digitalDLSorteR:基于深度学习的海量RNA-Seq数据反褶积

使用基于Deep Neural Networks的特定上下文反褶积模型,以scRNA-Seq数据为输入,对大量RNA-Seq-数据进行反褶积算。这些模型能够利用深度学习提供的进展和scRNA-Seq数据提供的有意义的信息,从相同的背景下准确估计大量RNA-Seq-样本的细胞组成。见Torroja和Sanchez-Cabo(2019年)<doi:10.3389/fgene.2019.00978>了解更多详细信息。

版本: 1.0.1
取决于: R(≥4.0.0)
进口: 爱尔兰航空公司,grr公司,矩阵、方法、,三年,单细胞实验,摘要实验,锌波,统计,pbapply(应用程序),S4载体,数字播放器、工具、,重塑2,gtools(工具),网状的,珊瑚礁,张量流,ggplot2,ggpubr公司,尖叫声,舷窗
建议: 针织物,rmarkdown公司,生物并行,rhdf5型,DelayedArray(延迟阵列),延迟矩阵统计,HDF5阵列,测试那个
出版: 2024-02-07
内政部: 10.32614/CRAN.包装.数字DLSorteR
作者: 迭戈·马尼亚内斯ORCID标识[aut,cre],卡洛斯·托罗亚ORCID标识[aut],法蒂玛·桑切斯·卡波ORCID标识[自动]
维护人员: 迭戈·马尼亚内斯(Diego Mañanes)
错误报告: https://github.com/diegommcc/digitalDLSorteR/issues
许可证: GPL-3公司
网址: https://diegomcc.github.io/digitalDL排序器/,https://github.com/diegommcc/digitalDLSorteR
需要编译:
系统要求: Python(>=2.7.0),TensorFlow(https://www.tensorflow.org网站/)
引用: digitalDLSorteR引文信息
材料: 自述文件 新闻
CRAN检查: 数字DLSorteR结果

文档:

参考手册: 数字DLSorter.pdf
守夜人: 建立新的反褶积模型

下载内容:

包源: 数字DLSorter_1.0.1.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:数字DLSorter_1.0.1.zip,r版本:数字DLSorter_1.0.1.zip,r-oldrel:数字DLSorter_1.0.1.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):数字DLSorter_1.0.1.tgz,r-oldrel(arm64):数字DLSorter_1.0.1.tgz,r-版本(x86_64):数字DLSorter_1.0.1.tgz,r-oldrel(x86_64):数字DLSorter_1.0.1.tgz
旧来源: 数字DLSorteR存档

链接:

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