扭转角度

扭转角（或二面体的⁰)是围绕a的角度债券。更一般地说，它是一个关系在任何四个原子之间，告诉你它们在空间中的排列。显然，这也适用于任何四点，但这不是关于数学.

蛋白质的三维结构可以是唯一的¹由定义序列沿其扭转角度链. The骨干由三个角度定义-称为φ（φ），ψ（磅/平方英寸）和ω（Ω）。这个侧链s可以用各种形式来描述χ（chi）angles，我对它一无所知，对不起。

最常用的角度是φ和ψ，它们描述了连接C-α到N和C的键周围的角度肽键通常假设为“平面”（定义为180°），可以忽略。。。主要是。²这两个角度通常绘制在一个平面上，以生成一个图形，称为拉马钱德兰阴谋^三.

计算扭转角涉及到我不懂的数学，即使我重新输入了其他人的代码。思考矢量s、 思考点积这样的东西。更困难的是将一对扭转角（例如-56°、-20°）转换为结构。一般来说，学生们会被教导Ramachandran地块的“允许”区域，例如α螺旋（最后一句中给出的例子）或β链（大约-110100）⁴因此，考虑一个更简单的系统来辅助可视化-即丁烷这只是四个碳原子连接在一条线上，所以分子的所有扭角都是指两个原子的旋转甲基围绕中央债券的团体。它也有助于绘制（或想象）化学教科书中常见的图表，但可能对生物化学不适用，称为纽曼投影它是沿着中心键的投影，表示第四个原子（或群）相对于第一个原子的旋转。

这些图表显示了立体的庞大集团可能对中央债券的自由轮换产生的影响。在蛋白质中，这主要是关于R（右）组，通常强制φ角为负值。这是因为所有蛋白质（但不是全部的 肽s） 仅由以下材料制成左撇子 氨基酸s.然而，甘氨酸几乎可以自由采用任何φ，ψ角对，蛋白质中这种残基通常是“L”⁵.

如果你需要从头开始计算这些角度，你应该知道i的φ^第个残留物由t（Ci-1，Ni，CAi，Ci）定义，ψ为t（Ni，CAi，Ci，Ni+1）。此外，所有角度都应在[-180180]范围内，这与某些版本的拉斯莫尔它们已经被打破，显示的角度像514°！（grr）。