工具书类
Aravind,L.、R.L.Tatusov、Y.I.Wolf、D.R.Walker和E.V.Koonin。1998年。古菌和细菌嗜热菌之间大规模基因交换的证据。遗传学趋势14:442-444。
Baldauf,S.L.、J.D.Palmer和W.F.Doolittle。1996年。基于伸长因子系统发育的通用树的根和真核生物的起源。美国国家科学院院刊93:7749-7754。
Becerra,A.、L.Delaye、S.Islas和A.Lazcano。2007.生物进化的早期阶段和三个主要细胞域最后共同祖先的性质。生态学、进化和系统学年鉴38:361-379。
Benachenhou,L.N.,P.Forterre和B.Labedan。谷氨酸脱氢酶基因的进化:两个同源蛋白家族和宇宙生命树中古细菌异常分支模式的证据。《分子进化杂志》36:335-346。
Brinkmann,H.和H.Phillippe。1999.古细菌姐妹群?来自古代谱系学树木重建人工制品的指示。分子生物学与进化16:817-825。
Brocks、J.J.、G.A.Logan、R.Buick和R.E.Summons。1999.太古宙分子化石和真核生物的早期崛起。科学285:1033-1036。
Brown,J.R.,2001年。原核生物进化的基因组学和系统发育学观点。系统生物学50:497-512。
Brown,J.R.和W.F.Doolittle。1995年。基于古代氨酰-tRNA合成酶基因复制的通用生命树之根。美国国家科学院院刊92:2441-2445。
Brown,J.R.和W.F.Doolittle。1997年。古生菌与原核生物到真核生物的转变。微生物学和分子生物学评论61:456-502。
Caetano-Anolles,G.2002年。进化出的RNA二级结构和通用生命树的生根。分子进化杂志54:333-345。
Cammarano,P.、P.Palm、R.Creti、E.Ceccarelli、A.M.Sanangelantoni和O.Tiboni。1992.根据延伸因子EF-2/EF-G序列推断的已知生命形式之间的早期进化关系:考古域的系统发育连贯性和结构。分子进化杂志34:396-405。
Cammarano,P.、R.Creti、A.M.Sanangelantoni和P.Palm。太古宙单系问题:根据优化的排列位置选择推断的翻译延伸因子G(2)序列的系统发育。分子进化杂志49:524-537。
Cavalier-Smith,T.2002年。古细菌的新村起源,是通用树和细菌大分类的阴性根。国际系统与进化微生物学杂志52:7-76。
Ciccarelli,F.D.、T.Doerks、C.von Mering、C.J.Creevey、B.Snel和P.Bork,2006年。实现高分辨率生命树的自动重建。《科学》311(5765):1283-1287。
Creti,R.、E.Ceccarelli、M.Bocchetta、A.M.Sanangelantoni、O.Tiboni、P.Palm和P.Cammarano。翻译延伸因子(EF)序列的进化:从EF-1-α(Tu)和EF-2(G)蛋白推断的全球系统发育的可靠性。美国国家科学院院刊91:3255-3259。
迪兹、E.J.、H.亨尼西和E.I.沙克诺维奇。从蛋白质结构域推断的原核系统发育。一般研究15:393-402。
Des Marais,D.J.1999年。天体生物学:探索宇宙中生命的起源、进化和分布。生态学和系统学年鉴30:397-420。
杜立德,W.F.1998。吃什么就是什么:基因转移棘轮可以解释真核生物核基因组中的细菌基因。遗传学趋势14:307-311。
杜立德,W.F.1999。系统发育分类和通用树。科学284:2124-2128。
杜立德,W.F.1999。横向基因组学。生物化学科学趋势24:M5-M8。
杜立德,W.F.2000。把生命之树连根拔起。《科学美国人》282:90-95。
杜立德、W.F.和J.R.布朗。1994年。节拍、模式、子代和宇宙根。美国国家科学院院刊91:6721-6728。
Embley,T.M.、M.van der Giezen、D.S.Horner、P.L.Dyal、S.Bell和P.G.Foster。2003年。水文地质小体、线粒体和早期真核生物进化。国际生物化学和分子生物学联合会:生命55(7):387-395。
冯·D·F、G.Cho和R.F.Doolittle。1997.用蛋白质时钟测定发散时间:更新和重新评估。美国国家科学院院刊94:13028-13033。
Forterre,P.2001。基因组学和早期细胞进化。DNA世界的起源。科学院第三科学院院长324:1067-176。
Forterre,P.和H.Philippe。1999.生命之根或宇宙之树在哪里?生物论文21:871-879。
Gogarten、J.P.、E.Hilario和L.Olendzenski。1996.早期进化中的基因复制和水平基因转移。《微生物生命进化》第267-292页(D.McL.Roberts、P.Sharp、G.Alderson和M.Collins编辑)第54次研讨会。普通微生物学学会。剑桥大学出版社,剑桥。
Gogarten,J.P.和L.Taiz。1992年,质子泵ATP酶的进化:生命之树的生根。光合作用研究33:137-146。
戈尔丁、G.B.和R.S.古普塔。基于蛋白质的系统发育支持真核生物基因组的嵌合起源。分子生物学与进化12:1-6。
Gouy,M.和W.-H.Li.1989年。基于rRNA序列的系统发育分析支持古细菌而非eocyte树。自然339:145-147。
Gouy,M.和W.-H.Li.,1990年。古细菌树还是eocyte树?自然343:419。
Gray,M.W.,G.Burger和B.F.Lang.,1999年。线粒体进化。科学283:1476-1481。
Gribaldo,S.和P.Cammarano。1998年,从编码蛋白质靶向机制组成部分的古老重复基因推断出的通用生命树的根。分子进化杂志47:508-516。
Gupta,R.S.1998年。蛋白质系统发育和特征序列:对古细菌、真细菌和真核生物之间进化关系的重新评估。微生物学和分子生物学评论62:1435-1491。
Gupta,R.S.1998年。什么是古细菌:生命的第三结构域或与革兰氏阳性细菌相关的单皮原核生物?原核生物分类的新建议。分子微生物学29:695-707。
Gupta,R.S.和G.B.Golding。HSP70基因的进化及其对古细菌、真细菌和真核生物之间关系的影响。分子进化杂志37:573-582。
Hilario,E.和J.P.Gogarten。1993年。ATP酶基因的水平转移:生命之树变成了生命之网。生物系统31:111-119。
岩边,N.,K.-I.Kuma,M.Hagesawa,S.Osawa,T.Miyata。1989年。根据重复基因的系统发育树推断古细菌、真核生物和真核生物的进化关系。美国自然科学院院刊86:9355-9359。
Jeffares,D.C.,A.M.Poole和D.Penny。1998年,RNA世界的遗迹。分子进化杂志46:18-36。
坎德勒,O.1994。细胞壁生物化学和三域生命概念。系统与应用微生物学16:501-509。
洛杉矶卡茨,1998年。真核生物起源的观点发生变化。生态与进化趋势13:493-497。
1999年,洛杉矶卡茨。纠结的网络:基因谱系和真核生物的起源。Am.Nat.154(补充):S137-S145。
Koonin,E.V.、A.R.Mushegian、M.Y.Galperin和D.R.Walker。古菌和细菌基因组的比较:蛋白质序列的计算机分析预测了新的功能,并表明古菌的嵌合体起源。分子微生物学25:619-637。
北卡罗来纳州Kyrpides和G.J.Olsen。古细菌和细菌嗜热细胞:水平基因交换还是共同祖先?遗传学趋势15:298-299。
莱克,J.A.1990。古细菌树还是eocyte树?自然343:418-419。
莱克,J.A.、M.W.克拉克、E.亨德森、S.P.费伊、M.奥克斯、A.施恩曼、J.P.桑伯格和R.A.马赫。1985年。真细菌、盐细菌和光合作用的起源:光细胞。美国国家科学院院刊82:3716-3720。
莱克,J.A.,E.亨德森,M.奥克斯,M.W.克拉克,1984年。伊红细胞:一种新的核糖体结构表明存在一个与真核生物关系密切的王国。美国国家科学院院刊81:3786-3790。
莱克,J.A.和M.C.里维拉。真核生物的原核祖先。《微生物生命进化》第87-108页(D.McL.Roberts、P.Sharp、G.Alderson和M.Collins编辑)第54次研讨会。普通微生物学学会。剑桥大学出版社,剑桥。
劳森、F.S.、R.L.查勒比斯和J.A.R.狄龙。氨甲酰磷酸合成酶基因的系统发育分析:复杂的进化历史包括一个基因内的内部重复,该基因可以为生命之树生根。分子生物学与进化13:970-977。
廖博士和P·P·丹尼斯。1994.基于核糖体蛋白L11、L1、L10和L12序列的分子系统发育。分子进化杂志38:405-419。
Lopez,P.、P.Forterre和H.Philippe。1999.根据协变量模型,生命之树的根。分子进化杂志49:496-508。
Margulis,L.1996年。真核生物起源中的古细菌合并:生命的系统发育分类。美国自然科学院院刊92:1071-1076。
Martin,W.,1999年。嵌合体细菌染色体:基因组树路径上的挑战。生物论文21:99-104。
Martin W.和M.Muller。1998年,第一个真核生物的氢假说。自然392:37-41。
McClendon,J.H.1999年。生命的起源。地球科学评论47:71-93。
Moreira,D.和P.Lopez-Garcia。1998.产甲烷古生菌和作为真核生物起源的三角洲-proteobacteria之间的共生:同营养假说。分子进化杂志47:517-530。
Nealson,K.H.和P.G.Conrad。1999.生活:过去、现在和未来。伦敦皇家学会哲学学报B辑354:1923-1939。
Pennisi,E.1998年。基因组数据动摇了生命之树。科学280:672-674。
Pennisi,E.1999年。是时候把生命之树连根拔起了吗?科学284:1305-1307。
D.Penny和A.Poole。1999年。最后一个普遍共同祖先的性质。遗传学与发展现状9:672-677。
Philippe,H.和P.Forterre。1999.宇宙生命之树的生根是不可靠的。分子进化杂志49:509-523。
A.普尔、D.杰斐勒斯和D.彭妮。早期进化:原核生物,街区上的新生代。生物随笔21:880-889。
拉斯穆森,B.2000。32.35亿年前火山成因块状硫化物矿床中的丝状微化石。自然405:676-679。
Reysenbach1,A.L.和E.Shock。2002.热液生态系统中基因组与地球化学的融合。科学296:1077-1082。
Ribeiro,S.和G.B.Golding。真核的镶嵌性质。分子生物学与进化15:779-788。
里维拉、M.C.、R.Jain、J.E.摩尔和J.A.莱克。两个功能不同的基因类别的基因组证据。美国国家科学院院刊95:6239-6244。
里维拉,M.C.和J.A.莱克。生命环为真核生物的基因组融合起源提供了证据。自然431:152-155。
罗宾逊,R.2005。跳转启动一个细胞世界:研究生命的起源,从汤到网络。《公共科学图书馆·生物》3(11):e396。http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0030396
Skophammer,R.G.、C.W.Herbold、M.C.Rivera、J.A.Servin和J.A.Lake。2006.生命之树的根不在古生大陆内的证据。分子生物学与进化23(9):1648-1651。
Syvanen,M.和C.I.Kado(编辑)1998年。水平基因转移。查普曼和霍尔,伦敦。
Tourasse,N.J.和M.Gouy。1999.考虑到序列位点之间的进化速率变化,从rRNA和蛋白质编码基因推导出的普遍系统发育发生了持续变化。分子系统发育与进化13:159-168。
Vellai,T.和G.Vida。1999.真核生物的起源:原核细胞和真核细胞之间的区别。伦敦皇家学会学报B辑266:1571-1577。
Vishwanatha,P.、P.Favaretto、H.Hartman、S.C.Mohr和T.F.Smith。核糖体蛋白序列块结构表明复杂的原核进化与真核生物起源有关。分子系统发育与进化33(3):615-625。
Woese,C.1998年。宇宙祖先。美国国家科学院院刊95:6854-6859。
Woese、C.R.、O.Kandler和M.L.Wheelis。1990.朝向生物的自然系统:古生菌、细菌和真核生物领域的提议。美国国家科学院院刊87:4576-4579。
Wolf,Y.I.、L.Aravind、N.V.Grishin和E.V.Koonin。1999.氨酰-tRNA合成酶的进化:对独特结构域和系统发育树的分析揭示了水平基因转移事件的复杂历史。基因组研究9:689-710。
Wolf,Y.I.、I.B.Rogozin、N.V.Grishin和E.V.Koonin。2002.基因组树和生命树。趋势Genet。18:472-479.
Wolters,J.和V.A.Erdmann。1986.5S rRNA和16S rRNA二级和一级结构的分支分析——真核生物的进化及其与古细菌的关系。分子进化杂志24:152-166。
Yutin,N.、K.S.Makarova、S.L.Mekhedov、Y.I.Wolf和E.V.Koonin。2008年。真核生物的古深根。分子生物学与进化25(8):1619-1630;doi:10.1093/molbev/msn108