ssMutPA:基于单样本突变的通路分析

一种系统生物信息学工具,通过将体细胞突变数据与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络相结合,进行基于单样本突变的途径分析。在该方法中,我们根据网络拓扑结构,使用局部和全局加权策略评估突变产生的网络基因的影响,然后计算基于突变的路径富集分数(ssMutPES),以反映每个路径的突变累积效应。随后,ssMutPES谱用于无监督光谱聚类,以识别癌症亚型。

版本: 0.1.0
取决于: R(≥3.5.0)
进口: ggplot2,ggridges公司,gr设备,记录仪,内核实验室,黑手党,矩阵,Nb俱乐部,平行,情势图,RColorBrewer公司,统计,生存,实用程序
建议: 针织物,qpdf格式,rmarkdown公司
出版: 2024-04-16
内政部: 10.32614/CRAN.包装.ssMutPA
作者: 韩俊伟[aut,cre,cph],何雅兰[aut],钱旺[aut]
维护人员: 韩俊伟<hanjunwei 1981 at 163.com>
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
需要编译:
CRAN检查: ssMutPA结果

文档:

参考手册: ssMutPA.pdf文件
渐晕图: ssMutPA

下载内容:

包源: ssMutPA_0.1.0.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:ssMutPA_.1.0.zip,r版本:ssMutPA_0.1.0.zip,r-oldrel:ssMutPA_0.1.0.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):ssMutPA_0.1.0.tgz,r-oldrel(arm64):ssMutPA_0.1.0.tgz,r-release(x86_64):ssMutPA_0.1.0.tgz,r-oldrel(x86_64):ssMutPA_0.1.0.tgz

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