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结构
生物学

第58卷| 第5部分

国际标准编号：2059-7983

2002年5月发行

突出显示的插图

封面插图：三种晶体形式的不同堆积模式伤寒沙门菌3-脱氢酶(第798页).

研究论文

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3-碳氧基-顺式,顺式-来自粗糙脉孢菌：80个硒代亚砜的MAD定相

M.C.默克尔,T.卡詹德,A.M.执事,A.汤普森,J.G.格罗斯曼,N.Kalkkinen公司和A.高盛

3-羧基的结构测定-顺式,顺式-来自N.克拉萨描述了3.0º下的MAD，并讨论了结构确定中的一些困难以及解决这些困难的方法。这代表了所解决的最大硒亚结构之一（80个硒原子）。

PDB参考:CMLE，1jof，r1jofsf

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二聚晶体形式的伴刀豆球蛋白A：重新审视结构准确性和分子灵活性

K.A.Kantardjieff,P.Höchtl公司,B.W.Segelke先生,F.-M.陶和B.卢比

刀豆球蛋白A的一种新结构，呈二聚体晶体形式，已使用有效的模型偏差去除方法进行了精制。该结构为检查高分辨率或原子分辨率蛋白质结构中的模型精度和坐标精度提供了机会。

PDB参考:伴刀豆球蛋白A二聚体，1gkbs，r1gkbsf

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无底物微生物核糖核酸酶双歧化酶及其与3′GMP和硫酸根离子复合物的结构

K.M.波利亚科夫,列别捷夫,A.L.奥科罗科夫,K.I.帕诺夫,A.A.Schulga（A.A.舒尔加）,A.G.巴甫洛夫斯基,M.Ya.先生。卡佩斯基和G.G.多德森

双歧化酶是鸟苷特异性微生物核糖核酸酶家族蛋白质的一员，其结构已作为游离酶以1.65º的分辨率进行了解析。该结构与3′GMP和硫酸根离子的双糖配合物进行了比较，测定数据的分辨率达到2.0º。

PDB参考:二进制，1gou，r1gousf;硫酸根离子双糖络合物，1gov，r1govsf;与3′GMP，1goy，r1goysf的双糖复合物

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国际空间站上使用增强型气态氮杜瓦（EGN）中的液-液扩散法进行索姆丁结晶

C.L.巴恩斯,E.H.斯奈尔和C.E.昆德罗

国际空间站上的第一次生物晶体生长实验使用了增强型气态氮杜瓦，产生了衍射为1.28º的thaumatin晶体，这与以前的太空生长thaumaten晶体相当，并且优于最佳地面控制晶体（1.47º）。

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模拟退火真实空间精化作为建模工具

A.科罗斯特列夫,R.伯特伦和M.S.查普曼

实时模拟退火优化是在交互式分子图形包中实现的。这加快了模型构建的速率限制步骤，提高了后续常规细化的起点和最终质量。

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蛋白质中氨基酸的构象

S.Hovmöller先生,T·周和T.Ohlson公司

所有20种氨基酸的Ramachandran图均由PDB中的1042个蛋白质亚基生成，分别用于SHEET、HELIX和Random coil中的蛋白质亚基。经典的拉马钱德兰情节需要在每一个细节上进行修改。大多数氨基酸在β-片状区域有两种不同的构象，一种在氨基酸确实是片状区域的一部分时更常见，另一种在随机卷曲中更常见。平行和反平行β链中的氨基酸具有几乎相同的构象。

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转铁蛋白吸收铁的机制：鸭卵转铁蛋白18kDa NII结构域片段及其氨氯乙酸复合物的X射线结构

P.库泽,D.R.霍尔,M.L.Haw先生,M.Neu公司,R.W.埃文斯和P.F.林德利

报道了鸭卵转铁蛋白18 kDa NII结构域片段及其与三醋酸腈的络合物的晶体结构，其分辨率分别为1.95和1.90Ω。讨论了这些结构对转铁蛋白结合铁的机制的影响。

PDB参考:鸭卵转铁蛋白18kDa NII结构域片段，1gv8，r1gv8sf;NTA复合体，1gvc，r1gvcsf

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细菌视紫红质和p67两种蛋白质晶体中汞体孪晶的检测和表征^{凤凰（phox）}

A.皇家,S.Grizot公司,R.卡恩,H.贝尔拉利,F.菲埃斯基,E.M.朗道和E.佩拜-佩鲁拉

使用各种方法的组合来确定精确的孪生比。讨论了二阶、三阶和四阶矩的重要性。

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Cruckshank衍射元件精度指数公式的重新排列

为了便于计算，重新排列了衍射分量精度指数的公式，并显示了精度如何随着分辨率和观测完整性等数量的变化而变化。

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不同晶型3-去氧氢醌酶的比较伤寒沙门菌及其对酶活性的影响

W.-H.李,L.A.Perles公司,R.A.P.纳根,A.K.施里夫,A.霍金斯,L.索耶和一、波利卡波夫

测定并分析了两种新的I型3-去氢醌脱水酶（DHQase）的晶体结构。

PDB参考:I型DHQase，1l9w，r1l9wsf

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FIP：用于多波长反常衍射实验的高度自动化光束线

M.罗斯,P.卡彭蒂尔,O.凯卡蒂,J.乔利,P.Charrault公司,M.Pirocchi先生,R.卡恩,E.范冲,L.提花,F.钻孔,A.贝托尼,P.伊斯雷尔·古伊和J.-L.费雷尔

FIP是欧洲同步辐射设施（ESRF）的法国CRG光束线，专门用于生物大分子的结晶学，特别强调0.7-1.81º波长范围内的自动多波长异常衍射数据采集。

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具有淀粉样变性的免疫球蛋白轻链二聚体的三维结构

P.C.伯恩,P.A.拉姆斯兰,L.Shan（山）,Z.C.风机,C.R.德维特,B.B.舒尔茨,S.S.Terzyan公司,C.R.穆马,C.A.屠宰场,L.W.古德达特和A.B.埃德蒙森

据报道，人类轻链二聚体（Sea）的三维结构分辨率为1.94º。这种结构可能有助于我们理解为什么一些看似无害的轻链表现出聚集为病理性淀粉样纤维的倾向。

PDB参考:免疫球蛋白轻链二聚体，1jvk，r1jvksf

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的结构L（左）-通过低分辨率SIR相位和20倍NCS平均值解决鼠李糖-1-磷酸醛缩酶（II类）

M.克罗默和G.E.舒尔茨

这个C类₄-四聚体酶在不对称单元中与20个原聚体结晶。原子结构是用一种6º分辨率的重原子衍生物和一种相关酶的分子包膜来求解的。

PDB参考:L（左）-鼠李糖-1-磷酸醛缩酶，1gt7，r1gt7sf

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结晶纸

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猪2-酮戊二酸脱氢酶复合物全尺寸立方核的结晶和初步X射线分析

K.铃木,W.阿达奇,N.山田,M.Tsunoda先生,K.Koike先生,M.Koike先生,T.Sekiguchi先生和A.塔克纳卡

猪心OGDC的全长（非编码）蛋白二氢硫酰胺琥珀酰转移酶E2已在空间群中结晶我432，带unit-cell参数一= 189.9 Å.

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单纯疱疹病毒1型包膜糖蛋白D外域的结晶和初步衍射研究

A.卡菲,H.龚,H.卢,S.H.威利斯,G.H.科恩,R.J.艾森伯格和D.C.威利

描述了来自HSV-1的糖蛋白D（gD）和受体HveA之间的复合物的结晶，以及昆虫细胞中硒代蛋氨酸取代的gD的制备。

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中华鳖毒液中一种新的短链α-神经毒素——阿特拉毒素的纯化、N末端测序、结晶和初步X射线衍射分析眼镜蛇

十、涂,Q.黄,X.楼,M.滕和L.Niu（牛）

阿特拉毒素的单晶是从含有必要铜的液滴中生长出来的²⁺离子采用传统的悬挂滴气相扩散法。

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一种新型致病性血红蛋白酶的鉴定和结晶大肠杆菌

J.R.H.塔姆,S.J.M.van Dooren先生,B.欧德加和B.R.奥托

一种新的致病性血红蛋白酶大肠杆菌已经结晶。晶体衍射到2.5º的分辨率。

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去甲酰化酶肽的克隆、高效表达、纯化和结晶问号钩端螺旋体

Y.Li（李彦宏）,S.Ren先生和W·龚

来自病原菌的肽脱甲酰化酶问号L已识别。该酶在大肠杆菌高产。将纯化的酶结晶，并收集到3º分辨率的X射线衍射数据。

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人碳酸酐酶III的结晶和初步X射线分析

D.M.杜达,C.吉冈,L.戈文达萨米,H.安,C.图,D.N.西尔弗曼和R.麦肯纳

碳酸酐酶催化二氧化碳转化为碳酸氢盐。带有C末端六组氨酸标记的人碳酸酐酶同工酶III在大肠杆菌，纯化并结晶。

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过氧化氢酶ⅠC末端结构域的结晶和初步X射线分析大肠杆菌

十、卡佩纳,A.Guarné,J.C.费雷尔,P.M.阿尔扎里,一、菲塔和P.C.洛伊文

过氧化氢酶-过氧化物酶HPI（氢过氧化物酶I）的C末端结构域大肠杆菌已经结晶。

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利用中和单克隆抗体衍生的抗原结合片段结晶人血小板生成素的功能域

R.Kuroki先生,M.Hirose先生,Y.加藤,M.D.费斯,T.塔马达,H.Shigematsu先生,H.瓦塔莱,Y.Maeda先生,T.塔哈拉,T.加藤和H.宫崎骏

人类血小板生成素的功能域是使用从其中和抗体中消化的Fab片段结晶的。初步的X射线分析表明，每个Fab片段都为结晶提供了合适的界面。

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酵母调节颗粒非ATP酶亚基6（Nas6p）的纯化、结晶和初步X射线衍射分析

N.阿达奇,B.帕德马纳班,卡托卡（K.Kataoka）,K.Kijima先生,山木先生和M.Horikoshi先生

调控颗粒非ATP酶亚单位Nas6p来自酿酒酵母已通过吊坠法结晶。使用同步辐射收集完整的衍射数据集，分辨率为2.6º。

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天冬氨酸1-去羧酶的结晶和初步X射线晶体学分析幽门螺杆菌

A.-R.Kwon公司,B.I.李,B.W.韩,H.J.Ahn先生,J.K.杨,H.-J.Yoon先生和S.W.Suh先生

天冬氨酸1-脱羧酶（PanD）来自幽门螺杆菌过度表达和结晶（太空小组我422; 单元-单元参数一=b条= 81.83,c（c）= 93.78 Å). 使用同步辐射X射线已收集到1.55°的衍射数据。

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UDP的结晶和初步X射线晶体学分析-N个-乙酰氨基葡萄糖酰基转移酶幽门螺杆菌

B.I.李,J.Y.李,J.月亮,B.W.韩和S.W.Suh先生

UDP协议-N个-乙酰氨基葡萄糖酰基转移酶（LpxA）来自幽门螺杆菌过度表达和结晶（太空小组P（P）6_三22; 晶胞参数一=b条=90.69，c（c）= 148.20 Å, α = β = 90, γ = 120°). 使用同步辐射X射线已收集到2.1°的衍射数据。

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甘油脱氢酶的晶体结构海洋热藻

V.斯里尼瓦桑,马凯（K.Ma）,M.W.W.亚当斯,M.G.牛顿,J.P.罗斯和B.-C.王

全国广告部⁺-极端嗜热细菌的依赖性甘油脱氢酶马里蒂玛锥虫已在甘油存在下，使用2-甲基-2,4-戊二醇（MPD）作为沉淀剂，通过悬挂滴蒸气扩散法结晶。

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高温古菌重组组蛋白HPhA的结晶及初步X射线分析霍里克希热球菌OT3型

T.李,十、吉,F.周日,R.Gao（加奥）,S.曹,Y.Feng先生和Z.饶

采用悬挂滴气相扩散法获得了重组高温古菌组蛋白HPhA晶体。衍射数据已收集到2.3º。

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短通信

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与蛋白质和蛋白质相关的金属-配体几何结构：钠和钾

对于钠和钾，将蛋白质数据库中高分辨率蛋白质结构中发现的金属离子周围的几何结构与剑桥结构数据库中适当小分子复合物中的几何结构进行比较。提出了细化或验证的目标距离。

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可供选择的剧透：在充足的时间选择蛋白质靶点

J.拉弗瑞和J.R.海利维尔

利用基因组序列数据库进行结构基因组学靶点选择。

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补遗和勘误表

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描述以1.6°分辨率精制的铂化十核苷酸双链中有序溶剂分子与实验MAD相。附录

F.成本,W.谢泼德和C.泽勒

科斯特补遗等。[《水晶学报》。（2002）D58, 431–440].

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