TreeSimGM：模拟Bellman Harris将军和世系变迁模型
为物种形成和灭绝的一般模型下的系统发育树提供了一个灵活的模拟工具。模拟具有用户指定数量的现有树梢或用户指定树龄的树。可以假设物种形成和灭绝之前等待时间的概率分布。此外，物种形成/灭绝的等待时间可以在树的不同部分进行缩放，这意味着我们可以用分支依赖的多样化过程来模拟树。在物种形成活动中，一个物种分裂为两个。我们允许在这些分裂中有两种不同的模式：（i）对称，对于每一个物种形成事件，都有新的等待时间，直到两个女儿谱系的物种形成和灭绝；（ii）不对称，物种形成事件导致一个物种具有新的等待时间，另一个物种则具有其祖先的灭绝时间和年龄。对称模式可以被视为一种维系或异域过程，在这种过程中，分裂的种群受到同等的进化力，而非对称模式可以视为一个母系继续存在的围域物种形成。参考文献：O.Hagen和T.Stadler（2017）。TreeSimGM：在普通Bellman Harris模型下模拟系统发育树，在R.生态学和进化方法中物种形成和灭绝的谱系特定转移<doi:10.1111/2041-210X.12917>。
| 版本： |
2.5 |
| 进口： |
树图像,猿，方法 |
| 建议： |
针织者,rmarkdown公司 |
| 出版： |
2020-03-05 |
| 作者： |
奥斯卡·哈根（Oskar Hagen）、坦尼娅·斯塔德勒（Tanja Stadler） |
| 维护人员： |
奥斯卡·哈根<Oskar.Hagen at outlook.com> |
| 许可证： |
GPL-2型 |
| 需要编译： |
不 |
| CRAN检查： |
TreeSimGM结果 |
文档：
下载内容：
链接：
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