树平衡:树(Im)平衡指数的计算

“R”包“树平衡”的目的是提供计算有根树的多种(im)平衡指数。这个包裹是书的附属品M.Fischer、L.Herbst、S.Kersting的《树木平衡指数:综合调查》,L.Kuehn和K.Wicke(2023)<国际标准图书编号:978-3-031-39799-8><doi:10.1007/978-3-031-39800-1>对“平衡指数”和“不平衡指数”这两个术语进行了精确定义(第4章)并概述了本手册中的术语(第2章)。有关更多信息关于(im)平衡指数,另见Fischer等人(2021)<https://treebalance.wordpress.com>.考虑到已建立的和新的(im)平衡指数,“树形平衡”提供了(其他)用于计算以下18个既定指数和指数族的函数:平均叶深、B1和B2指数、Colijn-Plazzotta等级、正常值、校正值、,二次等权Colless指数、类Colless指数族、基于I的指数、Rogers J指数、Furnas秩、根四重奏指数、s形统计、Sackin指数、对称节点指数、总同调指数和叶片深度的变化。此外,我们还包括9个树形统计数据,这些数据满足(im)平衡指数的定义,但尚未根据树进行彻底分析文学作品中的平衡。这些是:总内部路径长度,总路径长度,平均顶点深度、最大宽度、修改后的最大宽度差、最大深度、最大宽度超过最大深度、楼梯1和楼梯2指数。作为输入,“树平衡”的大多数功能都需要一个“phylo”格式的根(系统发育)树(如2006年11月“ape”1.9中所述)phylo’用于存储(系统发育)树没有一阶外的顶点。有关格式的更多信息,请参阅《E.Paradis的读者》(2012)<http://ape-package.ird.fr/misc/FormatTreeR_24Oct2012.pdf>.

版本: 1.2.0
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 备忘录gmp公司
出版: 2023-12-14
作者: 马雷克·费舍尔[aut],丽娜·赫伯斯特[aut],Sophie Kersting[作者],路易斯·奎恩[aut,cre],克里斯蒂娜·威克
维护人员: Luise Kuehn<gmail.com上的树分类指数>
许可证: GPL-3公司
需要编译:
引用: 树状结构引用信息
材料: 新闻
在视图中: 系统发育学
CRAN检查: 树平衡结果

文档:

参考手册: 树形分类.pdf

下载内容:

包源: 树架_1.2.0.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:树架_1.2.0.zip,r版本:树架_1.2.0.zip,r-oldrel:树架_1.2.0.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):树形分类_1.2.0.tgz,r-oldrel(arm64):树形分类_1.2.0.tgz,r-release(x86_64):树形分类_1.2.0.tgz,r-oldrel(x86_64):树木平衡_1.2.0.tgz
旧来源: 树平衡存档

反向依赖关系:

反向建议: 树木

链接:

请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=treebalance链接到此页面。