猫基因组的初始序列和比较分析
- 琼·U·本丢斯1,17,
- 詹姆斯·穆利金2,
- 道格拉斯·史密斯三,
- Agencourt测序团队三,16,
- 科尔斯汀·林布拉德·托赫(Kerstin Lindblad-Toh)4,
- 桑特·格内尔4,
- Michele夹钳4,
- Jean Chang(让·张)4,
- 罗伯特·斯蒂芬斯5,
- 比娜·内拉姆5,
- 娜塔莉亚·沃尔福夫斯基5,
- 亚历杭德罗·施瓦弗6,
- 里查·阿加瓦拉6,
- 克里斯蒂娜·纳夫斯特罗姆7,
- 威廉·墨菲8,
- 乌尔斯·吉格9,
- 阿尔弗雷德·洛卡1,
- 阿戈斯蒂尼奥·安图内斯10,11,12,
- 玛丽莲·梅诺蒂·雷蒙德10,
- Naoya Yuki先生10,
- 吉尔·佩康·拉特里10,
- 沃伦·约翰逊10,
- 纪尧姆·布尔克13,
- 格伦·特斯勒14,
- NISC比较测序计划15,以及
- 斯蒂芬·奥布莱恩10,17
- 1美国马里兰州弗雷德里克NCI-弗雷德里克SAIC-Frederick公司基因组多样性实验室,邮编:21702;
- 2美国马里兰州罗克维尔国家人类基因组研究所比较基因组组,邮编:20892;
- 三美国马萨诸塞州贝弗利Agencourt生物科学公司,邮编:01915;
- 4哈佛大学和麻省理工学院博德学院,美国马萨诸塞州剑桥02141;
- 5高级生物医学计算中心,SAIC-Frederick,Inc.,NCI-Frederick,Frederik,Maryland 21702,USA;
- 6美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家生物技术信息中心,邮编:20894;
- 7哥伦比亚密苏里大学兽医外科眼科(梅森眼科研究所),美国密苏里州哥伦比亚65211;
- 8德克萨斯农工大学兽医与生物医学学院兽医综合生物科学美国得克萨斯州车站77843;
- 9宾夕法尼亚大学兽医学院医学遗传学科,宾夕法尼亚州费城,19104,美国;
- 10美国马里兰州弗雷德里克国家癌症研究所基因组多样性实验室,邮编:21702;
- 11阿雷格里·鲁阿多·坎波波尔图波尔图大学基米卡教务处REQUIMTE,邮编:687,4169-007,葡萄牙;
- 12巴西卢阿多斯布拉加斯波尔图大学Marinha e Ambiental跨学科研究中心CIMAR,1774050-123葡萄牙波尔图;
- 13新加坡基因组研究所,新加坡138672,新加坡共和国;
- 14美国加利福尼亚州圣地亚哥加利福尼亚大学数学系,邮编:92093-0112;
- 15NISC,美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家人类基因组研究所,邮编:20892
摘要
对一只近交阿比西尼亚家猫的基因组序列(1.9倍覆盖率)进行了组装、绘制地图,并用比较该方法涉及对六种哺乳动物(人类、黑猩猩、小鼠、大鼠、狗、,和奶牛)。该结果解析了663480个contigs、20285个猫基因同源序列和133499个的染色体位置保守序列块(CSB)。其他注释特征包括重复性元件、内源性逆转录病毒序列、,核线粒体(数量)序列、micro-RNA和进化断点表明易位和反转发生率的历史平衡在不同的哺乳动物谱系中。大量单核苷酸多态性(SNPs)、缺失插入多态性(DIP)和短串联重复序列(STR)适用于连锁或关联研究染色体纯合性的延长。尽管光覆盖率捕获了约65%的常染色质序列猫的基因组,这些比较性的见解为哺乳动物基因/基因组进化的速度和模式提供了新的线索,预示着猫的研究应用,也说明了使用更深入覆盖的哺乳动物的比较方法提供了对覆盖率较低(1.9倍)的哺乳动物基因组序列的信息性初步注释。
脚注
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↵16Agencourt测序团队:Adrianne Brand、Heather Ebling、David J.Saranga、Marc Rubenfield、Matthew J.Parisi、Wei Tao、,纳迪姆·图斯尼姆(Nadeem Tusneem)、罗伯特·戴维(Robert David)、埃里克·古斯塔夫森(Erick Gustafson)、杰森·索拉斯(Jason Tsolas)和凯文·麦克尔南(Keven McKernan)。
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↵17通讯作者。
↵17电子邮件蓬蒂乌斯{地址}ncifcrf.gov; 传真:(301)846-1686。
↵17电子邮件奥布莱恩{地址}ncifcrf.gov; 传真:(301)846-1686。
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[补充材料可在线获取,网址为网址:www.genome.org.]
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文章在线网址:http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.6380007
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- 收到日期:2007年2月18日。
- 2007年6月25日接受。
- 版权所有©2007,冷泉港实验室出版社