simfam:用结构化创始人模拟和模拟家族血统

重点是用来自结构化人群的创始人(例如,具有不同祖先或其他潜在的非家族关系)模拟和建模家庭,而传统的系谱分析将所有创始人视为同等无关。Main函数模拟多代人的随机血统,避免近亲,根据1D地理位置和随机出生的性别将最亲近的个体配对,并使用可变的儿童大小来产生每代的目标人口大小。辅助函数计算亲属关系矩阵、混合矩阵,并从相应的创始人值开始绘制任意系谱结构的随机基因型。代码是围绕着谱系的plink FAM表格格式构建的。姚明和奥乔亚(2022)<doi:10.1101/2022.03.25.485885>.

版本: 1.1.6
取决于: R(≥2.10)
进口: 卢比,统计,易怒的
链接到: 卢比
建议: 测试那个(≥ 3.0.0),胡桃皮,bnpsd公司(≥ 1.3.2),亲属关系2,R彩色啤酒,针织物,rmarkdown公司
出版: 2023-01-09
内政部: 10.32614/CRAN.包装.simfam
作者: 亚历杭德罗·奥乔亚ORCID标识[aut,cre]
维护人员: 亚历杭德罗·奥乔亚(Alejandro Ochoa)
错误报告: https://github.com/OchoaLab/simfam/issues网站
许可证: GPL(≥3)
网址: https://github.com/OchoaLab/simfam
需要编译:
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: simfam结果

文档:

参考手册: simfam.pdf软件
渐晕图: “simfam”:模拟和建模结构化创始人的家族血统

下载内容:

包源: simfam_1.1.6.tar.gz系统
Windows二进制文件: r-devel公司:simfam_1.1.6.zip,r版本:simfam_1.1.6.zip,r-oldrel:simfam_1.1.6.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):西蒙-1.1.6.tgz,r-oldrel(arm64):西蒙-1.1.6.tgz,r-release(x86_64):西蒙-1.1.6.tgz,r-oldrel(x86_64):西蒙-1.1.6.tgz
旧来源: simfam档案

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