联苯双酚

  1. 描述
  2. 安装
    1. 来自软件包存储库
    2. 从来源
  3. 示例
  4. 许可证
  5. 引用

描述

联苯双酚是一个开源的命令行脚本集合，用于处理成本加保险费、运费文件夹。这个该软件包由晶体学开放数据库团队开发开发人员。每个脚本使用的详细信息可以通过调用命令从包中获取--帮助和--使用命令行选项。例如：

cif_filter--帮助cif_filter--用法

  • cif _ cd检查–解析CIF文件，检查某些数据值是否与COD匹配要求和IUCr数据验证标准（版本：2000.06.09，ftp://ftp.iucr.ac.uk/pub/dvantests网站或ftp://ftp.iucr.org/pub/dventests网站)

  • 成本加运费价存款–使用CGI沉积界面将CIF存入COD数据库。

  • cif _ cd编号–找到COD编号用于文件列表中给定目录中的.cif文件。

  • cif更正标记–更正CIF文件中拼写错误的标签。

  • cif过滤器–解析CIF文件并打印出CIF中的基本数据值格式，COD CIF样式。

    此脚本还具有许多功能–它可以恢复空间组对称运算符的符号（参考预定义表），解析和整理_化学公式，计算细胞体积，排除未知或“空”标签，并添加指定的书目数据。

  • cif固定值–具有指定或转换单位的正确温度值介于摄氏度和开氏度之间。更衣室/环境将“temperature”设置为适当的数值。将其他未定义的值（无、未测量等）固定为“？”符号。确定对标准I/O流所做更改的报告。

    根据CIF字典修复CIF文件中的枚举值。

  • cif标记标识符–根据距离和占用情况判断，CIF文件中的标记混乱。

  • cif分子–从CIF文件中恢复分子。

  • cif _选择–读取CIF并打印出所选标记及其值。

  • 到岸价拆分–将CIF文件拆分为单独的文件，每个文件有一个数据段。

    该脚本解析给定的CIF文件以分隔数据块能够分割格式不正确的嵌套CIF文件。

  • cif _ split_原语–将CIF文件拆分为单独的文件，每个文件有一个数据段。

    这是拆分器的一个非常原始的版本期望每个数据_。。。部分以新行开始。它可能会失败一些不遵循这种约定的CIF文件。用于拆分任何格式正确的CIF文件，都必须进行完整的CIF解析使用CIF语法和文件的标记化。

安装

联苯双酚包是通过源代码分发的。关于Debian/Ubuntu操作系统，它可以仅以二进制形式从标准安装软件存储库。

来自软件包存储库

联苯双酚可以从的标准软件包存储库安装Debian（自Debian 10 Buster以来）和Ubuntu（自Ubuntu 18.10 Cosmic墨鱼以来）：

sudo apt-get安装cod-tools

从来源

要从源代码准备包，必须遵循以下步骤：

  • 获取源代码：

    • 版本3.10.0（可以下载为tbz2存档或tar gz存档).要解压缩tbz2存档，可以执行以下操作：

      tar-xf代码-工具-3.10.0.tbz2mv密码-密码-密码-3.10.0

    • 最新版本可以从颠覆存储库：

      svn公司svn://www.crystallography.net/cod-tools/trunk联苯双酚

    • 当前版本和早期版本（例如，版本3.10.0）也可以从Subversion存储库中检索：

      svn公司svn://www.crystallography.net/cod-tools/tags/v3.10.0密码-密码-3.10.0

  • 安装依赖项：

    sh代码工具/依赖项/Ubuntu-20.04/install.sh

    注释：依赖项安装程序是为Ubuntu 20.04编写的，但是在一些较旧或较新的Ubuntu以及Debian上运行良好分配。

  • 内部版本：

    make-C cod-tools所有

  • 检查：

    make-C cod-tools检查

  • 设置：

    • 安装：

      make-C cod-tools安装

      此命令将在标准中放置可执行文件和库以下位置/用户使用程序应该自动定位它们的位置大多数类似Unix的操作系统。Perl库路径可能需要手动设置（明显来自无法定位。。。在@INC错误）。这个可以通过调整PERL5LIB公司环境变量：

      导出PERL5LIB=/usr/lib/perl5:${PERL5LINB}

      通过传递可以更改安装目标前缀变量到进行安装，例如：

      make-C cod-tools安装PREFIX=/usr/local

    • 在不安装的情况下准备使用环境。描述下面是两种设置环境的方法联苯双酚自源版本4854或更新版本起${PYTHON_VERSION}表示使用的Python版本：

      • 使用Bash：

        CODTOOLS_SRC=~/SRC/cod-tools导出PATH=${CODTOOLS_SRC}/scripts:${PATH}导出PERL5LIB=${CODTOOLS_SRC}/SRC/lib/perl5:${PERL5LINB}export-PYTHONPATH=${CODTOOLS_SRC}/SRC/components/pycodcif/build/python${python_VERSION}:${PYTHONPATH}

        这些命令可以粘贴到~/.bashrc文件，它是源文件打开新外壳时自动打开。

      • 使用模块文件:

        #%模块1.0#####################################################################模块-whatis加载cod-tools环境设置CODTOOLS_SRC~/SRC/cod-tools前置路径path$｛CODTOOLS_SRC｝/脚本预结束路径PERL5LIB${CODTOOLS_SRC}/SRC/lib/perl5prepend路径PYTHONPATH${CODTOOLS_SRC}/SRC/components/pycodcif/build/python${python版本}

示例

  • 修复语法错误的结构：

    使用以下命令可以自动修复一些简单的常见CIF语法错误cif过滤器--固定语法选项。例如，这种结构：

    数据已中断_publ_section_title“离场报价回路__原子_位置_标签_原子站点分形x_原子站点分形_原子站点分数zC 0 0 0

    可以修复（如果存储在测试.cif):

    cif_filter—修复test.cif

    获得的结构：

    数据已中断_publ_section_title'离场报价'回路__原子_位置_标签_原子站点分形x_原子站点分形_原子站点分数zC 0 0 0

    一条警告消息告知所做的操作：

    cif_filter:test.cif（2）data_broken：警告，双引号字符串缺少右引号--已修复。
    哪里：
    • cif过滤器所用脚本的名称；
    • 测试.cif是CIF文件的名称；
    • 2是文件中的行号；
    • 数据已中断是CIF数据块名称；
    • 警告是严重程度；
    • rest是消息文本。

  • 从Web中获取结构，过滤并修复它，恢复水晶晶体中每种化合物的含量和计算汇总公式：

    卷发--无声https://www.crystallography.net/cod/2231955.cif \|cif筛选器\|cif固定值\|cif分子\|cif单元格内容--使用附加氢

    获得的结果：

    C9 H14牛C10 H6 O6 S2氢气O

    以及警告信息：

    cif_molecule:-data_2231955:警告，给出的是39个原子的多重数比，而不是多重数——采用计算值。

  • 从Web获取结构并标记共享同一站点的备用原子：

    卷发--无声https://www.crystallography.net/cod/2018107.cif \|cif标记标识符\|cif_select--cif--标记_atom_site_label

    获得的结果：

    数据2018107回路__原子站点类型符号_原子_位置_标签_原子站点分形x_原子站点分形_原子站点分数z_原子位置_原子站点地址类型_原子网站地址标签_原子站点定义标志_原子站点占用_atom_site_symmetry_多重性_atom_site监控程序集_原子站点监控程序组铅Pb1 0.5000 0.0000 0.2500 0.0213（13）Uani d S 1 4。Mo Mo2 0.0000 0.0000 0.00000 0.022（4）Uani d S 14。铅Pb3 0.5000 0.5000 0.0000 0.025（2）Uani d SP 0.881（8）4 A 1钼Mo3 0.5000 0.5000 0.0000 0.025（2）Uani d SP 0.119（8）4 A 2Mo Mo1 0.0000 0.5000 0.2500 0.018（3）Uani d S 1 4。O O1 0.2344（13）-0.1372（14）0.0806（6）0.0302（17）乌阿尼。1 1 . .O O2 0.2338（14）0.3648（14。1 1 . .

    以及输出消息：

    cif_mark_disorder:-data_2018107:注，原子“Mo3”、“Pb3”标记为替代物。cif_mark_disorder:-data_2018107:注意，有1个站点标记为无序集合。

    注释：原子第三季度和第3页尽可能共享同一站点通过检查他们的坐标发现。此外，他们的占用率接近1。在原始CIF文件中，这些站点具有二者都_atom_site监控程序集和_原子站点监控程序组设置为'.'.

许可证

联苯双酚根据LGPL-3型自v2.4以来的免费软件许可证。

引用

如果您使用联苯双酚在您的研究中，请引用以下论文：