iCAMP:基于进化论的类群组装机制推断零模型分析

实施一个通用框架,通过基于系统发生学的零模型分析(缩写为“iCAMP”)定量推断社区组装机制(Ning等人,2020年)<doi:10.1038/s41467-020-18560-z>. 它可以定量评估不同群落组装过程的相对重要性,例如选择、扩散和漂移,对于群落和每个系统发育类群(“bin”)。每个箱子通常由一个科或一个目的不同分类群组成。该软件包还提供了实现一些其他已发布方法的功能,包括中性分类群百分比(Burns等人,2016年)<doi:10.1038/ismej.2015.142>基于中立理论模型,并基于整体社区零模型量化装配过程(“QPEN”,Stegen等人2013)<doi:10.1038/ismej.2013.93>. 它还包括一些方便的功能,特别是对于大数据集,如在群落和库水平上的系统发育和分类零模型分析、分类群之间的生态位差异和系统发育距离计算、系统发育组内的系统发育信号测试、大树的中点根等。1.3.x版主要改进了“QPEN”的函数,并添加了函数“icamp.cate()”,以总结不同分类单元(例如核心分类单元与稀有分类单元)的“icamp”结果。

版本: 1.5.12
取决于: R(≥3.5)
进口: 素食主义者,平行,排列,,大存储器,北欧,最小包装.lm,Hmisc公司,统计4,DirichletReg公司,数据表
出版: 2022-06-01
作者: 大良宁
维护人员: 大良宁<宁大良在ou.edu>
许可证: GPL-2型
网址: https://github.com/DaliangNing/iCAMP1
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