jrSiCKLSNMF:多模态单细胞Omics降维

在质量控制的单细胞多模式组学计数数据上执行联合图正则化单细胞Kullback-Leibler稀疏非负矩阵因式分解('jrSiCKLSNMF',发音为“初级镰刀NMF”)的方法jrSiCKLSNMF’专门处理双分析scRNA-seq和scATAC-seq数据。该软件包包含提取有意义的潜在因素的功能,这些因素在组学模式中共享。这些因素可以实现准确的细胞类型聚类并促进可视化。还包括预处理、聚类和小备份更新的方法,以及针对较大数据集的其他调整。有关此包中使用的方法的更多详细信息,请参阅Ellis、Roy和Datta(2023)<doi:10.3389/fgene.2023.1179439>.

版本: 1.2.1
取决于: R(≥3.5.0)
进口: 卢比(≥ 1.0.9),记录仪,乌玛,kknn公司,ggplot2,方法,统计信息,拉朗,矩阵,数据表,平行,pbapply(应用程序),集群,MASS(质量),cl有效,事实附加,前臂,厄尔巴,尖叫声,Rdpack公司
链接到: 卢比,RcppArmadillo公司,Rcpp进度
建议: 针织物,rmarkdown公司
出版: 2023-07-06
内政部: 10.32614/CRAN.包装.jrSiCKLSNMF
作者: 多萝西·埃利斯ORCID标识[aut,cre],Susmita Datta[ths],Kenneth Perkins[ctb](Util.h函数作者,http://programmingnotes.org/),Renaud Gaujoux[ctb](.nndsvd R改编本的作者)
维护人员: 多萝西·埃利斯(Dorothy Ellis)<ddemorellis at gmail.com>
许可证: GPL-3公司
需要编译:
引用: jrSiCKLSNMF引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: jrSiCKLSNMF结果

文档:

参考手册: jrSiCKLSNMF.pdf
渐晕图: jrSiCKLSNMF入门
使用H列上的L2范数约束开始使用jrSiCKLSNMF
Mini-bactch jrSiCKLSNMF教程

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