graphsim:模拟来自“igraph”网络的表达式数据
从“igraph”对象中的图形结构派生的sigma协方差矩阵中开发模拟连续数据(例如,基因表达)的功能。旨在扩展“mvtnorm”,以采用“igraph”结构而不是sigma矩阵作为输入。这允许使用正确解释通路关系和相关性的模拟数据。这允许使用正确解释路径关系和相关性的模拟数据。在这里,我们提出了一个通用的统计框架,通过从图结构衍生的多元正态分布中采样来模拟生物途径中的相关基因表达数据。该软件包允许从基于基因表达统计模型的图形结构模拟生物路径。例如,可以使用此框架在模拟数据集上测试从基因表达数据推断生物路径和基因调控网络的方法。这也允许在模拟基因表达数据以测试基因组分析性能时,将路径结构视为混淆变量。
版本: |
1.0.3 |
取决于: |
R(≥2.10) |
进口: |
gplots(gplots),记录仪,mvtnorm公司,矩阵(matrixcalc),矩阵,图形 |
建议: |
开发工具,针织物(≥ 1.5),降价,美女医生,R.rsp公司,rmarkdown公司,测试那个,规模,vdiffr公司 |
出版: |
2022-09-12 |
作者: |
S.Thomas Kelly【aut,cre】,迈克尔·布莱克,罗布雷奇·坎努特,杰森·科里·布伦森 |
维护人员: |
S·托马斯·凯利(S.Thomas Kelly) |
错误报告: |
https://github.com/TomKellyGenetics/graphsim/issues网站/ |
许可证: |
GPL-3公司 |
网址: |
https://github.com/TomKellyGenetics/graphsim网站/ |
需要编译: |
不 |
引用: |
graphsim引文信息 |
材料: |
自述文件 新闻 |
在视图中: |
组学 |
CRAN检查: |
graphsim结果 |
文档:
下载内容:
反向依赖关系:
链接:
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