特征是主要由甲状旁腺、垂体和内分泌胰腺的肿瘤引起，并且是由一种新的肿瘤抑制基因突变引起的，MEN1（菜单1）Chandrasekharappa实验室的这项研究工作集中于了解男性1-编码蛋白，美宁。该实验室进一步研究了menin在小鼠、斑马鱼和果蝇发育过程中的表达，并研究了menin与几种不同蛋白质的相互作用，包括转录因子JunD及其在内胚层分化中的需求。该实验室对内分泌肿瘤发生研究领域做出了一些原创性贡献。CGU于2009年完成了关于MEN1的研究，报告称需要使用美宁体外小鼠胚胎干细胞的造血分化及其调节能力介导了脑膜蛋白的作用霍克斯9表达.

2009年，CGU将重点转向范科尼贫血（FA），这是一种罕见的隐性疾病，其特征是使人衰弱的先天性异常、危及生命的骨髓衰竭，以及易患髓系、头颈部和其他恶性肿瘤。由于FA是由DNA修复途径中至少16个基因的突变引起的，近一半的FA患者缺乏正确的分子诊断。了解潜在的分子缺陷对于完整的诊断和随后的临床治疗至关重要。Chandrasekharappa实验室设计了一个高密度阵列比较基因组杂交（arrayCGH）平台，用于扫描所有16个FA基因的缺失和重复，并有效利用下一代测序策略进行突变筛查。在发现一名患者的深内含子突变引起外显子跳跃，另一名患者出现同义词改变后，实验室开始将RNAseq和DNAseq作为FA突变筛查工作的一部分。这些发现有助于开发一种有效的策略来识别近300个FA家族的突变。确定特异性突变及其致病性将有助于更好地了解这种疾病的表型异质性。

来自SNP阵列的基因型显示了一部分DNA中的CNV

由于FA患者表现出基因组学的不稳定性，Chandrasekharapa实验室采用高密度SNP阵列来检测从头开始缺失或重复、丢失、获得、杂合性丢失或单亲性缺失。这些变化将为FA的显著表型异质性提供线索。近四分之一的FA患者表现出体细胞嵌合体，这种现象是由于抑制突变与最初的FA-causing突变互补而发生的。CGU评估导致嵌合体的分子变化，并探索其发生的机制。通过将嵌合体的存在与表型变量相关联，CGU将评估嵌合体对疾病进展的影响，并研究其与治疗的关系。

由于FA患者无法忍受传统的癌症治疗，因此被诊断为FA的患者头颈癌的发病率增加是一个主要问题。在某些患者中，头颈癌可能是FA疾病的第一个表现。为了探讨头颈癌患者中未确诊FA的程度，并确定该人群中FA突变的流行率，CGU正在筛查头颈癌青年患者中的FA基因突变。了解这些基因组变化及其与表型异质性的关系可能会为更好的治疗方案提供机会。

  • 科学总结

    癌症基因组单位（CGU）专注于采用基因组技术来识别疾病基因和导致发病的潜在分子机制。1991年至1994年，作为研究早发性乳腺癌相关基因合作小组的成员(巴西航空公司1)CGU开发了资源，并协助构建17q位点的遗传、物理和转录图谱。大规模插入基因组文库的出现使CGU能够参与疾病基因区域的物理绘图工作，以及门克斯病、帕金森病和Bardet-Biedl综合征1相关基因的定位克隆工作。CGU开发并使用BAC阵列来探索乳腺癌和结肠癌中8号染色体的基因组变化。

    1997年，Chandrasekharappa博士的实验室成功地对Alagille综合征（AGS）基因进行了定位克隆，AGS是一种先天性疾病，其特征是肝脏胆管缺乏，心脏、眼睛、脊椎和面部畸形。中的突变JAG1号机组编码Notch跨膜受体配体（JAGGED 1）的基因被发现与AGS有关。最初在果蝇中发现的Notch信号通路在决定早期细胞饮食决定方面很重要。Chandrasekharappa实验室参与了定位克隆mib、，斑马鱼Notch通路中的一个基因。中的突变mib公司导致胚胎发育期间神经祖细胞向神经元的分化增加，导致斑马鱼精神炸弹表型。

    在1997年的合作中，Chandrasekharappa博士的实验室还成功地定位克隆了负责多发性内分泌肿瘤1型（MEN1）的基因，这种疾病的特征是主要由甲状旁腺、垂体和内分泌胰腺的肿瘤引起，并且是由一种新的肿瘤抑制基因突变引起的，MEN1（菜单1）Chandrasekharapa实验室的这项研究工作集中在了解MEN1（菜单1）-编码蛋白，美宁。该实验室进一步研究了menin在小鼠、斑马鱼和果蝇发育过程中的表达，并研究了menin与几种不同蛋白质的相互作用，包括转录因子JunD及其在内胚层分化中的需求。该实验室对内分泌肿瘤发生研究领域做出了一些原创性贡献。CGU于2009年完成了关于MEN1的研究，报告称需要使用美宁体外小鼠胚胎干细胞的造血分化及其调节能力介导了脑膜蛋白的作用霍克萨9表达.

    2009年，CGU将重点转向范科尼贫血（FA），这是一种罕见的隐性疾病，其特征是使人衰弱的先天性异常、危及生命的骨髓衰竭，以及易患髓系、头颈部和其他恶性肿瘤。由于FA是由DNA修复途径中至少16个基因的突变引起的，因此近一半的FA患者缺乏适当的分子诊断。了解潜在的分子缺陷对于完整的诊断和随后的临床治疗至关重要。Chandrasekharappa实验室设计了一个高密度阵列比较基因组杂交（arrayCGH）平台，用于扫描所有16个FA基因的缺失和重复，并有效利用下一代测序策略进行突变筛查。在发现一名患者的深内含子突变引起外显子跳跃，另一名患者出现同义词改变后，实验室开始将RNAseq和DNAseq作为FA突变筛查工作的一部分。这些发现有助于开发一种有效的策略来识别近300个FA家族的突变。确定特异性突变及其致病性将有助于更好地了解这种疾病的表型异质性。

    来自SNP阵列的基因型显示了一部分DNA中的CNV

    由于FA患者表现出基因组学不稳定性，Chandrasekharappa实验室采用高密度SNP阵列检测从头开始缺失或重复、丢失、获得、杂合性丢失或单亲性缺失。这些变化将为FA的显著表型异质性提供线索。近四分之一的FA患者表现出体细胞嵌合体，这种现象是由于抑制突变与最初的FA-causing突变互补而发生的。CGU评估导致嵌合体的分子变化，并探索其发生的机制。通过将嵌合体的存在与表型变量相关联，CGU将评估嵌合体对疾病进展的影响，并研究其与治疗的关系。

    由于FA患者无法忍受传统的癌症治疗，因此被诊断为FA的患者头颈癌的发病率增加是一个主要问题。在某些患者中，头颈癌可能是FA疾病的第一个表现。为了探讨头颈癌患者中未确诊FA的程度，并确定该人群中FA突变的流行率，CGU正在筛查头颈癌青年患者中的FA基因突变。了解这些基因组变化及其与表型异质性的关系可能会为更好的治疗方案提供机会。

出版物

Chandrasekharappa SC、Rebelsky MS、Firak TA、Le Beau MM、Westbrook CA。5号染色体上白细胞介素-4和白细胞介素-5连锁群的远程限制性图谱。基因组学，6(1):94-9. 1990. [公共医学]

Mercer JF、Livingston J、Hall B、Paynter JA、Begy C、Chandrasekharappa S、Lockhart P、Grimes A、Bhave M、Siemieniak D等。通过位置克隆分离门克斯病的部分候选基因。自然基因，3（1）:20-5。1993. [公共医学]

Chandrasekharappa S.C.、Guru S.C.、Manickam P.、Olufemi S.E.、Collins F.S.、Emmert-Buck M.R.、Debelenko L.V.、Zhuang Z.、Lubensky I.A.、Liotta L.A.、Crabtree J.S.、Wang Y.、Roe B.A.、Weisemann J.、Boguski M.S.、Agarwal S.K.、Kester M.B.、Kim Y.S.、Heppner C.、Dong Q.、Spiegel A.M.、Burns A.L.、Marx S.J。1型多发性内分泌肿瘤基因的定位克隆。科学类, 276:404-407. 1997. [公共医学]

Oda T.、Elkahloun A.G.、Pike B.L.、Okajima K.、Krantz I.D.、Gennin A.、Piccoli D.A.、Meltzer P.S.、Spinner N.B.、Collins F.S.、Chandrasekharapa S.C.人类Jagged1基因突变导致Alagille综合征。自然基因, 16:235-242. 1997. [公共医学]

Polymeropoulos MH、Lavedan C、Leroy E、Ide SE、Dehejia A、Dutra A、Pike B、Root H、Rubenstein J、Boyer R、Stenroos ES、Chandrasekharappa S、Athanassiadou A、Pappetropoulos T、Johnson WG、Lazzarini AM、Duvoisin RC、Di Iorio G、Golbe LI、Nussbaum RL。帕金森病家族中发现的α-突触核蛋白基因突变。科学类, 276(5321):2045-7. 1997. [公共医学]

Guru S.C.、Goldsmith P.K.、Burns A.L.、Marx S.J.、Spiegel A.M.、Collins F.S.、Chandrasekharappa S.C.Menin是MEN1基因的产物，是一种核蛋白。美国国家科学院程序, 95:1630-4. 1998. [公共医学]

Debelenko LV、Emmert Buck MR、Manickam P、Kester M、Guru SC、DiFranco EM、Olufemi SE、Agarwal S、Lubensky IA、Zhuang Z、Burns AL、Spiegel AM、Liotta LA、Collins FS、Marx SJ、Chandrasekharapa SC。单倍型分析定义了多发性内分泌肿瘤1型（MEN1）基因的最小间隔。癌症研究，57(6):1039-42. 1997. [公共医学]

Guru SC、Olufemi SE、Manickam P、Cummings C、Gieser LM、Pike BL、Bittner ML、Jiang Y、Chinault AC、Nowak NJ、Brzozowska A、Crabtree JS、Wang Y、Roe BA、Weisemann JM、Boguski MS、Agarwal SK、Burns AL、Spiegel AM、Marx SJ、Flejter WL、de Jong PJ、Collins FS、Chandrasekharappa SC.一个2.8-Mb的多内分泌肿瘤1型克隆（MEN1）第11季度的区域13。基因组学，42(3):436-45. 1997. [公共医学]

Olufemi SE、Green JS、Manickam P、Guru SC、Agarwal SK、Kester MB、Dong Q、Burns AL、Spiegel AM、Marx SJ、Collins FS、Chandrasekharappa SC。MEN1基因的常见祖先突变可能是纽芬兰四个家族中MEN1（MEN1Burin）泌乳素瘤变体的原因。Hum变种，11(4):264-9. 1998. [公共医学]

Chandrasekharappa SC，Teh BT。1型多内分泌肿瘤的临床和分子方面。前喇叭座，28:50-80. 2001. [公共医学]

Itoh，M.、Kim，C.H.、Palardy，G.、Oda，T.、Jiang，Y.J.、Maust，D.、Yeo，S-Y.、Lorick，K.、Kenworthy，A.、Lippincott-Schwartz，J.、Weissman，A.M.、Lewis，J.，Chandrasekharappa，S.C.和Chitnis，A.B.精神炸弹是一种泛素连接酶，对Delta有效激活Notch信号至关重要。发育细胞, 4:67-8. 2003. [公共医学]

Rodriguez，V.，Chen，Y.，Elkahloun，A.，Dutra，A.，Pak，E.，Chandrasekharappa，S.染色体8 BAC阵列比较基因组杂交和表达分析确定TRMT12在乳腺癌中的扩增和过度表达。基因染色体与癌症, 46:694-707. 2007. [公共医学]

Camps J，M级，Nguyen QT，Hormann P，Becker S，Hummon AB，Rodriguez V，Chandrasekharappa S，Chen Y，Difilippantonio MJ，Becker-H，Ghadimi BM，Ried T.原发性结肠癌簇基因组结构变异位点的染色体断点。癌症研究，68（5）：1284-95。2008年[公共医学]

Novotny E、Compton S、Liu PP、Collins FS、Chandrasekharappa SC。小鼠胚胎干细胞的体外造血分化需要肿瘤抑制因子menin，由Hoxa9介导。机械开发，126(7):517-22. 2009年[公共医学]

Birkeland AC、Auerbach AD、Sanborn E、Parashar B、Kuhel WI、Chandrasekharappa SC、Smogorzewska A、Kutler DI。fanconi贫血和头颈部鳞状细胞癌患者术后临床放射敏感性。耳鼻咽喉弓-头颈外科，137(9):930-4. 2011年[公共医学]

Rodriguez V、Vasudevan S、Noma A、Carlson BA、Green JE、Suzuki T、Chandrasekharappa SC。苯丙氨酸-tRNA中高度修饰的Wybotosine（yW）碱生物合成所需的人类TYW2酶的结构-功能分析。公共科学图书馆一号，7（6）：e39297。2012. [公共医学]

Kanungo J，Chandrasekharappa SC.Menin通过调节维甲酸受体诱导聚集的P19干细胞的内胚层分化。分子细胞生物化学，359(1-2):95-104. 2012. [公共医学]

Markello TC、Carlson Donohoe H、Sincan M、Adams D、Bodine DM、Farrar JE、Vlachos A、Lipton JM、Auerbach AD、Ostrander EA、Chandrasekharapa SC、Boerkoel CF、Gahl WA。使用高密度SNP阵列和累积分布函数对镶嵌进行敏感量化。分子遗传学Metab，105(4):665-71. 2012. [公共医学]

Chandrasekharappa SC LF、Kimble DC、Kamat A、Teer JK、Donovan FX、Flynn E、Sen S、NISC比较测序程序、Thongthip S、Sanborn E、Smogorzewska A、Auerbach AD、Ostrander EA。大规模并行测序、ArrayCGH和RNA-Seq技术为范科尼贫血提供了全面的分子诊断。鲜血，121（22）：e138-48。2013. [公共医学]

  • 出版物

    Chandrasekharappa SC、Rebelsky MS、Firak TA、Le Beau MM、Westbrook CA。5号染色体上白细胞介素-4和白细胞介素-5连锁群的远程限制性图谱。基因组学，6(1):94-9. 1990. [公共医学]

    Mercer JF、Livingston J、Hall B、Paynter JA、Begy C、Chandrasekharappa S、Lockhart P、Grimes A、Bhave M、Siemieniak D等。通过位置克隆分离门克斯病的部分候选基因。自然基因，3(1):20-5. 1993. [公共医学]

    Chandrasekharappa S.C.、Guru S.C.、Manickam P.、Olufemi S.E.、Collins F.S.、Emmert-Buck M.R.、Debelenko L.V.、Zhuang Z.、Lubensky I.A.、Liotta L.A.、Crabtree J.S.、Wang Y.、Roe B.A.、Weisemann J.、Boguski M.S.、Agarwal S.K.、Kester M.B.、Kim Y.S.、Heppner C.、Dong Q.、Spiegel A.M.、Burns A.L.、Marx S.J。1型多发性内分泌肿瘤基因的定位克隆。科学类, 276:404-407. 1997. [公共医学]

    Oda T.、Elkahloun A.G.、Pike B.L.、Okajima K.、Krantz I.D.、Gennin A.、Piccoli D.A.、Meltzer P.S.、Spinner N.B.、Collins F.S.、Chandrasekharappa S.C.人类Jagged1基因突变导致Alagille综合征。自然基因, 16:235-242. 1997. [公共医学]

    Polymeropoulos MH、Lavedan C、Leroy E、Ide SE、Dehejia A、Dutra A、Pike B、Root H、Rubenstein J、Boyer R、Stenroos ES、Chandrasekharappa S、Athanassiadou A、Pappetropoulos T、Johnson WG、Lazzarini AM、Duvoisin RC、Di Iorio G、Golbe LI、Nussbaum RL。帕金森病家族中发现的α-突触核蛋白基因突变。科学类，276（5321）：2045-7。1997. [公共医学]

    Guru S.C.、Goldsmith P.K.、Burns A.L.、Marx S.J.、Spiegel A.M.、Collins F.S.、Chandrasekharappa S.C.Menin是MEN1基因的产物，是一种核蛋白。美国国家科学院程序, 95:1630-4. 1998. [公共医学]

    Debelenko LV、Emmert-Buck MR、Manickam P、Kester M、Guru SC、DiFranco EM、Olufemi SE、Agarwal S、Lubensky IA、Zhuang Z、Burns AL、Spiegel AM、Liotta LA、Collins FS、Marx SJ、Chandrasekharappa SC。单倍型分析定义了多内分泌肿瘤1型（MEN1）基因的最小间隔。癌症研究，57(6):1039-42. 1997. [公共医学]

    Guru SC、Olufemi SE、Manickam P、Cummings C、Gieser LM、Pike BL、Bittner ML、Jiang Y、Chinault AC、Nowak NJ、Brzozowska A、Crabtree JS、Wang Y、Roe BA、Weisemann JM、Boguski MS、Agarwal SK、Burns AL、Spiegel AM、Marx SJ、Flejter WL、de Jong PJ、Collins FS、Chandrasekharappa SC.一个2.8-Mb的多内分泌肿瘤1型克隆（MEN1）第11季度的区域13。基因组学，42(3):436-45. 1997. [公共医学]

    Olufemi SE、Green JS、Manickam P、Guru SC、Agarwal SK、Kester MB、Dong Q、Burns AL、Spiegel AM、Marx SJ、Collins FS、Chandrasekharappa SC。MEN1基因的常见祖先突变可能是纽芬兰四个家族中MEN1（MEN1Burin）泌乳素瘤变体的原因。Hum突变体，11(4):264-9. 1998. [公共医学]

    Chandrasekharappa SC，Teh BT。1型多内分泌肿瘤的临床和分子方面。前喇叭座，28:50-80. 2001. [公共医学]

    Itoh，M.、Kim，C.H.、Palardy，G.、Oda，T.、Jiang，Y.J.、Maust，D.、Yeo，S-Y.、Lorick，K.、Kenworthy，A.、Lippincott-Schwartz，J.、Weissman，A.M.、Lewis，J.，Chandrasekharappa，S.C.和Chitnis，A.B.精神炸弹是一种泛素连接酶，对Delta有效激活Notch信号至关重要。发育细胞, 4:67-8. 2003. [公共医学]

    Rodriguez，V.，Chen，Y.，Elkahloun，A.，Dutra，A.，Pak，E.，Chandrasekharappa，S.染色体8 BAC阵列比较基因组杂交和表达分析确定TRMT12在乳腺癌中的扩增和过度表达。基因染色体与癌症, 46:694-707. 2007. [公共医学]

    Camps J，M级，Nguyen QT，Hormann P，Becker S，Hummon AB，Rodriguez V，Chandrasekharappa S，Chen Y，Difilippantonio MJ，Becker-H，Ghadimi BM，Ried T.原发性结肠癌簇基因组结构变异位点的染色体断点。癌症研究，68(5):1284-95. 2008年[公共医学]

    Novotny E、Compton S、Liu PP、Collins FS、Chandrasekharappa SC。小鼠胚胎干细胞的体外造血分化需要肿瘤抑制因子menin，由Hoxa9介导。机械开发，126(7):517-22. 2009年[公共医学]

    Birkeland AC、Auerbach AD、Sanborn E、Parashar B、Kuhel WI、Chandrasekharappa SC、Smogorzewska A、Kutler DI。范科尼贫血和头颈部鳞状细胞癌患者术后临床放射敏感性。耳鼻咽喉弓-头颈外科，137(9):930-4. 2011年[公共医学]

    Rodriguez V、Vasudevan S、Noma A、Carlson BA、Green JE、Suzuki T、Chandrasekharappa SC。苯丙氨酸-tRNA中高度修饰的Wybotosine（yW）碱生物合成所需的人类TYW2酶的结构-功能分析。《公共科学图书馆·综合》，7（6）：e39297。2012. [公共医学]

    Kanungo J，Chandrasekharappa SC.Menin通过调节维甲酸受体诱导聚集的P19干细胞的内胚层分化。分子细胞生物化学，359(1-2):95-104. 2012. [公共医学]

    Markello TC、Carlson-Donohoe H、Sincan M、Adams D、Bodine DM、Farrar JE、Vlachos A、Lipton JM、Auerbach AD、Ostrander EA、Chandrasekharappa SC、Boerkoel CF、Gahl WA。使用高密度SNP阵列和累积分布函数对镶嵌现象进行敏感量化。分子遗传学Metab，105(4):665-71. 2012. [公共医学]

    Chandrasekharappa SC LF、Kimble DC、Kamat A、Teer JK、Donovan FX、Flynn E、Sen S、NISC比较测序程序、Thongthip S、Sanborn E、Smogorzewska A、Auerbach AD、Ostrander EA。大规模并行测序、ArrayCGH和RNA-Seq技术为范科尼贫血提供了全面的分子诊断。鲜血，121（22）：e138-48。2013. [公共医学]

上次更新时间：2021年12月6日