debar：COI-5P条码数据的聚类后去噪器

“debar”序列处理管道旨在消除高通量的噪声动物DNA条形码标记细胞色素c氧化酶I（COI）的测序数据。包裹旨在检测和纠正序列器输出中的插入和删除错误。这是通过将输入序列与轮廓隐藏马尔可夫进行比较来实现的使用维特比算法的模型（PHMM）（有关算法的详细信息，请参见Durbin等人1998，国际标准图书编号：9780521629713）。删除插入的碱基对并计算删除的碱基配对for通过引入占位符。因为PHMM是概率的COI条形码的表示，修正并不总是完美的。出于这个原因“debar”审查了与报告的indel站点相邻的碱基对，将其转换为占位符字符（默认为每个方向7个碱基对，可以禁用此功能）。测试表明，这种审查导致恢复了正确的序列长度，并且错误的碱基对在绝大多数时间被掩盖（＞95%）。

版本：	0.1.1
取决于：	R（≥3.0.0）
进口：	猿,蚜虫,顺序，并行
建议：	针织物,rmarkdown公司,测试那个
出版：	2024-01-12
作者：	卡梅隆·纽金特
维护人员：	Cameron M.Nugent<gmail.com上的camnugent>
许可证：	GPL-3公司
需要编译：	不
材料：	自述
CRAN检查：	debar结果

文档：

参考手册：	debar.pdf格式
渐晕图：	debar-算法详细信息 debar-渐晕

下载内容：

包源：	禁止0.1.1.tar.gz
Windows二进制文件：	r-devel公司：debar_0.1.1.zip码，r-释放：debar_0.1.1.zip码，r-oldrel：debar_0.1.1.zip码
macOS二进制文件：	r释放（arm64）：debar-0.1.1.tgz，r-oldrel（arm64）：禁止0.1.1.tgz，r-版本（x86_64）：禁止0.1.1.tgz，r-oldrel（x86_64）：禁止0.1.1.tgz
旧来源：	debar档案

链接：

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