树平衡:树(Im)平衡指数的计算
“R”包“树平衡”的目的是提供计算有根树的多种(im)平衡指数。这个包裹是书的附属品M.Fischer、L.Herbst、S.Kersting的《树木平衡指数:综合调查》,L.Kuehn和K.Wicke(2023)<国际标准图书编号:978-3-031-39799-8><doi:10.1007/978-3-031-39800-1>对“平衡指数”和“不平衡指数”这两个术语进行了精确定义(第4章)并概述了本手册中的术语(第2章)。有关更多信息关于(im)平衡指数,另见Fischer等人(2021)<https://treebalance.wordpress.com>.考虑到已建立的和新的(im)平衡指数,“树形平衡”提供了(其他)用于计算以下18个既定指数和指数族的函数:平均叶深、B1和B2指数、Colijn-Plazzotta等级、正常值、校正值、,二次等权Colless指数、类Colless指数族、基于I的指数、Rogers J指数、Furnas秩、根四重奏指数、s形统计、Sackin指数、对称节点指数、总同调指数和叶片深度的变化。此外,我们还包括9个树形统计数据,这些数据满足(im)平衡指数的定义,但尚未根据树进行彻底分析文学作品中的平衡。这些是:总内部路径长度,总路径长度,平均顶点深度、最大宽度、修改后的最大宽度差、最大深度、最大宽度超过最大深度、楼梯1和楼梯2指数。作为输入,“树平衡”的大多数功能都需要一个“phylo”格式的根(系统发育)树(如2006年11月“ape”1.9中所述)phylo’用于存储(系统发育)树没有一阶外的顶点。有关格式的更多信息,请参阅《E.Paradis的读者》(2012)<http://ape-package.ird.fr/misc/FormatTreeR_24Oct2012.pdf>.
版本: |
1.2.0 |
取决于: |
R(≥3.5.0) |
进口: |
猿,备忘录,gmp公司 |
出版: |
2023-12-14 |
作者: |
马雷克·费舍尔[aut],丽娜·赫伯斯特[aut],Sophie Kersting[作者],路易斯·奎恩[aut,cre],克里斯蒂娜·威克 |
维护人员: |
Luise Kuehn<gmail.com上的树分类指数> |
许可证: |
GPL-3公司 |
需要编译: |
不 |
引用: |
树状结构引用信息 |
材料: |
新闻 |
在视图中: |
系统发育学 |
CRAN检查: |
树平衡结果 |
文档:
下载内容:
反向依赖关系:
链接:
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