希巴耶斯:个人层面、总结层面和单步贝叶斯回归模型

适合贝叶斯回归模型的用户友好工具。它可以使用基因组预测/选择(GS)和全基因组关联研究(GWAS)的个体水平、汇总水平和个体加谱系水平(单步)数据拟合3种类型的贝叶斯模型,旨在估计复杂性状的联合效应和遗传参数,包括:(1) 协变量的固定效应和系数,(2) 环境随机效应及其相应的方差,(3) 遗传变异,(4) 剩余方差,(5) 遗传力,(6) 基因型和非基因型个体的基因组估计育种值(GEBV),(7) SNP效应大小,(8) 单个或多个SNPs的表型/遗传变异解释(PVE),(9) 基因组窗关联的后验概率(WPPA),(10) 后验包含概率(PIP)。功能不受限制,我们将继续用更多功能丰富它。参考文献:Meuwissen等人(2001)<doi:10.1093/genetics/157.4.1819>; 古斯塔沃等人(2013)<doi:10.1534/genetics.112.143313>; Habier等人(2011年)<doi:10.1186/1471-2105-12-186>; Yi等人(2008)<doi:10.1534/genetics.107.085589>; Zhou等人(2013)<doi:10.1371/journal.pgen.1003264>; Moser等人(2015)<doi:10.1371/journal.pgen.1004969>; Lloyd-Jones等人(2019年)<doi:10.1038/s41467-019-12653-0>; 亨德森(1976)<doi:10.2307/2529339>; Fernando等人(2014)<doi:10.1186/1297-9686-46-50>.

版本: 3.0.3
取决于: R(≥3.3.0),大存储器,矩阵
进口: utils、stats、methods、,字符串,C曲线图
链接到: 卢比,RcppArmadillo公司(≥ 0.9.600.0.0),Rcpp进度,伯克希尔哈撒韦,大存储器,矩阵
出版: 2024-02-20
内政部: 10.32614/CRAN.包装.hibayes
作者: 尹丽玲[aut,cre,cph],张浩浩[aut,cph],刘晓蕾[aut,cph]
维护人员: 尹丽玲<ylilin at 163.com>
错误报告: https://github.com/YinLiLin/hibayes/问题
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/YinLiLin/hibayes网站
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CRAN检查: 希巴耶斯结果

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旧来源: 希巴耶斯档案馆

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