Wolfram语言包括最先进的序列对齐和比较算法，能够处理包含大量元素的字符串和列表。

序列对齐 —查找字符串之间的对齐方式，允许插入和删除

最长通用子序列 —找到公共的最长连续子序列

最长通用序列 —找到共同的最长序列，可能是不相交的

最长常用次序列位置  ▪  最长通用序列位置

字符串位置  ▪  字符串案例  ▪  字符串计数

序列位置  ▪  序列案例  ▪  序列计数

子序列 —列表的所有子序列

最长有序序列 —查找列表中最长的有序序列，可能是不相交的

Warping通信  ▪  规范化翘曲通信

相似性和距离度量»

SmithWaterman相似性  ▪  NeedlemanWunsch相似性

编辑距离  ▪  Damerau Levenstein隔离  ▪  汉明距离  ▪  ...

最近的 —查找距离度量最近的序列

查找群集 —找到关于距离测度的序列簇

树状图  ▪  聚类树

距离矩阵 —构造两两距离矩阵

生物序列 —链式结构（如DNA）的基于字符串的表示

基因组查找 —找到与人类和其他基因组的精确匹配