注释提交服务是一种发布机制欧洲PMC注释平台上的注释。

简单地说，您为我们提供了希望共享的注释，并且我们通过SciLite在欧洲PMC网站上发布并制作可通过欧洲PMC注释API.

• 注释应丰富任何摘要以及所有开放式摘要的内容访问欧洲PMC平台中包含的全文文章突出生物或方法实体并提供链接相关资源。
• 注释标记的生物实体的链接应为公共且无限制可访问（无订阅或登录屏幕）。
• 欧洲PMC注释平台上发布的所有注释都将被视为公共领域，并将在网站上发布通过欧洲PMC注释API共享。
• 我们强烈鼓励使用任何用于生成注释的算法/代码设置为可共享/开源。
• 我们保留删除注释的权利，例如，如果内容不在范围内，或不再得到合理维护。

请发送电子邮件至annotations@europepmc.org，简要描述要共享的注释。我们会得到与您联系并提供生成注释数据集并将其上传到平台中。

根据说明生成注释文件后下面，您可以使用您的私有云存储系统。

我们已经尽力让它变得简单，这样即使你没有坚强技术技能方面，仍有可能做出贡献。

通过使用注释提交系统，您承认您已阅读并接受欧洲PMC高级用户服务隐私声明.

一旦您通过以下地址联系我们annotations@europepmc.org，我们将向您提供以下信息：

1. 要在提交的文件中使用的提供程序ID。
2. 私有云存储系统的URL以及用户名和提交注释文件所需的密码。您可以自由随时更改这些凭据，但如果您这样做请发送电子邮件给我们annotations@europepmc.org尽快。这将允许我们修改系统以符合新凭据。
3. 数据集的规范。

根据上述信息，可以提交文件包含平台的注释，可以使用web浏览器或编程方式。有关更多信息，请参阅“如何在生物学中共享文本挖掘结果“描述过程的视频。

每次提交将由一个文件组成。每个文件必须具有少于10000行，其中每行代表一个单独的文章带有所有相关注释。如果数据集包含的内容超过10000篇文章，因此您有10000多行要上传可以生成多个文件，然后提交zip或gzipped包含所有数据的tar文件（unix命令：tar-czvf提交文件tar.gz/*).

如果您使用浏览器，您可以按照和如下所示：

• 转到分配的私有云存储系统的登录页面并使用您的凭据登录
• 单击页面左侧的“提交”链接
• 单击“+”图标，然后单击右侧的“上传文件”图标提交文件的页面底部

您还可以通过编程方式提交文件。为此，请使用驱动程序描述的云存储系统的在这里.有许多不同语言的驱动程序可用。这里有一个使用Java Driver提交的简单示例：

MinioClient MinioClient=新的MinioClient（“https://annotations.europepmc.org“，”your_username“，”your_password“）；文件fileToSend=新文件（文件名）；minioClient.putObject（“提交”，fileToSend.getName（），新的FileInputStream（fileToSend），“应用程序/八位字节流”）；

请注意，本例中指定的URL与URL不同您需要从浏览器访问才能提交文件。

提交文件后，将由提交人处理系统。系统应该每60分钟运行一次，所以它可以花点时间确认新文件。一旦过程开始，您将收到两封电子邮件：

1. 第一封电子邮件将通知您，您的文件将在系统中进行处理和加载。你可以期待电子邮件主题表示“加载注释文件<文件名>提供者<提供者名称>正在启动“。
2. 提交文件完成后，将发送第二封电子邮件已处理。它会通知你手术的结果反映在电子邮件主题中。如果操作成功主题为“注释加载文件<文件名>performed successfully”，您可以找到文章的数量已在电子邮件附件中成功处理。如果过程失败主题为“注释加载文件<文件名称>失败”，电子邮件将说明加载原因失败，要求您解决已确定的问题并重新提交数据。

提交结果的相关数据也可以在使用“results”链接登录到私有云存储系统位于浏览器的左侧。例如，如果您提交文件“abstract.09_06_2018.tar.gz”，您将找到相关文件在提交文件夹中包含通过电子邮件发送的信息（文件“Log_abstract.09_06_2018.tar.gz.txt”）和结果文件夹（文件“Result_abstract.09_06_2018.tar.gz.txt”）。

每个文件必须采用UTF-8编码。

注释文件中的每一行都包含一个JSON对象特定文章的注释：

{“src”：“MED”，“id”：“27105176”，“provider”：“europepmc”，“anns”：[{“position”：“1.2”，“prefix”：“要评估的非侵袭性标记”，“exact”：”肝纤维化“，“section”：“Title”，”postfix“：“.”，“tags”：[}“name”：“肝纤维化”，“uri”：http://linkedlifedata.com/resource/umls-concept/C0239946“}]}，{”position“：”2.1“，”prefix“：”“，”exact“：“慢性肝病”，”section“：”Abstract“，”postfix“：”represents a major public health probleb“，”tags“：[{”name“：”Chronic liver disease“，”uri“：http://linkedlifedata.com/resource/umls-concept/C0341439“}]}，{”position“：”3.2“，”prefix“：”and progression of“，”exact“：“肝纤维化”，”section“：”Abstract“，”postfix“：”with time and the r“，”tags“：[{”name“：”liver fibrosis“，”uri“：http://linkedlifedata.com/resource/umls-concept/C0239946“}]}，{”位置“：”3.4“，”前缀“：”h时间和发展风险“，”确切“：”肝硬化“，”节“：”摘要“，”后缀“：”.“，”标记“：[{”名称“：”硬化“，”uri“：”http://linkedlifedata.com/resource/umls-concept/C0023890“}]}，{”position“：”7.2“，”prefix“：”essing the presence and the degree of“，”exact“：“肝纤维化”，”section“：”Abstract“，”postfix“：”.“，”tags“：[{”name“：”liver fibrosis“，”uri“：http://linkedlifedata.com/resource/umls-concept/C0239946“}]}，{”position“：”8.2“，”prefix“：”e方法在评估中有用“，”exact“：“肝纤维化”，”section“：”Abstract“，”postfix“：”.“，”tags“：[{”name“：”肝纤维化“，”uri“：http://linkedlifedata.com/resource/umls-concept/C0239946" } ] } ] }

平台中有两种类型的注释：基于句子的注释注释和命名实体注释。

每个对象应遵循的JSON模式信息各不相同根据注释类型。更多详细信息和数据提交前的验证准则在这里.

一篇文章基于句子的注释示例：

{“src”：“PMC”，#文章来源“id”：“PMC5844054”，#源字段上下文中项目的标识符“provider”：“Disgenet”，#提供者名称“anns”：[      {“确切”：“……SBP1缺失可能会导致……侵袭性疾病。”，#注释句“section”：“abstract”，#注释所在文章的section。“标记”：[{#标记的实体“name”：“……SBP1缺失可能导致……侵袭性疾病。”，#识别标记实体的名称“uri”：“http://purl.uniprot.org/uniprot/Q13228“#标记实体的特定URI        }]      },....#此处显示其他注释元素    ]}

一篇文章的命名实体注释示例：

  {“src”：“MED”，#文章来源“id”：“27105176”，#源字段上下文中文章的标识符“provider”：“europepmc”，#提供者名称“anns”：[      {“位置”：“1.2”，#实体在文章中的位置“prefix”：“要评估的非侵入性标记”，#文章句子内实体的前缀“后缀”：“.”，#文章句子内实体的后缀“确切”：“肝纤维化”，注释中提及的实体号“section”：“Title”，找到注释的文章的#节。“标记”：[{#标记的实体“name”：“肝纤维化”，#识别标记实体的名称“uri”：“http://linkedlifedata.com/resource/umls-concept/C0239946“#标记实体的特定URI        }]      },....#此处显示其他注释元素]  }

以下是带有相关解释的字段列表：